More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3000 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3000  cytochrome B561  100 
 
 		 188 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.426718  normal  0.0305282 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2450  cytochrome B561  85.11 
 
 		 188 aa  311  2.9999999999999996e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.220422  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2736  cytochrome B561  80.75 
 
 		 186 aa  290  8e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.370375  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4656  cytochrome B561  48.65 
 
 		 184 aa  166  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.282732 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4185  cytochrome B561  32.8 
 
 		 189 aa  95.5  4e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1906  cytochrome b561 family protein  34.27 
 
 		 183 aa  95.1  6e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2818  cytochrome B561  37.02 
 
 		 183 aa  93.6  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5858  cytochrome B561  34.43 
 
 		 184 aa  91.7  6e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0923  cytochrome B561  30.34 
 
 		 196 aa  90.9  9e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.651214  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0967  cytochrome B561  33.9 
 
 		 181 aa  90.9  1e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2963  cytochrome B561  35.06 
 
 		 193 aa  89.7  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0459  cytochrome B561  36.17 
 
 		 189 aa  88.6  5e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2719  putative cytochrome B-561 transmembrane protein  36.21 
 
 		 195 aa  88.2  6e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.12151 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0418  cytochrome B561  34.92 
 
 		 196 aa  87  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.134853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0706  cytochrome B561  34.64 
 
 		 186 aa  86.7  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.404491  normal  0.794115 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2064  putative cytochrome b-561 membrane protein  35.06 
 
 		 184 aa  86.3  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.913396  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2553  cytochrome B561  35.06 
 
 		 193 aa  85.5  5e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.885989  normal  0.411403 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1248  cytochrome B561  33.71 
 
 		 183 aa  85.1  5e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00191634  normal  0.790409 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3997  putative cytochrome b-561 membrane protein  34.08 
 
 		 186 aa  84.7  6e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.50922  normal  0.334764 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0714  cytochrome B561  33.33 
 
 		 186 aa  84.7  7e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.657411  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0230  cytochrome B561  33.33 
 
 		 186 aa  84.7  7e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2671  cytochrome B561  32.43 
 
 		 186 aa  84.7  8e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.107362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0681  cytochrome B561  33.33 
 
 		 186 aa  84  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.400799  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2465  putative cytochrome b561  34.32 
 
 		 188 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.104825 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1178  cytochrome B561  33.15 
 
 		 183 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000103692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1177  cytochrome B561  33.15 
 
 		 183 aa  83.2  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000321845  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3507  cytochrome B561  33.89 
 
 		 185 aa  82.4  0.000000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.563423 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1513  cytochrome b561  33.33 
 
 		 181 aa  82.4  0.000000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.141112 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52380  cytochrome b561  31.49 
 
 		 182 aa  82  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.583912 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5285  cytochrome B561  35.56 
 
 		 183 aa  82  0.000000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.621373  normal  0.806427 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1026  cytochrome B561  33.68 
 
 		 188 aa  81.6  0.000000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1714  cytochrome B561  30.86 
 
 		 182 aa  81.6  0.000000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00452879  normal  0.140891 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1538  hypothetical protein  30.94 
 
 		 182 aa  80.5  0.00000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3802  cytochrome B561  32.07 
 
 		 186 aa  80.5  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0605  cytochrome B561  32.8 
 
 		 186 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1521  cytochrome B561  31.64 
 
 		 182 aa  80.9  0.00000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2955  cytochrome B561  37.85 
 
 		 188 aa  80.1  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.593019  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1445  hypothetical protein  31.11 
 
 		 182 aa  79.3  0.00000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0629  cytochrome B561  31.15 
 
 		 186 aa  79.3  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2794  cytochrome B561  36.78 
 
 		 174 aa  79.3  0.00000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0761  cytochrome B561  31.98 
 
 		 204 aa  79  0.00000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.599963 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5031  cytochrome B561  36.07 
 
 		 183 aa  78.6  0.00000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.416621  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4671  cytochrome B561  33.53 
 
 		 178 aa  78.6  0.00000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.098632  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0425  putative cytochrome b561  32.94 
 
 		 178 aa  78.2  0.00000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2509  putative [Ni] hydrogenase, b-type cytochrome subunit  32.94 
 
 		 178 aa  78.2  0.00000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0823  cytochrome b561  32.94 
 
 		 225 aa  78.2  0.00000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.945704  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2370  putative [Ni] hydrogenase, b-type cytochrome subunit  32.94 
 
 		 178 aa  78.2  0.00000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.530217  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1861  cytochrome B561  34.09 
 
 		 178 aa  78.6  0.00000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.846018  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0636  cytochrome b561, putative  32.94 
 
 		 229 aa  78.2  0.00000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.215518  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1804  putative cytochrome b561  32.94 
 
 		 178 aa  78.2  0.00000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0475  putative cytochrome b561  32.94 
 
 		 178 aa  78.2  0.00000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.369041  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0980  putative cytochrome b561  30.51 
 
 		 177 aa  77.8  0.00000000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2889  cytochrome B561  28.34 
 
 		 183 aa  77.4  0.0000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0592122  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1020  cytochrome B561  31.49 
 
 		 191 aa  76.6  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000282036 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4982  cytochrome B561  35.52 
 
 		 183 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0483  cytochrome B561  34.97 
 
 		 183 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4855  cytochrome B561  36.07 
 
 		 183 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.745808  normal  0.0891705 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4593  cytochrome b561  29.83 
 
 		 182 aa  75.9  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1056  cytochrome B561  30 
 
 		 181 aa  75.9  0.0000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.52465  normal  0.404456 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2228  cytochrome B561  33.33 
 
 		 197 aa  75.5  0.0000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000575966  hitchhiker  0.00851734 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2495  putative cytochrome B561  32.96 
 
 		 188 aa  75.5  0.0000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.943457 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3152  cytochrome B561  36.61 
 
 		 197 aa  75.1  0.0000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.159258  normal  0.591352 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0697  cytochrome B561  31.4 
 
 		 178 aa  75.1  0.0000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2303  cytochrome B561  35.14 
 
 		 187 aa  74.7  0.0000000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.469268  normal  0.0531302 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1738  hypothetical protein  32.58 
 
 		 186 aa  74.3  0.0000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0392514  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3371  cytochrome B561  33.15 
 
 		 183 aa  73.9  0.000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1169  cytochrome b561, putative  28.4 
 
 		 173 aa  73.6  0.000000000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.840411  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3044  cytochrome B561  33.89 
 
 		 190 aa  73.2  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01688  cytochrome B561  31.35 
 
 		 187 aa  73.6  0.000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.883966  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0993  cytochrome B561  30.23 
 
 		 177 aa  72.8  0.000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1491  cytochrome b561  28.49 
 
 		 192 aa  72.8  0.000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.336708  normal  0.0588061 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6508  cytochrome B561  29.51 
 
 		 188 aa  72  0.000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0286753 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2322  cytochrome B561  36.07 
 
 		 203 aa  72  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0932  cytochrome B561  32 
 
 		 178 aa  72  0.000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3930  cytochrome b561 family protein  27.43 
 
 		 184 aa  71.6  0.000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.698888  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0977  cytochrome B561  30.23 
 
 		 177 aa  71.2  0.000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0199  cytochrome B561 cytochrome transmembrane protein  32.52 
 
 		 174 aa  70.9  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.313091 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1517  cytochrome b561  32.57 
 
 		 176 aa  70.5  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.39069  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1819  cytochrome b561  32.57 
 
 		 176 aa  70.5  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0603  cytochrome B561  32.58 
 
 		 188 aa  70.1  0.00000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2532  cytochrome B561  32 
 
 		 206 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2023  cytochrome B561  29.71 
 
 		 186 aa  69.7  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.971591  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1759  cytochrome b561  33.52 
 
 		 176 aa  69.3  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.485438  normal  0.205124 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7083  cytochrome B561  34.18 
 
 		 199 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.280542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3056  cytochrome B561  30.43 
 
 		 183 aa  69.7  0.00000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000111673  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1322  cytochrome B561  30.43 
 
 		 183 aa  68.9  0.00000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00114864  normal  0.0249294 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1700  cytochrome b561  32 
 
 		 176 aa  68.9  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0149402  hitchhiker  0.00199396 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1271  cytochrome b561, putative  32.35 
 
 		 187 aa  68.9  0.00000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2152  cytochrome B561  26.63 
 
 		 180 aa  68.9  0.00000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00081786  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1756  cytochrome b561  32 
 
 		 176 aa  68.9  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.408301  normal  0.0664837 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03827  putative cytochrome b561  30.77 
 
 		 189 aa  68.6  0.00000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3042  cytochrome B561  30.43 
 
 		 183 aa  68.6  0.00000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000618987  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2612  cytochrome B561  31.91 
 
 		 191 aa  68.6  0.00000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0201  putative cytochrome b-561 protein  34.18 
 
 		 222 aa  68.2  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2745  putative cytochrome B561  31.43 
 
 		 191 aa  68.2  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.227394  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2711  cytochrome B561  31.11 
 
 		 183 aa  68.2  0.00000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1182  cytochrome B561  31.75 
 
 		 179 aa  67.8  0.00000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1333  cytochrome B561  31.46 
 
 		 183 aa  67.4  0.0000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.666388  normal  0.933151 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2093  cytochrome B561  32.61 
 
 		 175 aa  67.8  0.0000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6306  cytochrome B561  30.46 
 
 		 191 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>