More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1500 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1500  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 327 aa  650    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.256268 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1466  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 314 aa  172  5e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0835  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 364 aa  164  3e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.643048  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  34.26 
 
 		 297 aa  149  5e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3294  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 294 aa  145  8.000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.438685 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6323  MarR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 294 aa  144  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.482978  normal  0.771209 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 298 aa  142  8e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 298 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 298 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 300 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3691  transcriptional regulator, LysR family  37.04 
 
 		 301 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 298 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 298 aa  139  6e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 298 aa  139  6e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 297 aa  136  4e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5612  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 294 aa  136  4e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0970  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 303 aa  136  5e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0205462  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  33.07 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  29.96 
 
 		 300 aa  134  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  31.01 
 
 		 299 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4050  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 		 292 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 307 aa  130  3e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 323 aa  130  3e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 296 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 300 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  31.72 
 
 		 301 aa  130  4.0000000000000003e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 300 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 300 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1225  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 306 aa  129  6e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  31.37 
 
 		 306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1621  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.23 
 
 		 304 aa  127  3e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 296 aa  127  3e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 307 aa  126  4.0000000000000003e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2671  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.92 
 
 		 313 aa  126  5e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00916902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 293 aa  126  6e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 305 aa  126  6e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5965  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 302 aa  125  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0576334  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3454  transcriptional regulator, LysR family  31.73 
 
 		 296 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3441  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 306 aa  124  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.985803  hitchhiker  0.000545962 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1470  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 300 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.193795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 305 aa  124  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4635  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 300 aa  123  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.646338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2563  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 308 aa  123  4e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00385912  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  28 
 
 		 296 aa  123  4e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3165  transcriptional regulator, LysR family  29.07 
 
 		 299 aa  123  5e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000392866  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  28 
 
 		 296 aa  122  6e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02308  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.74 
 
 		 308 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000841101  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1253  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 308 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0013481  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 297 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2543  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 308 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000981621  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3638  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 308 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000159787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2773  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 308 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000207011  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2694  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 308 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000201069  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 306 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4030  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 296 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.3967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 301 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02269  hypothetical protein  30.74 
 
 		 308 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000658143  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1270  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 308 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000010142  hitchhiker  0.000508597 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 297 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51620  LysR family transcriptional regulator protein  31.54 
 
 		 301 aa  120  3e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 		 302 aa  120  3e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38680  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 306 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1242  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 293 aa  120  3.9999999999999996e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.231339  normal  0.120176 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  120  3.9999999999999996e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0201  transcriptional regulator CatR  35.66 
 
 		 295 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 297 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1573  cat operon transcriptional activator CatR  35.66 
 
 		 295 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1013  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 300 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1376  cat operon transcriptional activator CatR  35.66 
 
 		 295 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.345874  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0232  cat operon transcriptional activator CatR  35.66 
 
 		 295 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.691367  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1494  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 300 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17090  Transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 299 aa  119  6e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 298 aa  119  7e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3534  LysR substrate-binding protein  28.36 
 
 		 292 aa  119  7e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3236  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.26 
 
 		 296 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 304 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3073  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 304 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2659  OsmT protein  28.69 
 
 		 308 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2789  OsmT protein  28.69 
 
 		 308 aa  118  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2709  cat operon transcriptional activator CatR  35.25 
 
 		 295 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.393204  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 300 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2565  cat operon transcriptional activator CatR  35.25 
 
 		 295 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0985  transcriptional regulator CatR  35.25 
 
 		 295 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.460056  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2568  OsmT protein  28.69 
 
 		 308 aa  118  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0008695  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2617  OsmT protein  28.69 
 
 		 308 aa  118  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2683  OsmT protein  28.69 
 
 		 308 aa  118  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.567691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1375  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 311 aa  118  1.9999999999999998e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.58375  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6567  hydrogen peroxide-inducible genes activator protein  31.99 
 
 		 314 aa  117  3e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.222143  hitchhiker  0.00672743 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 320 aa  117  3e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>