129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0548 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_0409  helicase  71.82 
 
 		 1124 aa  1552    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2422  putative ATP-dependent helicase, MgpS  46.61 
 
 		 930 aa  706    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.122989  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0074  helicase-like  50.8 
 
 		 1066 aa  717    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0548  helicase  100 
 
 		 1145 aa  2282    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.107249 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3311  helicase-like  49.26 
 
 		 978 aa  751    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0505804  normal  0.0528841 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0545  helicase-like  73.72 
 
 		 1169 aa  1576    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.755336 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0281  helicase-like  84.97 
 
 		 1119 aa  1831    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.288418 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0504  helicase-like  72.12 
 
 		 1140 aa  1582    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.68867  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0573  helicase-like  47.13 
 
 		 984 aa  797    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.013088  hitchhiker  0.00000121316 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3376  helicase-like  50.44 
 
 		 1037 aa  989    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2292  helicase domain-containing protein  49.57 
 
 		 925 aa  751    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.94626  normal  0.593111 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1828  helicase domain-containing protein  48.69 
 
 		 975 aa  744    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.232638  normal  0.528087 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3088  helicase domain-containing protein  48.19 
 
 		 837 aa  666    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7546  putative ATP-dependent RNA and DNA helicase  70.83 
 
 		 1177 aa  1461    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1705  photosynthesis protein modulator  60.25 
 
 		 1003 aa  972    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.000107497  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3540  helicase domain-containing protein  46.31 
 
 		 865 aa  650    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.420075  normal  0.672772 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3115  helicase domain-containing protein  51.96 
 
 		 1026 aa  1035    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.186884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1131  helicase domain-containing protein  59.14 
 
 		 1027 aa  983    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.322366  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1698  helicase domain-containing protein  54.33 
 
 		 997 aa  903    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.282917 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2639  helicase domain-containing protein  69.99 
 
 		 1101 aa  1142    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.255071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0783  helicase domain protein  48.51 
 
 		 987 aa  729    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000205991  normal  0.0820229 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4394  helicase domain-containing protein  63.91 
 
 		 1140 aa  1071    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4118  helicase domain-containing protein  47.95 
 
 		 851 aa  716    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.396638 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3705  helicase domain-containing protein  62.86 
 
 		 1081 aa  1010    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.402139 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4802  helicase domain-containing protein  54.11 
 
 		 1154 aa  1077    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.782354  decreased coverage  0.000173761 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0074  helicase domain-containing protein  53.86 
 
 		 1142 aa  1110    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.313294  normal  0.416773 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4904  helicase domain protein  64.03 
 
 		 1138 aa  1071    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.891527  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0492  helicase domain protein  79.95 
 
 		 1093 aa  1691    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3817  helicase domain protein  54.31 
 
 		 1087 aa  1006    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3248  helicase domain protein  54.44 
 
 		 1139 aa  1115    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.916633 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4857  helicase domain protein  52.86 
 
 		 1136 aa  1080    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.526105  normal  0.284005 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1721  helicase domain protein  63.83 
 
 		 1135 aa  1027    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.279359  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4347  ATP-dependent helicase  51.77 
 
 		 1047 aa  1062    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.755222  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4146  helicase domain protein  54 
 
 		 1082 aa  1004    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.139556  normal  0.136367 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0253  helicase domain protein  45.26 
 
 		 890 aa  632  1e-180  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0121  helicase-like  42.4 
 
 		 855 aa  584  1.0000000000000001e-165  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2739  helicase-like protein  44.84 
 
 		 920 aa  580  1e-164  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5700  helicase domain protein  41.9 
 
 		 793 aa  547  1e-154  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.660496 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1086  helicase domain-containing protein  43.69 
 
 		 786 aa  521  1e-146  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.388315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0125  MgpS  40 
 
 		 542 aa  263  1e-68  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4122  hypothetical protein  63.85 
 
 		 172 aa  171  6e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0288564  normal  0.468133 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0436  helicase domain protein  38.85 
 
 		 815 aa  154  8e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0437206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0938  helicase domain-containing protein  37.45 
 
 		 789 aa  148  5e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0230287 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_31704  mitochondrial RNA helicase  34.63 
 
 		 640 aa  141  6e-32  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  decreased coverage  0.00121417  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2996  helicase domain-containing protein  34.65 
 
 		 757 aa  136  3e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_36409  predicted protein  38.58 
 
 		 471 aa  135  6e-30  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.306312  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2285  helicase domain protein  38.38 
 
 		 550 aa  131  6e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0811  helicase domain-containing protein  37.02 
 
 		 714 aa  125  4e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0710  helicase domain protein  37.02 
 
 		 778 aa  125  4e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04723  mitochondrial ATP-dependent RNA helicase Suv3, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G10820)  36.33 
 
 		 832 aa  124  8e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0229389  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0754  helicase domain protein  36.64 
 
 		 714 aa  124  9.999999999999999e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.636724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2066  helicase domain-containing protein  32.96 
 
 		 585 aa  117  8.999999999999998e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_10251  predicted protein  35.02 
 
 		 306 aa  117  8.999999999999998e-25  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0349969  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1967  helicase-like  36.12 
 
 		 932 aa  117  1.0000000000000001e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.519708  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2359  helicase domain-containing protein  32.86 
 
 		 585 aa  117  1.0000000000000001e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4414  helicase domain-containing protein  34.42 
 
 		 714 aa  116  3e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006686  CND06190  RNA helicase like protein, putative  34.17 
 
 		 828 aa  114  1.0000000000000001e-23  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0878  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  25.29 
 
 		 838 aa  72.4  0.00000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1821  DEAD/DEAH box helicase domain protein  26.45 
 
 		 831 aa  70.1  0.0000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1183  DEAD/DEAH box helicase domain protein  26.07 
 
 		 866 aa  68.6  0.0000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.195641  normal  0.316111 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5261  DEAD/DEAH box helicase-like protein  25.3 
 
 		 852 aa  67.4  0.000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06920  superfamily II RNA helicase  25.37 
 
 		 891 aa  67.8  0.000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5350  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  25.3 
 
 		 852 aa  67.4  0.000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5640  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  25.3 
 
 		 852 aa  67.4  0.000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5274  DEAD/DEAH box helicase domain protein  24.93 
 
 		 827 aa  67.8  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_85287  predicted protein  40.74 
 
 		 1239 aa  66.6  0.000000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.793183 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0773  DEAD/DEAH box helicase domain protein  23.55 
 
 		 835 aa  67  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_33072  predicted protein  37.5 
 
 		 872 aa  67.4  0.000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.988083  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND05090  conserved hypothetical protein  31.48 
 
 		 1068 aa  66.6  0.000000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.130071  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04412  ATP dependent RNA helicase (Dob1), putative (AFU_orthologue; AFUA_4G07160)  32.8 
 
 		 1073 aa  66.2  0.000000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2231  DEAD/DEAH box helicase domain protein  26.3 
 
 		 710 aa  66.2  0.000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.588321  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2490  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  25.67 
 
 		 865 aa  65.9  0.000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.33618  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1453  DEAD/DEAH box helicase domain protein  26.63 
 
 		 869 aa  65.9  0.000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.115515  normal  0.268809 
 
 
-
 
NC_006694  CNI02710  translation repressor, putative  38.54 
 
 		 1185 aa  65.5  0.000000006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.708185  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1695  DEAD/DEAH box helicase domain protein  26.2 
 
 		 873 aa  65.5  0.000000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.558592  decreased coverage  0.000760063 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1019  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  25.37 
 
 		 837 aa  65.1  0.000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05480  superfamily II RNA helicase  25.23 
 
 		 842 aa  64.7  0.00000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2074  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  25.3 
 
 		 848 aa  63.9  0.00000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0470  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.5 
 
 		 853 aa  64.3  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.191339  normal  0.0991802 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0040  superfamily II helicase  26.47 
 
 		 855 aa  64.7  0.00000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4778  DEAD/DEAH box helicase domain protein  24.78 
 
 		 861 aa  64.3  0.00000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1444  helicase domain protein  26.1 
 
 		 885 aa  63.5  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2815  DEAD/DEAH box helicase domain protein  23.92 
 
 		 837 aa  62.8  0.00000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.164928  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4192  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  25.15 
 
 		 950 aa  63.2  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.443512  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3065  DEAD/DEAH box helicase domain protein  24.71 
 
 		 847 aa  62.8  0.00000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.220572  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.14 
 
 		 832 aa  62.8  0.00000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.451486  normal  0.464159 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10920  superfamily II RNA helicase  25.89 
 
 		 869 aa  62.4  0.00000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.769865  normal  0.737548 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06007  DEAD/DEAH box RNA helicase (Ski2), putative (AFU_orthologue; AFUA_2G10000)  39.58 
 
 		 1293 aa  62  0.00000006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.542014  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1815  DEAD/DEAH box helicase domain protein  26.1 
 
 		 847 aa  61.6  0.00000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000659674 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11250  superfamily II RNA helicase  26.16 
 
 		 877 aa  61.6  0.00000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.303042  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6200  putative ATP-dependent helicase  25.17 
 
 		 830 aa  61.6  0.00000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0671676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2260  DEAD/DEAH box helicase-like  25.87 
 
 		 885 aa  61.2  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00837381 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5818  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  24.5 
 
 		 851 aa  61.2  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.247893  normal  0.727004 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1732  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  25.16 
 
 		 1231 aa  60.8  0.0000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.664883 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_49799  predicted protein  36.17 
 
 		 933 aa  60.5  0.0000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.238463 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0173  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.4 
 
 		 856 aa  60.1  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.114207  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18660  superfamily II RNA helicase  39.56 
 
 		 853 aa  60.1  0.0000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.103147  n/a   
 
 
-
 
NC_011696  PHATRDRAFT_50326  predicted protein  32.03 
 
 		 998 aa  60.1  0.0000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.455166  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0827  DEAD/DEAH box helicase  25.58 
 
 		 842 aa  60.8  0.0000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2334  DEAD/DEAH box helicase domain protein  23.86 
 
 		 870 aa  59.7  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>