More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3629 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_3629  pseudouridine synthase  100 
 
 		 301 aa  620  1e-177  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1652  pseudouridine synthase  94.9 
 
 		 294 aa  560  1e-158  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.192086  normal  0.562298 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1629  pseudouridine synthase  89.46 
 
 		 294 aa  530  1e-149  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.876181  normal  0.456368 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3964  pseudouridine synthase  74.23 
 
 		 297 aa  435  1e-121  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2133  pseudouridine synthase  71.33 
 
 		 313 aa  433  1e-120  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.112549  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2349  RNA pseudouridine synthase family protein  71.13 
 
 		 296 aa  421  1e-117  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.189292  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38090  putative pseudouridylate synthase  66.44 
 
 		 300 aa  386  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0112741 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1453  pseudouridine synthase  66.67 
 
 		 293 aa  383  1e-105  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20160  RNA pseudouridine synthase family protein  66.32 
 
 		 301 aa  378  1e-104  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3244  RNA pseudouridine synthase family protein  68.5 
 
 		 275 aa  367  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1623  pseudouridine synthase  58.99 
 
 		 292 aa  319  3e-86  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449518  normal  0.260522 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2906  pseudouridine synthase  53.95 
 
 		 303 aa  296  3e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.932753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2937  pseudouridine synthase  55.87 
 
 		 302 aa  289  3e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.519419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2674  pseudouridine synthase  49.48 
 
 		 307 aa  267  1e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0930515 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2605  pseudouridine synthase  51.6 
 
 		 314 aa  262  6e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.602447 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4251  pseudouridine synthase  49.82 
 
 		 305 aa  257  1e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00270285  normal  0.0267319 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4738  pseudouridine synthase  51.08 
 
 		 303 aa  257  1e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1895  pseudouridine synthase  48.79 
 
 		 302 aa  256  3e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1777  pseudouridine synthase  49.11 
 
 		 304 aa  253  2.0000000000000002e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1330  pseudouridine synthase  48.43 
 
 		 293 aa  243  3e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0166738  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02575  pseudouridylate synthase  61.27 
 
 		 206 aa  242  6e-63  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0257  pseudouridine synthase  46.85 
 
 		 293 aa  241  1e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0319588  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2953  pseudouridine synthase  47.04 
 
 		 293 aa  238  5.999999999999999e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1531  pseudouridine synthase  46.1 
 
 		 303 aa  224  1e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.216028 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1212  pseudouridine synthase  45.07 
 
 		 299 aa  223  3e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.415796  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0745  pseudouridine synthase  43.09 
 
 		 326 aa  221  8e-57  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0617  pseudouridine synthase  41.5 
 
 		 314 aa  221  9.999999999999999e-57  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4309  pseudouridine synthase  44.41 
 
 		 310 aa  219  5e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0482  pseudouridine synthase  42.16 
 
 		 312 aa  218  1e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3557  pseudouridine synthase  41.83 
 
 		 326 aa  213  4.9999999999999996e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.656396  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0418  pseudouridine synthase  43.01 
 
 		 308 aa  210  2e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3712  pseudouridine synthase  42.39 
 
 		 305 aa  209  4e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0433  pseudouridine synthase  42.46 
 
 		 305 aa  209  6e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0519  pseudouridine synthase  42.81 
 
 		 305 aa  208  8e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0572  pseudouridine synthase  42.31 
 
 		 306 aa  208  1e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0445  pseudouridine synthase  42.46 
 
 		 303 aa  207  1e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3881  pseudouridine synthase  42.46 
 
 		 305 aa  208  1e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.792189  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0459  pseudouridine synthase  42.11 
 
 		 305 aa  206  3e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3537  pseudouridine synthase  42.28 
 
 		 308 aa  206  4e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.966501  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5332  pseudouridine synthase  42.41 
 
 		 302 aa  204  1e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.776192  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0506  pseudouridine synthase  41.75 
 
 		 309 aa  203  3e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.95991 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4073  pseudouridine synthase  43.06 
 
 		 312 aa  202  4e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03250  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  39.77 
 
 		 348 aa  202  8e-51  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.243016  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3348  pseudouridine synthase  40.42 
 
 		 313 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0242654 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  42.28 
 
 		 303 aa  196  3e-49  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.727795 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0554  pseudouridine synthase  41.11 
 
 		 299 aa  195  8.000000000000001e-49  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0639  pseudouridine synthase  40.7 
 
 		 362 aa  194  2e-48  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.898355 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0549  pseudouridine synthase  40.62 
 
 		 312 aa  189  5e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1621  pseudouridine synthase  40.75 
 
 		 285 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0153149 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4820  pseudouridine synthase  43.39 
 
 		 286 aa  183  3e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0140866 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0672  pseudouridine synthase  40.78 
 
 		 309 aa  178  9e-44  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.526087  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13329  hypothetical protein  43.95 
 
 		 305 aa  177  3e-43  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4011  pseudouridine synthase  39.16 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1278  pseudouridine synthase  41.44 
 
 		 287 aa  171  2e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.175088 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0431  pseudouridine synthase  36.2 
 
 		 317 aa  165  6.9999999999999995e-40  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.344664  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1268  pseudouridine synthase  39.92 
 
 		 287 aa  162  7e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1251  pseudouridine synthase  39.92 
 
 		 287 aa  162  7e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.375028  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0932  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  39.84 
 
 		 254 aa  156  5.0000000000000005e-37  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  36.08 
 
 		 305 aa  142  5e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3559  pseudouridine synthase  37.4 
 
 		 304 aa  142  9.999999999999999e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08910  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  33.77 
 
 		 316 aa  132  6e-30  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.267328  normal  0.027473 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2882  RluA family pseudouridine synthase  29.86 
 
 		 300 aa  101  1e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.51797 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2426  pseudouridine synthase  30.49 
 
 		 315 aa  96.3  5e-19  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.181942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3242  pseudouridine synthase, RluA family  26.72 
 
 		 303 aa  94.7  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.341693  normal  0.607359 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4020  pseudouridine synthase, RluA family  28.21 
 
 		 306 aa  93.2  5e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3978  pseudouridine synthase, RluA family  28.21 
 
 		 306 aa  92  1e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5191  pseudouridine synthase, RluA family  29.63 
 
 		 308 aa  90.9  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000721787 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2226  pseudouridine synthase, RluD  30.37 
 
 		 301 aa  89.4  6e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2804  pseudouridylate synthase  33.02 
 
 		 215 aa  87.4  3e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.257511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1988  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.84 
 
 		 237 aa  82.4  0.000000000000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.145306  normal  0.940926 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  32.51 
 
 		 217 aa  82  0.00000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  33.95 
 
 		 541 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2308  pseudouridine synthase  31.34 
 
 		 237 aa  81.6  0.00000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000393862  normal  0.0433307 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.53 
 
 		 214 aa  80.9  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  30.1 
 
 		 325 aa  80.5  0.00000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1281  pseudouridine synthase  29.72 
 
 		 211 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.147193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1328  pseudouridine synthase RluA-like  33.66 
 
 		 238 aa  79.7  0.00000000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.182697  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3106  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.14 
 
 		 219 aa  79.7  0.00000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.774477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4321  RluA family pseudouridine synthase  31.73 
 
 		 350 aa  79.3  0.00000000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.412069 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  29.5 
 
 		 293 aa  79.3  0.00000000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1442  pseudouridylate synthase  32.84 
 
 		 223 aa  79.3  0.00000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.81175  normal  0.0720615 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2291  pseudouridine synthase  32.23 
 
 		 237 aa  79  0.00000000000009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.339211 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1377  pseudouridylate synthase  32.84 
 
 		 223 aa  79  0.00000000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000802724 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.68 
 
 		 332 aa  79  0.0000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1879  pseudouridine synthase RluA  31.46 
 
 		 211 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2488  pseudouridylate synthase  32.68 
 
 		 223 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177305  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1751  pseudouridine synthase  32.5 
 
 		 219 aa  77  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0485075  normal  0.0112767 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2989  pseudouridine synthase  30.54 
 
 		 548 aa  77  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1813  pseudouridine synthase, RluA family  31.84 
 
 		 526 aa  77.4  0.0000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000000964916  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  28.77 
 
 		 211 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0261  pseudouridine synthase  26.36 
 
 		 336 aa  76.6  0.0000000000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000139633  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  28.23 
 
 		 560 aa  76.6  0.0000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4330  pseudouridine synthase  32.39 
 
 		 245 aa  76.6  0.0000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697869 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4330  pseudouridine synthase, RluA family  29.53 
 
 		 323 aa  77  0.0000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1430  pseudouridine synthase  32.84 
 
 		 223 aa  77  0.0000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2106  pseudouridine synthase  29.96 
 
 		 315 aa  76.6  0.0000000000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3654  pseudouridine synthase  30.52 
 
 		 225 aa  76.6  0.0000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.599678  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  28.77 
 
 		 211 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4308  pseudouridine synthase, RluA family  29.53 
 
 		 323 aa  76.6  0.0000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0791  pseudouridine synthase  31.37 
 
 		 204 aa  76.6  0.0000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00896147  normal  0.0723816 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>