84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1904 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_1904  putative DNA-binding protein  100 
 
 		 96 aa  197  3.9999999999999996e-50  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.652825  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1282  putative DNA-binding protein  83.33 
 
 		 96 aa  169  7.999999999999999e-42  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2028  transcriptional regulator, XRE family  80.21 
 
 		 96 aa  162  2.0000000000000002e-39  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0786  putative DNA-binding protein  79.17 
 
 		 96 aa  159  2e-38  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0653  XRE family transcriptional regulator  57.5 
 
 		 99 aa  91.3  4e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245182  normal  0.717365 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0304  XRE family transcriptional regulator  45.74 
 
 		 96 aa  87  7e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.397119  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2202  helix-turn-helix domain-containing protein  46.32 
 
 		 98 aa  86.7  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.119587 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3537  transcriptional regulator, XRE family  51.22 
 
 		 97 aa  85.9  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2941  putative DNA-binding protein  54.84 
 
 		 97 aa  84  6e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.73394  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3065  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 98 aa  84  6e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1851  transcriptional regulator, XRE family  45.26 
 
 		 98 aa  80.5  0.000000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.367086  normal  0.712374 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1667  helix-turn-helix domain protein  47.37 
 
 		 98 aa  80.1  0.000000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.130634  normal  0.758617 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5139  transcriptional regulator, XRE family  41.57 
 
 		 97 aa  77.8  0.00000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.576626  normal  0.0207575 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5216  transcriptional regulator, XRE family  41.57 
 
 		 97 aa  77.8  0.00000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1572  helix-turn-helix domain-containing protein  43.16 
 
 		 98 aa  77.8  0.00000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.328104  normal  0.0948744 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1953  helix-turn-helix domain-containing protein  44.68 
 
 		 102 aa  77  0.00000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3172  XRE family transcriptional regulator  43.16 
 
 		 94 aa  76.3  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00100844 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0946  helix-turn-helix domain-containing protein  41.05 
 
 		 94 aa  73.6  0.0000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.0000318206  hitchhiker  0.000000295064 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0468  helix-turn-helix domain-containing protein  41.05 
 
 		 94 aa  73.6  0.0000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2230  transcriptional regulator, XRE family  39.78 
 
 		 96 aa  68.2  0.00000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.23704 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2738  XRE family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 95 aa  68.6  0.00000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2477  XRE family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 106 aa  62.8  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.229914  normal  0.245921 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1765  transcriptional regulator, XRE family  46.05 
 
 		 111 aa  63.2  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.21352  normal  0.204595 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1487  helix-turn-helix domain-containing protein  46.05 
 
 		 111 aa  63.2  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.1034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4437  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 119 aa  63.2  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.672925  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4125  XRE family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 96 aa  60.8  0.000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.230507 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3572  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 121 aa  60.8  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.405573  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0605  transcriptional regulator, XRE family  36.26 
 
 		 96 aa  59.7  0.00000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.959695  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4790  XRE family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 96 aa  58.9  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0485  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 97 aa  57.8  0.00000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0269  XRE family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 99 aa  57.8  0.00000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.506568  normal  0.270247 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31960  transcriptional regulator protein  37.89 
 
 		 95 aa  57.8  0.00000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1115  DNA-binding protein, putative  34.09 
 
 		 102 aa  57.4  0.00000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0386  helix-turn-helix domain-containing protein  48.15 
 
 		 201 aa  57.4  0.00000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.425253  normal  0.20556 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1709  XRE family transcriptional regulator  45.71 
 
 		 130 aa  57  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.105629  normal  0.300515 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3581  hypothetical protein  42.86 
 
 		 175 aa  56.6  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0426544  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0928  hypothetical protein  37.33 
 
 		 127 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.729389  normal  0.315243 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1198  Cro/CI family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 98 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2433  XRE family transcriptional regulator  47.69 
 
 		 121 aa  55.8  0.0000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.40389  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1506  XRE family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 106 aa  55.5  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.735616  normal  0.160374 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3074  helix-turn-helix type 3  47.46 
 
 		 131 aa  55.5  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.620865  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1042  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 102 aa  55.1  0.0000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.729396 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0975  transcriptional regulator, XRE family  32.98 
 
 		 95 aa  54.3  0.0000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0317  XRE family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 103 aa  54.3  0.0000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0550269 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3898  helix-turn-helix domain-containing protein  32.58 
 
 		 96 aa  53.5  0.0000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31050  DNA-binding protein  43.64 
 
 		 103 aa  52.8  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0139  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 94 aa  53.1  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.554857  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1400  hypothetical protein  43.1 
 
 		 61 aa  52.4  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.193921 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1852  XRE family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 97 aa  52.4  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00565598  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1020  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 103 aa  52.8  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3684  hypothetical protein  38.27 
 
 		 98 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.564903 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4938  XRE family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 95 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0484665  hitchhiker  0.0000000184601 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0786  helix-turn-helix domain-containing protein  40.62 
 
 		 103 aa  52.8  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04240  Transcriptional regulator with Fis-type helix-turn-helix motif  44.44 
 
 		 94 aa  52  0.000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2380  XRE family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 133 aa  52  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.740526  normal  0.410839 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0283  XRE family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 102 aa  51.6  0.000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0720  hypothetical protein  47.83 
 
 		 89 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.719881  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5658  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 95 aa  50.8  0.000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2833  hypothetical protein  38.46 
 
 		 96 aa  50.1  0.00001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4268  transcriptional regulator, XRE family  33.7 
 
 		 96 aa  48.5  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1708  transcriptional regulator, XRE family  39.66 
 
 		 102 aa  48.5  0.00003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4424  XRE family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 96 aa  48.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.107938  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4313  XRE family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 96 aa  48.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4246  transcriptional regulator, XRE family  32.61 
 
 		 96 aa  48.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4359  XRE family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 96 aa  48.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.272342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3602  helix-turn-helix domain-containing protein  38.98 
 
 		 130 aa  47.8  0.00005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3671  helix-turn-helix domain-containing protein  33.73 
 
 		 107 aa  47.8  0.00005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.179939  normal  0.801246 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4415  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  38.33 
 
 		 96 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1676  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 94 aa  47.4  0.00006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7348  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 120 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.159778  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0306  hypothetical protein  42.55 
 
 		 53 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000425505  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3850  virulence gene repressor RsaL  43.14 
 
 		 95 aa  45.4  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0068  hypothetical protein  41.54 
 
 		 95 aa  45.8  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3174  XRE family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 92 aa  45.4  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.024202  normal  0.0514125 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1541  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 94 aa  44.7  0.0004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0274839  hitchhiker  0.00170157 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3788  hypothetical protein  38.98 
 
 		 68 aa  44.7  0.0004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.839314  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1912  helix-turn-helix domain-containing protein  41.82 
 
 		 94 aa  45.1  0.0004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0182  putative transcriptional regulator  40 
 
 		 95 aa  44.3  0.0005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2226  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 251 aa  44.3  0.0005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.790529 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1993  putative transcriptional regulator  38.46 
 
 		 95 aa  43.9  0.0008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.964358 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3446  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 94 aa  43.9  0.0008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0763  Cro/CI family transcriptional regulator-related protein  35.42 
 
 		 101 aa  42  0.003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6166  hypothetical protein  42.55 
 
 		 64 aa  40.8  0.006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0794  DNA-binding protein  34.55 
 
 		 101 aa  40.4  0.009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.139439 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>