More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0861 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0861  tyrosyl-tRNA synthetase  100 
 
 		 405 aa  828    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0568  tyrosyl-tRNA synthetase  75.81 
 
 		 405 aa  636    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.74175  normal  0.29501 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0528  tyrosyl-tRNA synthetase  77.28 
 
 		 405 aa  645    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.445418  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0814  tyrosyl-tRNA synthetase  76.3 
 
 		 405 aa  649    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000175629  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1161  tyrosyl-tRNA synthetase  73.63 
 
 		 402 aa  612  9.999999999999999e-175  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0706  tyrosyl-tRNA synthetase  70.86 
 
 		 406 aa  600  1e-170  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1808  tyrosyl-tRNA synthetase  69.73 
 
 		 405 aa  583  1.0000000000000001e-165  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1034  tyrosyl-tRNA synthetase  57.36 
 
 		 413 aa  454  1e-127  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0457  tyrosyl-tRNA synthetase  52.12 
 
 		 401 aa  417  9.999999999999999e-116  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000997958  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0442  tyrosyl-tRNA synthetase  51.87 
 
 		 401 aa  417  9.999999999999999e-116  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000185644  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1490  tyrosyl-tRNA synthetase  50.25 
 
 		 404 aa  405  1.0000000000000001e-112  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0177  tyrosyl-tRNA synthetase  51.13 
 
 		 398 aa  404  1e-111  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000934164  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1723  tyrosyl-tRNA synthetase  52.75 
 
 		 398 aa  404  1e-111  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000543628  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1709  tyrosyl-tRNA synthetase  50.63 
 
 		 413 aa  402  1e-111  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000941896  normal  0.172619 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2388  tyrosyl-tRNA synthetase  51.98 
 
 		 406 aa  404  1e-111  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.262104  normal  0.700315 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05700  Tyrosyl-tRNA synthetase  51 
 
 		 407 aa  401  1e-111  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1695  tyrosyl-tRNA synthetase  51.98 
 
 		 405 aa  392  1e-108  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00574764  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0477  tyrosyl-tRNA synthetase  51.12 
 
 		 396 aa  384  1e-105  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0058  tyrosyl-tRNA synthetase  49 
 
 		 397 aa  382  1e-105  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000304834  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1368  tyrosyl-tRNA synthetase  49.12 
 
 		 432 aa  380  1e-104  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0107166  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1110  tyrosine--tRNA ligase  51.89 
 
 		 438 aa  377  1e-103  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000317082  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1102  tyrosyl-tRNA synthetase  49.63 
 
 		 403 aa  373  1e-102  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0362281  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3373  tyrosyl-tRNA synthetase  48.23 
 
 		 398 aa  373  1e-102  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2348  tyrosyl-tRNA synthetase  47.9 
 
 		 408 aa  371  1e-101  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000140569  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1307  tyrosyl-tRNA synthetase  50.13 
 
 		 395 aa  370  1e-101  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00344765  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2405  tyrosyl-tRNA synthetase  48.88 
 
 		 400 aa  370  1e-101  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.00000233958  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0637  tyrosyl-tRNA synthetase  50.55 
 
 		 392 aa  365  1e-100  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1139  tyrosyl-tRNA synthetase  50.74 
 
 		 403 aa  367  1e-100  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.147435  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2123  tyrosyl-tRNA synthetase  46.6 
 
 		 413 aa  367  1e-100  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0876  tyrosyl-tRNA synthetase  49.37 
 
 		 400 aa  366  1e-100  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  unclonable  0.00000000281136  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0372  tyrosyl-tRNA synthetase  46.73 
 
 		 421 aa  366  1e-100  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1949  tyrosyl-tRNA synthetase  46.88 
 
 		 398 aa  367  1e-100  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000101397  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1009  tyrosyl-tRNA synthetase  46.04 
 
 		 403 aa  367  1e-100  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1647  tyrosyl-tRNA synthetase  47.88 
 
 		 407 aa  365  1e-100  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00531566  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3291  tyrosyl-tRNA synthetase  48.88 
 
 		 403 aa  364  2e-99  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0387  tyrosyl-tRNA synthetase  48.57 
 
 		 421 aa  363  2e-99  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.523433  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0496  tyrosyl-tRNA synthetase  48.57 
 
 		 392 aa  362  5.0000000000000005e-99  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.182891  normal  0.219144 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0352  tyrosyl-tRNA synthetase  46.37 
 
 		 398 aa  361  1e-98  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0970  tyrosyl-tRNA synthetase  48.63 
 
 		 403 aa  361  1e-98  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000274252  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1811  tyrosyl-tRNA synthetase  46.44 
 
 		 412 aa  361  1e-98  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000303004  normal  0.076359 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0886  tyrosyl-tRNA synthetase  49.5 
 
 		 396 aa  360  3e-98  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000451813  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3310  tyrosyl-tRNA synthetase  48.38 
 
 		 404 aa  359  4e-98  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0899529  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0628  tyrosyl-tRNA synthetase  48.97 
 
 		 401 aa  358  9.999999999999999e-98  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0438  tyrosyl-tRNA synthetase  48.41 
 
 		 399 aa  358  9.999999999999999e-98  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000725763  normal  0.0537593 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0761  tyrosyl-tRNA synthetase  44.75 
 
 		 402 aa  356  5e-97  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000977983  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1546  tyrosyl-tRNA synthetase  45.11 
 
 		 410 aa  355  5.999999999999999e-97  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.211898  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0545  tyrosyl-tRNA synthetase  46.73 
 
 		 400 aa  355  6.999999999999999e-97  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.725424  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03412  tyrosyl-tRNA synthetase  47.17 
 
 		 395 aa  355  8.999999999999999e-97  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0006  tyrosyl-tRNA synthetase  47.78 
 
 		 413 aa  355  1e-96  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.274156  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0611  tyrosyl-tRNA synthetase  48.45 
 
 		 401 aa  354  2e-96  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0476  tyrosyl-tRNA synthetase  45.75 
 
 		 413 aa  354  2e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.209364  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0228  tyrosyl-tRNA synthetase  46.08 
 
 		 395 aa  354  2e-96  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1881  tyrosyl-tRNA synthetase  47.25 
 
 		 410 aa  352  1e-95  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00141012  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0417  tyrosyl-tRNA synthetase  45.5 
 
 		 413 aa  351  1e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.117344 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3502  tyrosyl-tRNA synthetase  46.88 
 
 		 401 aa  350  2e-95  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00208085  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002596  tyrosyl-tRNA synthetase  48.1 
 
 		 395 aa  350  2e-95  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000034927  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0588  tyrosyl-tRNA synthetase  49.02 
 
 		 403 aa  350  3e-95  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00683761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1182  tyrosyl-tRNA synthetase  48.63 
 
 		 403 aa  350  3e-95  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000828541  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0160  tyrosyl-tRNA synthetase  49.33 
 
 		 395 aa  348  7e-95  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000006248  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2033  tyrosyl-tRNA synthetase  44.36 
 
 		 398 aa  348  1e-94  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0657081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0697  tyrosyl-tRNA synthetase  44.89 
 
 		 400 aa  347  2e-94  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000250226  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1585  tyrosyl-tRNA synthetase  46.52 
 
 		 410 aa  347  3e-94  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0249853  normal  0.548234 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0514  tyrosyl-tRNA synthetase  49.46 
 
 		 399 aa  345  6e-94  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3769  tyrosyl-tRNA synthetase  46.17 
 
 		 413 aa  345  7e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1919  tyrosyl-tRNA synthetase  47 
 
 		 399 aa  345  7e-94  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000583253  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2645  tyrosyl-tRNA synthetase  45.59 
 
 		 410 aa  345  8e-94  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0210517  normal  0.766307 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0271  tyrosyl-tRNA synthetase  47 
 
 		 399 aa  345  8e-94  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000653604  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08560  tyrosyl-tRNA synthetase  46.62 
 
 		 399 aa  344  1e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0100825  decreased coverage  0.000000000888942 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02330  tyrosyl-tRNA synthetase  45.95 
 
 		 403 aa  344  2e-93  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.083172  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0603  tyrosyl-tRNA synthetase  46.91 
 
 		 413 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.780429  normal  0.696088 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4672  tyrosyl-tRNA synthetase  45.75 
 
 		 410 aa  343  2.9999999999999997e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0577  tyrosyl-tRNA synthetase  46.91 
 
 		 413 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.133514  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0850  tyrosyl-tRNA synthetase  49.35 
 
 		 399 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.508518  normal  0.448764 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1237  tyrosyl-tRNA synthetase  44.47 
 
 		 399 aa  343  4e-93  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2348  tyrosyl-tRNA synthetase  45.72 
 
 		 413 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1123  tyrosyl-tRNA synthetase  45.72 
 
 		 413 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0261  tyrosyl-tRNA synthetase  45.72 
 
 		 413 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.668867  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2527  tyrosyl-tRNA synthetase  45.72 
 
 		 413 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0809  tyrosyl-tRNA synthetase  47.37 
 
 		 399 aa  342  9e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.00020616  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2206  tyrosyl-tRNA synthetase  46.61 
 
 		 399 aa  341  1e-92  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1240  tyrosyl-tRNA synthetase  45.52 
 
 		 413 aa  341  1e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0307967  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0200  tyrosyl-tRNA synthetase  46.67 
 
 		 413 aa  341  1e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0743273  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0683  tyrosyl-tRNA synthetase  46.67 
 
 		 413 aa  341  1e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.483128  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0506  tyrosyl-tRNA synthetase  47.15 
 
 		 410 aa  341  2e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3371  tyrosyl-tRNA synthetase  45.48 
 
 		 413 aa  340  2e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0306351  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08370  tyrosyl-tRNA synthetase  45.93 
 
 		 405 aa  340  2e-92  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.464474 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0650  tyrosyl-tRNA synthetase  46.98 
 
 		 413 aa  340  2e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0691605  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3085  tyrosyl-tRNA synthetase  45.21 
 
 		 407 aa  340  2e-92  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.188908  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2686  tyrosyl-tRNA synthetase  45.21 
 
 		 405 aa  340  2e-92  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000803186  normal  0.260014 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2810  tyrosyl-tRNA synthetase  47.46 
 
 		 398 aa  341  2e-92  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0678103  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2700  tyrosyl-tRNA synthetase  45.16 
 
 		 454 aa  340  2e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.62079 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5905  tyrosyl-tRNA synthetase  44.58 
 
 		 410 aa  339  4e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3445  tyrosyl-tRNA synthetase  47 
 
 		 413 aa  339  4e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0109315 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2971  tyrosyl-tRNA synthetase  48.94 
 
 		 398 aa  340  4e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0482374  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4727  tyrosyl-tRNA synthetase  47.84 
 
 		 399 aa  339  5e-92  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.964495  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2333  tyrosyl-tRNA synthetase  45.5 
 
 		 404 aa  339  5e-92  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3406  tyrosyl-tRNA synthetase  45.48 
 
 		 413 aa  339  7e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0911  tyrosyl-tRNA synthetase  47.57 
 
 		 407 aa  338  9e-92  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000280403  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2560  tyrosyl-tRNA synthetase  45.98 
 
 		 432 aa  338  9e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.181889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2221  tyrosyl-tRNA synthetase  46.02 
 
 		 414 aa  338  9.999999999999999e-92  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>