124 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0731 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0731  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 		 174 aa  358  1e-98  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1961  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  74.71 
 
 		 174 aa  279  1e-74  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00643734  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1586  hypothetical protein  71.26 
 
 		 174 aa  261  4.999999999999999e-69  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.345573  normal  0.0169562 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0605  biopolymer transport protein ExbD/TolR  72.41 
 
 		 174 aa  250  7e-66  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.946686  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0572  hypothetical protein  67.26 
 
 		 188 aa  241  5e-63  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.316463 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0590  hypothetical protein  66.08 
 
 		 188 aa  241  5e-63  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.583994  normal  0.972517 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0635  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  66.47 
 
 		 182 aa  227  6e-59  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0551  hypothetical protein  40.12 
 
 		 179 aa  117  7.999999999999999e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5089  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.62 
 
 		 178 aa  95.1  4e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00127684  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1428  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.97 
 
 		 197 aa  94.4  8e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.770563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0589  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.98 
 
 		 177 aa  85.5  3e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.768385  normal  0.646896 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0571  hypothetical protein  35.37 
 
 		 177 aa  80.9  0.000000000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.487342 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0634  hypothetical protein  33.33 
 
 		 177 aa  80.9  0.000000000000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2016  hypothetical protein  34.42 
 
 		 175 aa  79.3  0.00000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0730  hypothetical protein  39.58 
 
 		 177 aa  77.8  0.00000000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4057  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.78 
 
 		 193 aa  77.4  0.00000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000796256  hitchhiker  0.000000255237 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0491  hypothetical protein  30.38 
 
 		 184 aa  77.4  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.46585  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0604  hypothetical protein  31.33 
 
 		 177 aa  76.3  0.0000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1962  hypothetical protein  51.52 
 
 		 177 aa  76.6  0.0000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0548542  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1003  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.76 
 
 		 176 aa  74.3  0.0000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1587  hypothetical protein  45.57 
 
 		 177 aa  73.6  0.000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0166263 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3099  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.97 
 
 		 169 aa  71.2  0.000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.422914  normal  0.197974 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0550  hypothetical protein  29.14 
 
 		 177 aa  68.6  0.00000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4088  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.41 
 
 		 179 aa  68.2  0.00000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2764  hypothetical protein  27.54 
 
 		 175 aa  62  0.000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.720369  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5088  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.26 
 
 		 208 aa  62  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00337979  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.57 
 
 		 137 aa  57.8  0.00000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4056  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.29 
 
 		 204 aa  57  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.022799  hitchhiker  0.00000194913 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1522  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.07 
 
 		 122 aa  57  0.0000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3753  biopolymer transport exbD protein  27.07 
 
 		 133 aa  55.5  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.677985  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2987  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.32 
 
 		 133 aa  55.5  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.369399  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2763  hypothetical protein  23.27 
 
 		 174 aa  55.5  0.0000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.861823  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1028  biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.29 
 
 		 138 aa  53.9  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000374903  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4089  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36 
 
 		 205 aa  53.1  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1742  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.06 
 
 		 141 aa  52.4  0.000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2991  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.56 
 
 		 134 aa  51.2  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.158684  normal  0.0282837 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1460  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.93 
 
 		 135 aa  50.8  0.00001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0506  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.44 
 
 		 148 aa  49.7  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.492419 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00634  biopolymer transport protein  41.67 
 
 		 135 aa  49.7  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0592  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.44 
 
 		 141 aa  49.7  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.127488 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0609  biopolymer transport protein ExbD/TolR  22.38 
 
 		 136 aa  48.9  0.00003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000633887  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2608  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.12 
 
 		 135 aa  49.3  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02811  Biopolymer transport protein  23.13 
 
 		 132 aa  49.3  0.00003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0477065  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0443  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.14 
 
 		 166 aa  48.5  0.00004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2017  hypothetical protein  32.89 
 
 		 201 aa  48.5  0.00004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.991999  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4648  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.17 
 
 		 193 aa  48.5  0.00005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.030471  normal  0.671776 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1257  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.58 
 
 		 134 aa  48.5  0.00005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.529196  hitchhiker  0.000136221 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0358  biopolymer ExbD/TolR family transporter  26.87 
 
 		 135 aa  48.1  0.00007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0309097 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1247  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.87 
 
 		 140 aa  47.8  0.00007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  40.82 
 
 		 136 aa  47.8  0.00009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4575  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.35 
 
 		 217 aa  47.8  0.00009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1370  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.63 
 
 		 140 aa  47  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1698  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.93 
 
 		 250 aa  47  0.0001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1656  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.39 
 
 		 142 aa  47  0.0001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.310193  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03432  Biopolymer transport protein  27.05 
 
 		 135 aa  47  0.0001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3216  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.21 
 
 		 141 aa  47.4  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.300081  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.58 
 
 		 135 aa  46.2  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0632  biopolymer transport protein ExbD, putative  22.31 
 
 		 139 aa  45.8  0.0003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.362389 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2221  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.06 
 
 		 134 aa  46.2  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.109447  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2485  phospholipid/glycerol acyltransferase  33.33 
 
 		 141 aa  45.4  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000540401  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2919  biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.31 
 
 		 134 aa  45.8  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0661927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1618  biopolymer transport protein ExbD/TolR  21.64 
 
 		 136 aa  45.4  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272583  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4069  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.55 
 
 		 135 aa  45.8  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1151  TonB system transport protein ExbD2  30.3 
 
 		 134 aa  45.8  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.717092  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1574  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.93 
 
 		 134 aa  45.8  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0927503  normal  0.0158805 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1427  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.47 
 
 		 218 aa  45.8  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1634  biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.31 
 
 		 143 aa  45.1  0.0005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0335583  normal  0.448537 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1506  biopolymer transport protein  50 
 
 		 136 aa  45.1  0.0005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000178844  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2649  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.93 
 
 		 134 aa  45.1  0.0005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00438318  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2060  GTP cyclohydrolase I  50 
 
 		 143 aa  44.7  0.0006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.552907 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2151  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.71 
 
 		 140 aa  44.7  0.0006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0691787  normal  0.335965 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0388  biopolymer transport protein  33.33 
 
 		 145 aa  45.1  0.0006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0352  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 		 145 aa  45.1  0.0006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2237  biopolymer ExbD/TolR family transporter  24.81 
 
 		 134 aa  44.7  0.0007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.271991  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2305  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.4 
 
 		 134 aa  44.7  0.0007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0492  hypothetical protein  40.38 
 
 		 208 aa  44.7  0.0007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.717698  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1736  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.29 
 
 		 139 aa  44.7  0.0007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.109286  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0114  TonB system transport protein ExbD2  35.56 
 
 		 134 aa  44.7  0.0007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1643  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.71 
 
 		 134 aa  44.3  0.0009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.158333  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0902  TonB system transport protein ExbD3  35.56 
 
 		 134 aa  44.3  0.0009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1827  TonB system transport protein ExbD2  45.71 
 
 		 134 aa  43.9  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3846  biopolymer transport protein ExbD/TolR family  24.06 
 
 		 143 aa  43.9  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.661546  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3209  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.81 
 
 		 137 aa  43.5  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000537129  normal  0.265512 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2674  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40 
 
 		 140 aa  44.3  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0355  branched-chain amino acid aminotransferase I  37.5 
 
 		 134 aa  43.9  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00931363  normal  0.438435 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2422  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.71 
 
 		 134 aa  44.3  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00108653  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2461  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.71 
 
 		 134 aa  44.3  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.086318  hitchhiker  0.000000463213 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2531  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.71 
 
 		 134 aa  44.3  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.103764  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.71 
 
 		 134 aa  43.9  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00147196  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.71 
 
 		 134 aa  44.3  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00138445  hitchhiker  0.00000106541 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2475  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.71 
 
 		 134 aa  43.9  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.71842  hitchhiker  0.0000457301 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1520  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.71 
 
 		 134 aa  44.3  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1628  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.71 
 
 		 134 aa  44.3  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.426629  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2891  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.68 
 
 		 135 aa  43.9  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00140985 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06757  hypothetical protein  32.69 
 
 		 134 aa  43.9  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1665  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.71 
 
 		 134 aa  44.3  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.283534  normal  0.123341 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2715  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.71 
 
 		 134 aa  44.3  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0091845  hitchhiker  0.0000000699577 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0871  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.73 
 
 		 135 aa  43.5  0.002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3869  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.36 
 
 		 136 aa  43.1  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1397  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  40 
 
 		 140 aa  43.5  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>