140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_0386 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_0386  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 201 aa  412  1e-114  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.425253  normal  0.20556 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04240  Transcriptional regulator with Fis-type helix-turn-helix motif  79.07 
 
 		 94 aa  138  6e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0139  XRE family transcriptional regulator  71.91 
 
 		 94 aa  124  7e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.554857  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0720  hypothetical protein  74.12 
 
 		 89 aa  124  8.000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.719881  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5658  XRE family transcriptional regulator  69.66 
 
 		 95 aa  122  3e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04230  transcription repressor protein  57.73 
 
 		 104 aa  122  4e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.611673  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5659  hypothetical protein  57.73 
 
 		 110 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.748876  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0140  hypothetical protein  59.79 
 
 		 104 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.765789  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0284  hypothetical protein  58.7 
 
 		 112 aa  107  1e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0283  XRE family transcriptional regulator  62.03 
 
 		 102 aa  104  9e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1020  transcriptional regulator, XRE family  57.5 
 
 		 103 aa  102  4e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0317  XRE family transcriptional regulator  56.25 
 
 		 103 aa  99.8  2e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0550269 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0786  helix-turn-helix domain-containing protein  57.5 
 
 		 103 aa  100  2e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3672  hypothetical protein  57.95 
 
 		 95 aa  95.9  3e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.243113  normal  0.808254 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31050  DNA-binding protein  58.75 
 
 		 103 aa  93.6  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5215  RelE-like cytotoxic translational repressor of toxin-antitoxin stability system  49.46 
 
 		 108 aa  89.4  3e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0484  RelE-like cytotoxic translational repressor of toxin-antitoxin stability system  49.4 
 
 		 112 aa  87.4  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4126  RelE-like cytotoxic translational repressor of toxin-antitoxin stability system  46.59 
 
 		 117 aa  85.1  6e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.74132  normal  0.235069 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1707  hypothetical protein  44.57 
 
 		 104 aa  84.3  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3850  virulence gene repressor RsaL  55.13 
 
 		 95 aa  81.6  0.000000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31040  hypothetical protein  39.22 
 
 		 105 aa  81.3  0.000000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1708  transcriptional regulator, XRE family  51.9 
 
 		 102 aa  81.3  0.000000000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3602  helix-turn-helix domain-containing protein  40.98 
 
 		 130 aa  77.4  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1021  hypothetical protein  37.72 
 
 		 112 aa  75.5  0.0000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0316  hypothetical protein  42.57 
 
 		 112 aa  75.5  0.0000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0764847 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0306  hypothetical protein  68.75 
 
 		 53 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000425505  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3898  helix-turn-helix domain-containing protein  48.78 
 
 		 96 aa  72.8  0.000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2231  hypothetical protein  40.43 
 
 		 200 aa  72.4  0.000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.36851 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3171  RelE-like cytotoxic translational repressor of toxin-antitoxin stability system  40.96 
 
 		 111 aa  71.6  0.000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00104102 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0945  RelE-like cytotoxic translational repressor of toxin-antitoxin stability system  33.33 
 
 		 117 aa  71.2  0.000000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.000041771  hitchhiker  0.000000340827 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2834  hypothetical protein  43.04 
 
 		 87 aa  69.3  0.00000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4414  hypothetical protein  38.46 
 
 		 103 aa  68.9  0.00000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3683  hypothetical protein  39.76 
 
 		 105 aa  69.3  0.00000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.463091 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1953  helix-turn-helix domain-containing protein  41.94 
 
 		 102 aa  68.2  0.00000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02180  RelE-like Cytotoxic translational repressor of toxin-antitoxin stability system  38.55 
 
 		 115 aa  68.2  0.00000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0293585  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31960  transcriptional regulator protein  42.7 
 
 		 95 aa  67.4  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5138  RelE-like cytotoxic translational repressor of toxin-antitoxin stability system  52.17 
 
 		 78 aa  67  0.0000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.517981  normal  0.0200659 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3603  hypothetical protein  54.55 
 
 		 104 aa  66.6  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1646  hypothetical protein, putative phage gene  40.23 
 
 		 118 aa  66.2  0.0000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0467  hypothetical protein  43.75 
 
 		 132 aa  65.9  0.0000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.956925 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3536  hypothetical protein  40.48 
 
 		 120 aa  64.7  0.0000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2738  XRE family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 95 aa  64.7  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0804  hypothetical protein  39.74 
 
 		 110 aa  63.5  0.000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0605  transcriptional regulator, XRE family  43.08 
 
 		 96 aa  63.2  0.000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.959695  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1115  DNA-binding protein, putative  39.76 
 
 		 102 aa  63.2  0.000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2833  hypothetical protein  44.12 
 
 		 96 aa  62.8  0.000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1954  RelE-like cytotoxic translational repressor of toxin-antitoxin stability system  46.99 
 
 		 112 aa  62.8  0.000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4415  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  44.3 
 
 		 96 aa  62.8  0.000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1852  XRE family transcriptional regulator  57.69 
 
 		 97 aa  62.8  0.000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00565598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3572  transcriptional regulator, XRE family  48.44 
 
 		 121 aa  62.4  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.405573  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1913  hypothetical protein  34.94 
 
 		 112 aa  61.6  0.000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0786  putative DNA-binding protein  50 
 
 		 96 aa  60.5  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4268  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 96 aa  60.1  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2028  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 96 aa  60.5  0.00000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4424  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 96 aa  59.7  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.107938  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4359  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 96 aa  59.7  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.272342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4313  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 96 aa  59.7  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4246  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 96 aa  59.7  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0269  XRE family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 99 aa  59.3  0.00000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.506568  normal  0.270247 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3065  XRE family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 98 aa  59.3  0.00000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4790  XRE family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 96 aa  58.2  0.00000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1116  hypothetical protein  36.59 
 
 		 102 aa  57.4  0.0000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4437  transcriptional regulator, XRE family  53.06 
 
 		 119 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.672925  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1413  virulence gene repressor RsaL  52 
 
 		 104 aa  57.4  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31970  hypothetical protein  39.74 
 
 		 104 aa  56.6  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0270  hypothetical protein  37.18 
 
 		 104 aa  57  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.840372  normal  0.26913 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1904  putative DNA-binding protein  48.15 
 
 		 96 aa  57.4  0.0000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.652825  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1282  putative DNA-binding protein  50 
 
 		 96 aa  57  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2230  transcriptional regulator, XRE family  52 
 
 		 96 aa  57.4  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.23704 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4244  hypothetical protein  32.32 
 
 		 103 aa  56.6  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2433  XRE family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 121 aa  56.2  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.40389  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0946  helix-turn-helix domain-containing protein  54 
 
 		 94 aa  56.2  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.0000318206  hitchhiker  0.000000295064 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0468  helix-turn-helix domain-containing protein  54 
 
 		 94 aa  56.2  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0652  RelE-like cytotoxic translational repressor of toxin-antitoxin stability system  35.96 
 
 		 122 aa  56.6  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.199942  normal  0.733298 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0928  hypothetical protein  45.76 
 
 		 127 aa  56.6  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.729389  normal  0.315243 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0304  XRE family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 96 aa  55.1  0.0000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.397119  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1903  hypothetical protein  36.36 
 
 		 146 aa  55.1  0.0000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.722874  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0069  hypothetical protein  32.05 
 
 		 111 aa  55.1  0.0000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.138923  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1198  Cro/CI family transcriptional regulator  52 
 
 		 98 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0181  hypothetical protein  32.05 
 
 		 111 aa  54.3  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1645  putative DNA-binding protein, putative phage gene  50 
 
 		 104 aa  54.7  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1992  hypothetical protein  32.05 
 
 		 111 aa  54.7  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.951791 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1709  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 130 aa  53.1  0.000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.105629  normal  0.300515 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1765  transcriptional regulator, XRE family  46.3 
 
 		 111 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.21352  normal  0.204595 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2380  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 133 aa  53.5  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.740526  normal  0.410839 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0803  hypothetical protein  50 
 
 		 104 aa  53.1  0.000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2202  helix-turn-helix domain-containing protein  37.35 
 
 		 98 aa  53.9  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.119587 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1487  helix-turn-helix domain-containing protein  46.3 
 
 		 111 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.1034  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4938  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 95 aa  52.8  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0484665  hitchhiker  0.0000000184601 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3172  XRE family transcriptional regulator  49.06 
 
 		 94 aa  52.8  0.000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00100844 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3074  helix-turn-helix type 3  46.15 
 
 		 131 aa  52.8  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.620865  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0653  XRE family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 99 aa  52.4  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245182  normal  0.717365 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0485  XRE family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 97 aa  51.6  0.000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3671  helix-turn-helix domain-containing protein  37.36 
 
 		 107 aa  51.6  0.000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.179939  normal  0.801246 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1042  XRE family transcriptional regulator  46 
 
 		 102 aa  51.6  0.000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.729396 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3446  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 94 aa  51.2  0.000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3537  transcriptional regulator, XRE family  42.59 
 
 		 97 aa  51.2  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1361  transcriptional regulator, XRE family  48 
 
 		 147 aa  51.2  0.00001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00209269  hitchhiker  6.37946e-19 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4125  XRE family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 96 aa  50.1  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.230507 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2477  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 106 aa  50.1  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.229914  normal  0.245921 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>