51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1974 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1974  hypothetical protein  100 
 
 		 317 aa  644    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.260801  normal  0.0442943 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2454  TPR repeat-containing protein  61.13 
 
 		 326 aa  390  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0869299  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28150  hypothetical protein  66.08 
 
 		 292 aa  363  2e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0121186  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0294  TPR repeat-containing protein  52.83 
 
 		 339 aa  294  1e-78  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.033214  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2157  hypothetical protein  47.35 
 
 		 332 aa  278  9e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.97673  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0089  hypothetical protein  47 
 
 		 342 aa  274  2.0000000000000002e-72  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0271  hypothetical protein  43.09 
 
 		 337 aa  255  7e-67  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000357372  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1110  TPR repeat-containing protein  46.15 
 
 		 312 aa  239  5.999999999999999e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.166102  normal  0.864016 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2524  peptidase C39, bacteriocin processing  47.19 
 
 		 317 aa  233  3e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.497952  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1828  TPR repeat-containing protein  44.44 
 
 		 310 aa  213  2.9999999999999995e-54  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20370  hypothetical protein  62.57 
 
 		 172 aa  210  2e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0530  tetratricopeptide TPR_4  41.32 
 
 		 314 aa  208  8e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.491525  normal  0.49371 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1288  hypothetical protein  44.79 
 
 		 330 aa  182  6e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000550461 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1043  hypothetical protein  32.65 
 
 		 322 aa  176  7e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4194  hypothetical protein  34.96 
 
 		 347 aa  169  5e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2693  hypothetical protein  42.11 
 
 		 231 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3525  hypothetical protein  40.65 
 
 		 244 aa  159  5e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.675078  normal  0.214556 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3703  hypothetical protein  40.38 
 
 		 224 aa  159  7e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.634912 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3246  hypothetical protein  41.12 
 
 		 244 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.310754  normal  0.875608 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03118  FOG: TPR repeat 2396 protein  34.43 
 
 		 308 aa  151  2e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2426  hypothetical protein  41.75 
 
 		 231 aa  150  4e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.909088  normal  0.197222 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1948  hypothetical protein  39.25 
 
 		 267 aa  149  6e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.168356  hitchhiker  0.000258843 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2447  hypothetical protein  41.27 
 
 		 244 aa  149  7e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.779936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1104  hypothetical protein  32.73 
 
 		 223 aa  83.6  0.000000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0738368 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0637  hypothetical protein  30.06 
 
 		 188 aa  83.6  0.000000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.323019  normal  0.918011 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0719  peptidase C39 bacteriocin processing  31.01 
 
 		 164 aa  57.4  0.0000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1468  TPR repeat-containing protein  23.2 
 
 		 368 aa  52  0.00001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0958  peptidase C39 bacteriocin processing  22.3 
 
 		 164 aa  51.2  0.00002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000835793  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24101  hypothetical protein  31.37 
 
 		 725 aa  50.4  0.00004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1233  TPR repeat-containing protein  29.25 
 
 		 909 aa  50.4  0.00004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.161918  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24071  hypothetical protein  29.29 
 
 		 622 aa  49.3  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1093  TPR repeat-containing protein  30.19 
 
 		 681 aa  47.8  0.0002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.353622  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24081  hypothetical protein  29.29 
 
 		 764 aa  47.8  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1759  TPR repeat-containing protein  26.67 
 
 		 207 aa  46.6  0.0006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1802  TPR repeat-containing protein  31.78 
 
 		 822 aa  46.2  0.0008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.984059  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0955  TPR repeat-containing protein  30.19 
 
 		 637 aa  45.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2807  tetratricopeptide TPR_2  23.31 
 
 		 576 aa  45.4  0.001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.233123 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19711  hypothetical protein  31.87 
 
 		 865 aa  44.7  0.002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.372007  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1328  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  30.39 
 
 		 810 aa  45.1  0.002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.929548  normal  0.0143336 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2030  MCP methyltransferase, CheR-type with Tpr repeats  33.61 
 
 		 481 aa  44.7  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  30.39 
 
 		 878 aa  45.1  0.002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2188  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.57 
 
 		 442 aa  44.3  0.003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2475  peptidoglycan-binding LysM  29.41 
 
 		 632 aa  43.9  0.003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00625277  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2189  MCP methyltransferase, CheR-type with Tpr repeats  33.66 
 
 		 481 aa  43.1  0.006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0949  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 		 1121 aa  42.7  0.007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0849269  normal  0.0980091 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1683  TPR repeat-containing protein  27.47 
 
 		 362 aa  42.7  0.007  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1523  Tfp pilus assembly protein PilF-like protein  35.96 
 
 		 202 aa  42.7  0.007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.546002  normal  0.0791762 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00391  TPR repeat-containing protein  26.37 
 
 		 502 aa  43.1  0.007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.264497  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0825  TPR repeat-containing protein  27.36 
 
 		 739 aa  42.7  0.008  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.423694  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2045  tetratricopeptide TPR_2  28.77 
 
 		 199 aa  42.7  0.009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  unclonable  0.00000000000222916  normal  0.0184394 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00731  hypothetical protein  28.28 
 
 		 816 aa  42.7  0.009  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.456129 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>