25 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3525 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3525  hypothetical protein  100 
 
 		 244 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.675078  normal  0.214556 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3246  hypothetical protein  93.44 
 
 		 244 aa  437  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.310754  normal  0.875608 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2447  hypothetical protein  92.62 
 
 		 244 aa  434  1e-121  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.779936  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1948  hypothetical protein  80.97 
 
 		 267 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.168356  hitchhiker  0.000258843 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3703  hypothetical protein  59.7 
 
 		 224 aa  240  2e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.634912 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2693  hypothetical protein  53.74 
 
 		 231 aa  237  1e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2426  hypothetical protein  56.81 
 
 		 231 aa  223  2e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.909088  normal  0.197222 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1974  hypothetical protein  40.65 
 
 		 317 aa  159  4e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.260801  normal  0.0442943 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2454  TPR repeat-containing protein  39.34 
 
 		 326 aa  149  4e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0869299  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28150  hypothetical protein  39.89 
 
 		 292 aa  138  8.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0121186  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20370  hypothetical protein  44.51 
 
 		 172 aa  133  1.9999999999999998e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1110  TPR repeat-containing protein  39.2 
 
 		 312 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.166102  normal  0.864016 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0294  TPR repeat-containing protein  34.95 
 
 		 339 aa  115  6e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.033214  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0530  tetratricopeptide TPR_4  36.84 
 
 		 314 aa  115  7.999999999999999e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.491525  normal  0.49371 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2157  hypothetical protein  33.01 
 
 		 332 aa  115  7.999999999999999e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.97673  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0089  hypothetical protein  37.24 
 
 		 342 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0271  hypothetical protein  31.55 
 
 		 337 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000357372  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1288  hypothetical protein  36.5 
 
 		 330 aa  100  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000550461 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1828  TPR repeat-containing protein  31.22 
 
 		 310 aa  94.4  2e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2524  peptidase C39, bacteriocin processing  33.68 
 
 		 317 aa  89  6e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.497952  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1043  hypothetical protein  26.41 
 
 		 322 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4194  hypothetical protein  27.22 
 
 		 347 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03118  FOG: TPR repeat 2396 protein  26.42 
 
 		 308 aa  77.8  0.0000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0958  peptidase C39 bacteriocin processing  25 
 
 		 164 aa  56.2  0.0000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000835793  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0637  hypothetical protein  21.99 
 
 		 188 aa  43.1  0.004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.323019  normal  0.918011 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>