More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3902 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3902  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 319 aa  653    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1223  LysR family transcriptional regulator  63.67 
 
 		 318 aa  395  1e-109  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3898  LysR family transcriptional regulator  62.05 
 
 		 311 aa  397  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.522944  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1251  LysR family transcriptional regulator  63.67 
 
 		 318 aa  395  1e-109  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.392675  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0770  LysR family transcriptional regulator  63.67 
 
 		 318 aa  395  1e-109  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.973031  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1142  LysR family transcriptional regulator  62.66 
 
 		 318 aa  392  1e-108  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.26532 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4389  LysR family transcriptional regulator  63 
 
 		 318 aa  392  1e-108  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1130  LysR family transcriptional regulator  62.66 
 
 		 318 aa  392  1e-108  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2032  LysR family transcriptional regulator  61.46 
 
 		 302 aa  389  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2065  LysR family transcriptional regulator  62.33 
 
 		 318 aa  389  1e-107  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2533  LysR family transcriptional regulator  61.46 
 
 		 320 aa  382  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.732036  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1152  LysR family transcriptional regulator  61.46 
 
 		 320 aa  382  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1305  LysR family transcriptional regulator  61.46 
 
 		 320 aa  384  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.764905  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2081  LysR family transcriptional regulator  61.46 
 
 		 320 aa  382  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.11964  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1144  LysR family transcriptional regulator  61.46 
 
 		 320 aa  383  1e-105  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0699  LysR family transcriptional regulator  61.13 
 
 		 320 aa  379  1e-104  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1683  LysR family transcriptional regulator  61.07 
 
 		 323 aa  377  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0193555  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0254  LysR family transcriptional regulator  61.07 
 
 		 323 aa  377  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1772  LysR family transcriptional regulator  61.07 
 
 		 323 aa  377  1e-103  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.6565  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1161  LysR family transcriptional regulator  61.07 
 
 		 323 aa  374  1e-102  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0467249  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1101  LysR family transcriptional regulator  58.24 
 
 		 277 aa  319  5e-86  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0765049  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0325  LysR family transcriptional regulator  58.24 
 
 		 277 aa  319  5e-86  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0099  LysR family transcriptional regulator  58.24 
 
 		 277 aa  319  5e-86  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2847  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 323 aa  235  1.0000000000000001e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.109493  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7812  transcriptional regulator, LysR family  41.3 
 
 		 317 aa  225  6e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2070  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 327 aa  224  2e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.83599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4670  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 317 aa  195  9e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.632106  hitchhiker  0.00186288 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0599  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 312 aa  127  2.0000000000000002e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1244  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 316 aa  124  2e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3179  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 299 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2671  LysR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 299 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0656105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2537  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 299 aa  105  9e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2682  LysR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 323 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 289 aa  103  5e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3260  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 305 aa  99.8  5e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.444883 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  26.46 
 
 		 295 aa  98.6  1e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0634  transcriptional regulator, LysR family  27.74 
 
 		 310 aa  97.4  2e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0855  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 308 aa  97.4  3e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.931414  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 307 aa  96.7  5e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 292 aa  96.3  6e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.62 
 
 		 297 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  27.62 
 
 		 297 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  27.62 
 
 		 297 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 297 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 297 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  27.62 
 
 		 297 aa  94.4  2e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 310 aa  94.7  2e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  27.62 
 
 		 297 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 297 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2988  transcriptional regulator, LysR family  24.8 
 
 		 300 aa  93.6  4e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.8288  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2253  transcriptional regulator, LysR family  28.96 
 
 		 303 aa  93.2  5e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105468  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 297 aa  92  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2087  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 299 aa  92  1e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.589785  normal  0.993199 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3310  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 311 aa  91.7  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.637496  normal  0.0770151 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0147  LysR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 312 aa  90.1  4e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.951871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1657  LysR substrate binding domain-containing protein  27.53 
 
 		 299 aa  89.7  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46470  LysR family regulatory protein  27.7 
 
 		 305 aa  89.7  5e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1685  LysR substrate binding domain protein  27.53 
 
 		 299 aa  89.7  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.533068  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1852  LysR substrate binding domain-containing protein  27.53 
 
 		 299 aa  89.7  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1598  LysR substrate binding domain protein  27.53 
 
 		 299 aa  89.7  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1589  LysR substrate binding domain protein  27.53 
 
 		 299 aa  89.7  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.103905 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2953  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 294 aa  90.1  5e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0084  LysR family transcriptional regulator  24.66 
 
 		 311 aa  89.4  8e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446413  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2418  transcriptional regulator, LysR family  24.91 
 
 		 312 aa  89.4  8e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2118  LysR family transcriptional regulator  21.74 
 
 		 294 aa  89  9e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  19.8 
 
 		 294 aa  89  9e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  26.22 
 
 		 299 aa  89  1e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  26.22 
 
 		 299 aa  89  1e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 299 aa  89  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  26.72 
 
 		 301 aa  89  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  26.22 
 
 		 299 aa  89  1e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.22 
 
 		 299 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1513  transcriptional regulator, LysR family  27.18 
 
 		 326 aa  87.8  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.22 
 
 		 299 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 299 aa  88.2  2e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.22 
 
 		 299 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 301 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1688  LysR family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 292 aa  88.2  2e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000776975  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2311  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 321 aa  88.2  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00283875 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3519  transcriptional regulator, LysR family  22.15 
 
 		 315 aa  87.8  2e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0639  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 296 aa  87.4  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5703  LysR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 298 aa  87.4  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199598 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.22 
 
 		 299 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3437  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 304 aa  87.4  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.395284  normal  0.657554 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1665  LysR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 301 aa  87.4  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49590  transcriptional regulator  24.58 
 
 		 300 aa  87  4e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0224866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 298 aa  87  4e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.22 
 
 		 299 aa  87  4e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5151  LysR family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 302 aa  87  4e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.606064  normal  0.58822 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7143  transcriptional regulator, LysR family  28.16 
 
 		 295 aa  86.7  5e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297032  normal  0.653171 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 306 aa  86.7  5e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3091  transcriptional regulator, LysR family  28.05 
 
 		 304 aa  86.7  5e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.339744  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2434  LysR family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 301 aa  85.9  7e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3612  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 296 aa  86.3  7e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.395284  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  24.73 
 
 		 305 aa  86.3  7e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 297 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2111  LysR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 296 aa  85.9  8e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0551561  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4601  LysR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 298 aa  85.9  9e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.829145  normal  0.12385 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08961  transcriptional regulator, LysR family protein  22.31 
 
 		 312 aa  85.9  9e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  24.18 
 
 		 297 aa  85.9  9e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>