More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_0019 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_0019  SMF protein  100 
 
 		 366 aa  726    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000611984  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0175  DNA processing protein DprA, putative  77.16 
 
 		 394 aa  528  1e-149  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0021  SMF protein  75.68 
 
 		 372 aa  520  1e-146  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0085  DNA protecting protein DprA  70.47 
 
 		 365 aa  495  1e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.273214  normal  0.48909 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0057  DNA protecting protein DprA  73.77 
 
 		 368 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0085  DNA protecting protein DprA  69.64 
 
 		 365 aa  489  1e-137  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.182517  decreased coverage  0.00000000000000667659 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0069  DNA protecting protein DprA  71.03 
 
 		 365 aa  476  1e-133  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0131518  unclonable  0.000000561308 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0088  DNA protecting protein DprA  70.47 
 
 		 365 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.226637  hitchhiker  0.00000226151 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00190  DNA processing protein, DprA (SMF family)  70.19 
 
 		 366 aa  444  1.0000000000000001e-124  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0224115  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0022  DNA-processing protein smf chain A  68.44 
 
 		 362 aa  436  1e-121  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.638184  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00230  putative Rossmann fold nucleotide-binding protein  68.82 
 
 		 362 aa  431  1e-120  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.143604  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2324  DNA protecting protein DprA  48.03 
 
 		 388 aa  280  4e-74  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.257169  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0023  filamentous haemagglutinin-like protein  41.55 
 
 		 399 aa  272  6e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2630  DNA protecting protein DprA  46.67 
 
 		 379 aa  271  1e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.196753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3410  SMF protein  46.59 
 
 		 379 aa  267  2e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.487064  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3012  SMF protein  47.78 
 
 		 368 aa  267  2e-70  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2841  DNA processing protein DprA, putative  45.22 
 
 		 364 aa  266  4e-70  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2520  hypothetical protein  42.2 
 
 		 361 aa  262  6e-69  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2275  DNA protecting protein DprA  44.85 
 
 		 377 aa  262  6.999999999999999e-69  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00463646 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2098  DNA processing protein  49.82 
 
 		 308 aa  261  2e-68  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00923798  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2650  hypothetical protein  41.91 
 
 		 361 aa  259  4e-68  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0017  DNA processing protein DprA, putative  47.8 
 
 		 365 aa  258  1e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0018  DNA protecting protein DprA  47.8 
 
 		 365 aa  258  1e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.645037  normal  0.109485 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0189  DNA processing protein DprA, putative  46.15 
 
 		 336 aa  257  2e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000738349 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0193  smf protein  52.82 
 
 		 375 aa  256  3e-67  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0088  DNA protecting protein DprA  49.1 
 
 		 296 aa  255  8e-67  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000403325  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0194  DNA processing protein DprA, putative  43.72 
 
 		 377 aa  255  8e-67  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0012  SMF protein  50.35 
 
 		 320 aa  252  6e-66  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.143146 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0019  SMF protein  48.3 
 
 		 358 aa  251  1e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.108355 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2088  DNA protecting protein DprA  44.57 
 
 		 384 aa  250  2e-65  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.972888  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0395  DNA processing protein DprA, putative  43.7 
 
 		 372 aa  250  3e-65  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1867  DNA protecting protein DprA  41.97 
 
 		 381 aa  247  3e-64  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0076  DNA protecting protein DprA  42.86 
 
 		 352 aa  246  6.999999999999999e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3358  DNA protecting protein DprA  48.84 
 
 		 401 aa  244  9.999999999999999e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.496729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1931  DNA processing chain A  41.69 
 
 		 381 aa  244  1.9999999999999999e-63  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2865  DNA processing protein DprA, putative  44.08 
 
 		 371 aa  242  7.999999999999999e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0357  DNA protecting protein DprA  41.34 
 
 		 377 aa  241  2e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0657137  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0412  DNA processing chain A  46.18 
 
 		 368 aa  240  2.9999999999999997e-62  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.232612  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3681  DNA protecting protein DprA  47.84 
 
 		 402 aa  239  5.999999999999999e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4641  DNA processing protein DprA, putative  41.6 
 
 		 374 aa  238  9e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0077  Smf protein  46.67 
 
 		 369 aa  238  1e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.64141  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0040  DNA protecting protein DprA  44.05 
 
 		 331 aa  236  4e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.529295 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0835  DNA protecting protein DprA  41.62 
 
 		 405 aa  236  6e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3602  DNA protecting protein DprA  49.48 
 
 		 374 aa  235  7e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.62233 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002059  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  42.19 
 
 		 369 aa  234  1.0000000000000001e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0037  DNA protecting protein DprA  46.18 
 
 		 368 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.249396  normal  0.109899 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0068  SMF protein  47.06 
 
 		 401 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0281  putative SMF protein  42.62 
 
 		 365 aa  233  3e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0175905 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3709  DNA protecting protein DprA  49.48 
 
 		 374 aa  233  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.173213  normal  0.0813608 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0029  DNA protecting protein DprA  45.12 
 
 		 338 aa  233  3e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0934581 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3967  DNA protecting protein DprA  45.64 
 
 		 373 aa  233  3e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.104375  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0037  DNA protecting protein DprA  45.12 
 
 		 338 aa  233  3e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000615281 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3601  DNA protecting protein DprA  49.48 
 
 		 374 aa  233  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000541333  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3674  DNA protecting protein DprA  49.48 
 
 		 374 aa  233  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00389  nucleotide-binding protein  41.87 
 
 		 369 aa  233  4.0000000000000004e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0031  DNA protecting protein DprA  45.12 
 
 		 338 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.912099  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0026  DNA protecting protein DprA  46.05 
 
 		 340 aa  231  1e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0440  DNA protecting protein DprA  45.49 
 
 		 377 aa  231  1e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.303838  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3772  DNA protecting protein DprA  48.79 
 
 		 374 aa  231  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0026  DNA protecting protein DprA  44.16 
 
 		 338 aa  231  1e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0212  DNA protecting protein DprA  42.18 
 
 		 386 aa  231  1e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00622091  normal  0.258224 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04053  DNA protecting protein DprA  46.25 
 
 		 311 aa  231  2e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0033  DNA protecting protein DprA  46.18 
 
 		 338 aa  230  3e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000150023 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0097  DNA protecting protein DprA  42.86 
 
 		 387 aa  230  3e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0034  DNA protecting protein DprA  46.18 
 
 		 338 aa  229  4e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0029  DNA protecting protein DprA  46.18 
 
 		 338 aa  229  4e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0033  DNA protecting protein DprA  45.83 
 
 		 338 aa  229  5e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000224726 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3881  DNA protecting protein DprA  46.28 
 
 		 399 aa  228  2e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.857304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3690  DNA protecting protein DprA  41.03 
 
 		 359 aa  226  4e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216312  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0034  DNA processing protein DprA, putative  44.67 
 
 		 338 aa  224  2e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2550  DNA processing protein DprA  43.43 
 
 		 356 aa  223  3e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304192  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4686  DNA protecting protein DprA  40.55 
 
 		 408 aa  223  4e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4049  Fis family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 386 aa  222  7e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3394  DNA protecting protein DprA  41.73 
 
 		 386 aa  222  9e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03136  hypothetical protein  47.1 
 
 		 374 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.393563  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0428  DNA protecting protein DprA  47.1 
 
 		 374 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3479  DNA protecting protein DprA  47.1 
 
 		 374 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000661668  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4084  DNA protecting protein DprA  40.81 
 
 		 399 aa  221  9.999999999999999e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.168592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3768  DNA protecting protein DprA  47.1 
 
 		 374 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00137702  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0428  DNA protecting protein DprA  47.1 
 
 		 374 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0030328  hitchhiker  0.00135165 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03087  hypothetical protein  47.1 
 
 		 374 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.531925  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3670  DNA protecting protein DprA  47.1 
 
 		 374 aa  221  9.999999999999999e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.206561  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3581  DNA protecting protein DprA  46.76 
 
 		 374 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0315496  normal  0.18869 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4608  DNA protecting protein DprA  47.1 
 
 		 374 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0168836  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5115  DNA protecting protein DprA  41.95 
 
 		 382 aa  220  3.9999999999999997e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0103  DNA protecting protein DprA  39.55 
 
 		 365 aa  220  3.9999999999999997e-56  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3788  DNA protecting protein DprA  46.34 
 
 		 373 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00493314  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3267  DNA protecting protein DprA  48.54 
 
 		 364 aa  219  5e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000733179  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3717  DNA protecting protein DprA  42.4 
 
 		 374 aa  219  6e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00862167  decreased coverage  0.00279195 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0529  DNA protecting protein DprA  47.1 
 
 		 371 aa  219  7.999999999999999e-56  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0102387  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6479  SMF protein  46.67 
 
 		 448 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.848521 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2833  DNA protecting protein DprA  40.59 
 
 		 372 aa  218  1e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3881  DNA protecting protein DprA  47.92 
 
 		 373 aa  218  1e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000308128  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0317  DNA protecting protein DprA  47.92 
 
 		 373 aa  218  1e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.595486  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1581  DNA processing protein DprA, putative  44.27 
 
 		 425 aa  217  2e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.301322  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0022  putative DNA processing protein DprA  37.99 
 
 		 383 aa  216  4e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0890  SMF protein  41.88 
 
 		 358 aa  216  4e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000185705  hitchhiker  0.000000000000633505 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3587  DNA protecting protein DprA  43.89 
 
 		 375 aa  216  4e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4510  DNA protecting protein DprA  41.9 
 
 		 373 aa  216  4e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00273954  hitchhiker  0.000201451 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0045  DNA protecting protein DprA  45.52 
 
 		 405 aa  216  5e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>