239 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2424 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2424  transporter DMT superfamily protein  100 
 
 		 303 aa  577  1e-164  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.664269  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0807  RarD protein, DMT superfamily transporter  42.91 
 
 		 301 aa  204  2e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00187361  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0811  RarD protein, DMT superfamily transporter  42.91 
 
 		 301 aa  204  2e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0657773  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0866  RarD protein, DMT superfamily transporter  39.53 
 
 		 309 aa  202  6e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.914682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0760  hypothetical protein  42.23 
 
 		 301 aa  199  3.9999999999999996e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0071  rarD protein  39.79 
 
 		 311 aa  192  8e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2608  transporter DMT superfamily protein  41.25 
 
 		 325 aa  190  2e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2413  transporter DMT superfamily protein  40.78 
 
 		 294 aa  191  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.528634  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1614  transporter DMT superfamily protein  41.07 
 
 		 335 aa  190  2.9999999999999997e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000443089  normal  0.408859 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1661  transporter DMT superfamily protein  41.84 
 
 		 297 aa  189  4e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0806  transporter DMT superfamily protein  38.59 
 
 		 300 aa  189  7e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.86594  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0769  rarD protein  41.49 
 
 		 303 aa  188  1e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2317  RarD protein, DMT superfamily transporter  37.97 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000109763  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0719  transporter DMT superfamily protein  39.06 
 
 		 313 aa  187  2e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.727095  normal  0.645388 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0490  RarD protein, DMT superfamily transporter  43.4 
 
 		 298 aa  186  4e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.156296  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3574  rarD protein  35.83 
 
 		 313 aa  186  5e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3353  rarD protein  36.77 
 
 		 313 aa  186  5e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.412924  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3317  chloramphenicol-sensitive RarD protein  36.77 
 
 		 313 aa  186  5e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3267  chloramphenicol-sensitive rarD protein  36.77 
 
 		 313 aa  186  5e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.905769  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3567  rarD protein  36.77 
 
 		 313 aa  186  5e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.619892 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3614  rarD protein  36.77 
 
 		 313 aa  186  5e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.472217  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4080  transporter DMT superfamily protein  42.66 
 
 		 284 aa  186  6e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.44689 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5181  RarD protein  39.06 
 
 		 295 aa  185  7e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000181331  normal  0.141075 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3584  rarD protein  35.83 
 
 		 313 aa  185  7e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.884243  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0386  transporter DMT superfamily protein  38.05 
 
 		 295 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000235759  normal  0.198446 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3667  rarD protein  35.83 
 
 		 313 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4157  RarD protein, DMT superfamily transporter  36.63 
 
 		 309 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.149197  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3967  RarD protein, DMT superfamily transporter  37.12 
 
 		 309 aa  183  3e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.807001  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1650  rarD protein  35.83 
 
 		 313 aa  183  3e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.754909 
 
 
-
 
NC_004310  BR0680  rarD protein  39.67 
 
 		 306 aa  182  4.0000000000000006e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.667831  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2331  rarD protein  35.74 
 
 		 301 aa  182  5.0000000000000004e-45  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0706  RarD protein  39.53 
 
 		 310 aa  182  8.000000000000001e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3262  transporter DMT superfamily protein  37.11 
 
 		 313 aa  181  1e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1952  rarD protein  39.66 
 
 		 307 aa  180  2e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2234  transporter DMT superfamily protein  34.71 
 
 		 315 aa  179  4e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.201447  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23910  rarD protein  37.63 
 
 		 307 aa  179  4e-44  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00670263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4093  transporter DMT superfamily protein  38.74 
 
 		 297 aa  179  4e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0477  RarD protein, DMT superfamily transporter  42.81 
 
 		 298 aa  179  5.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.840744 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0672  RarD protein  40.99 
 
 		 290 aa  179  5.999999999999999e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.207374  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0358  RarD protein, DMT superfamily transporter  37.04 
 
 		 295 aa  179  7e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000108784  normal  0.875961 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0667  RarD protein, DMT superfamily transporter  39.66 
 
 		 302 aa  179  7e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.000000233047  hitchhiker  0.00000296435 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1476  hypothetical protein  38 
 
 		 307 aa  179  7e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0384  transporter DMT superfamily protein  37.04 
 
 		 295 aa  178  9e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000682799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3228  hypothetical protein  41.14 
 
 		 317 aa  178  1e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1178  RarD protein, DMT superfamily transporter  39.73 
 
 		 304 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.17819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1110  transporter DMT superfamily protein  41.22 
 
 		 313 aa  177  3e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3677  RarD protein, DMT superfamily transporter  42.61 
 
 		 320 aa  177  3e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1350  rarD protein  38.14 
 
 		 300 aa  176  4e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4235  RarD protein  35.42 
 
 		 295 aa  176  4e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4282  hypothetical protein  35.42 
 
 		 295 aa  176  4e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.816229 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4342  RarD protein  35.42 
 
 		 295 aa  176  4e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4163  RarD protein  35.54 
 
 		 298 aa  176  5e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2967  RarD protein, DMT superfamily transporter  38.18 
 
 		 304 aa  176  5e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.895178 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0621  transporter DMT superfamily protein  33.8 
 
 		 318 aa  176  5e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000105334  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4001  transporter DMT superfamily protein  37.54 
 
 		 296 aa  175  7e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.948028  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0552  hypothetical protein  37.54 
 
 		 296 aa  175  7e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0215  RarD protein  37.54 
 
 		 296 aa  175  7e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3520  rarD protein  40.88 
 
 		 296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00194559 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2265  RarD protein, DMT superfamily transporter  37.37 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3977  transporter DMT superfamily protein  37.11 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000216532  normal  0.646856 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0570  hypothetical protein  44.25 
 
 		 298 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1950  RarD protein, DMT superfamily transporter  38.62 
 
 		 307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0936  rarD protein  37.79 
 
 		 295 aa  173  2.9999999999999996e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3424  transporter DMT superfamily protein  40.99 
 
 		 308 aa  173  2.9999999999999996e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.110688  normal  0.0105884 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3201  RarD protein, DMT superfamily transporter  39.25 
 
 		 333 aa  173  2.9999999999999996e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.786904  normal  0.510387 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002091  protein rarD  36.39 
 
 		 305 aa  172  3.9999999999999995e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0167  transporter DMT superfamily protein  36.62 
 
 		 304 aa  173  3.9999999999999995e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.800787 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5260  RarD protein  35.23 
 
 		 295 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.946168  normal  0.789863 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0190  RarD protein, DMT superfamily transporter  38.28 
 
 		 306 aa  172  5.999999999999999e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.323465  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03698  predicted chloramphenical resistance permease  35.36 
 
 		 296 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4160  RarD protein, DMT superfamily transporter  35.36 
 
 		 296 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4043  RarD protein  35.36 
 
 		 296 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4189  transporter DMT superfamily protein  35.36 
 
 		 296 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03647  hypothetical protein  35.36 
 
 		 296 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4186  RarD protein  35.36 
 
 		 296 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0171366 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0249  RarD protein, DMT superfamily transporter  39.66 
 
 		 298 aa  172  7.999999999999999e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0046118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4340  RarD protein  35.23 
 
 		 295 aa  172  9e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1030  RarD protein, DMT superfamily transporter  38.72 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4184  RarD protein  34.72 
 
 		 294 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06320  hypothetical protein  41.41 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.00000000000000257668  normal  0.652211 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0588  hypothetical protein  39 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.0009394  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0190  transporter DMT superfamily protein  36.52 
 
 		 295 aa  171  2e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.7183 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3340  RarD family protein  40.8 
 
 		 299 aa  170  2e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4285  RarD protein  35.46 
 
 		 301 aa  170  2e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0080  RarD protein, DMT superfamily transporter  38.49 
 
 		 292 aa  171  2e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4844  transporter DMT superfamily protein  38.38 
 
 		 295 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  0.000000000446481  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1428  rarD protein  38.89 
 
 		 304 aa  170  3e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.242387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0970  transporter DMT superfamily protein  39.04 
 
 		 306 aa  170  3e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0101189  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0334  transporter DMT superfamily protein  38.36 
 
 		 298 aa  170  3e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0082  rarD protein  35.13 
 
 		 300 aa  169  4e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2776  transporter DMT superfamily protein  33.55 
 
 		 302 aa  170  4e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4081  transporter DMT superfamily protein  33.56 
 
 		 306 aa  169  4e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2719  transporter DMT superfamily protein  33.55 
 
 		 302 aa  170  4e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0297  RarD protein, DMT superfamily transporter  40.21 
 
 		 301 aa  168  9e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.904351 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0332  rarD protein  35.25 
 
 		 293 aa  168  1e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.100395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3832  transporter DMT superfamily protein  34.46 
 
 		 295 aa  168  1e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3476  transporter DMT superfamily protein  34.12 
 
 		 295 aa  167  2e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4067  transporter DMT superfamily protein  40.47 
 
 		 299 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00345  permease  35.42 
 
 		 304 aa  166  5e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00198  Conserved membrane protein RarD  36.77 
 
 		 310 aa  165  1.0000000000000001e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.493256  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>