240 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1476 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1476  hypothetical protein  100 
 
 		 307 aa  605  9.999999999999999e-173  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0071  rarD protein  64.65 
 
 		 311 aa  392  1e-108  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0719  transporter DMT superfamily protein  65.99 
 
 		 313 aa  390  1e-107  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.727095  normal  0.645388 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1030  RarD protein, DMT superfamily transporter  64.17 
 
 		 305 aa  378  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1178  RarD protein, DMT superfamily transporter  64.71 
 
 		 304 aa  380  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.17819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3520  rarD protein  57.77 
 
 		 296 aa  336  3.9999999999999995e-91  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00194559 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3228  hypothetical protein  62.5 
 
 		 317 aa  328  8e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4067  transporter DMT superfamily protein  64.55 
 
 		 299 aa  324  9e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3340  RarD family protein  64.21 
 
 		 299 aa  323  2e-87  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0970  transporter DMT superfamily protein  56.77 
 
 		 306 aa  307  1.0000000000000001e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0101189  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2608  transporter DMT superfamily protein  51.84 
 
 		 325 aa  291  8e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0680  rarD protein  50.33 
 
 		 306 aa  285  5e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.667831  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0672  RarD protein  50.7 
 
 		 290 aa  271  7e-72  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.207374  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0769  rarD protein  44.07 
 
 		 303 aa  248  8e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1614  transporter DMT superfamily protein  40.94 
 
 		 335 aa  224  1e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000443089  normal  0.408859 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1650  rarD protein  41.08 
 
 		 313 aa  222  4.9999999999999996e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.754909 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3574  rarD protein  40.4 
 
 		 313 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3262  transporter DMT superfamily protein  40.74 
 
 		 313 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2265  RarD protein, DMT superfamily transporter  44.07 
 
 		 307 aa  220  1.9999999999999999e-56  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3353  rarD protein  39.39 
 
 		 313 aa  219  3.9999999999999997e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.412924  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3267  chloramphenicol-sensitive rarD protein  39.39 
 
 		 313 aa  219  3.9999999999999997e-56  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.905769  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3567  rarD protein  39.39 
 
 		 313 aa  219  3.9999999999999997e-56  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.619892 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3614  rarD protein  39.39 
 
 		 313 aa  219  3.9999999999999997e-56  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.472217  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3667  rarD protein  40.4 
 
 		 313 aa  219  3.9999999999999997e-56  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3317  chloramphenicol-sensitive RarD protein  39.39 
 
 		 313 aa  219  5e-56  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3092  transporter DMT superfamily protein  41.53 
 
 		 310 aa  219  5e-56  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.652908  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4157  RarD protein, DMT superfamily transporter  39.8 
 
 		 309 aa  219  5e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.149197  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3584  rarD protein  40.07 
 
 		 313 aa  219  6e-56  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.884243  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0599  RarD protein, DMT superfamily transporter  40 
 
 		 302 aa  219  6e-56  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0082  rarD protein  36.96 
 
 		 300 aa  217  2e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0490  RarD protein, DMT superfamily transporter  41.67 
 
 		 298 aa  217  2e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.156296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0811  RarD protein, DMT superfamily transporter  47.32 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0657773  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0807  RarD protein, DMT superfamily transporter  47.32 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00187361  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1350  rarD protein  39.39 
 
 		 300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0535  transporter DMT superfamily protein  41.41 
 
 		 493 aa  216  2.9999999999999998e-55  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.595832  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3765  transporter DMT superfamily protein  38.28 
 
 		 295 aa  216  5e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.36356 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2575  rarD protein  38.7 
 
 		 302 aa  216  5e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.859473  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0223  chloramphenicol-sensitive protein RarD  34.9 
 
 		 305 aa  215  9e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.198756  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0364  transporter DMT superfamily protein  38.28 
 
 		 294 aa  215  9e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3967  RarD protein, DMT superfamily transporter  39.12 
 
 		 309 aa  214  9.999999999999999e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.807001  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3592  transporter DMT superfamily protein  37.95 
 
 		 294 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.228436  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0477  RarD protein, DMT superfamily transporter  41.61 
 
 		 298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.840744 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4243  rarD protein  37.5 
 
 		 294 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0389  rarD protein  36.45 
 
 		 298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000602328 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0190  RarD protein, DMT superfamily transporter  41.18 
 
 		 306 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.323465  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3476  transporter DMT superfamily protein  39.19 
 
 		 295 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3395  RarD protein  41.44 
 
 		 301 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.96482  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00345  permease  35.55 
 
 		 304 aa  213  3.9999999999999995e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2234  transporter DMT superfamily protein  39.6 
 
 		 315 aa  213  4.9999999999999996e-54  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.201447  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0167  transporter DMT superfamily protein  40.47 
 
 		 304 aa  212  5.999999999999999e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.800787 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2413  transporter DMT superfamily protein  40.28 
 
 		 294 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.528634  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1950  RarD protein, DMT superfamily transporter  42.71 
 
 		 307 aa  212  7e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5181  RarD protein  38.78 
 
 		 295 aa  211  1e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000181331  normal  0.141075 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1661  transporter DMT superfamily protein  38.89 
 
 		 297 aa  211  1e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0467  transporter DMT superfamily protein  37.58 
 
 		 294 aa  211  1e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.323574  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0381  transporter DMT superfamily protein  37 
 
 		 294 aa  210  2e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.628097  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0796  RarD protein  37.33 
 
 		 290 aa  210  2e-53  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.000337641  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0407  RarD protein, DMT superfamily transporter  37 
 
 		 294 aa  210  2e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0219498  hitchhiker  0.000000000129202 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0330  rarD protein  39.53 
 
 		 300 aa  211  2e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0332  rarD protein  37.33 
 
 		 293 aa  211  2e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.100395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0393  transporter DMT superfamily protein  37 
 
 		 294 aa  210  2e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.725553  hitchhiker  0.00047979 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0382  transporter DMT superfamily protein  37 
 
 		 294 aa  210  3e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000260751  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0866  RarD protein, DMT superfamily transporter  34.58 
 
 		 309 aa  209  5e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.914682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0760  hypothetical protein  46.37 
 
 		 301 aa  208  7e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5260  RarD protein  37.58 
 
 		 295 aa  208  7e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.946168  normal  0.789863 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002091  protein rarD  35.67 
 
 		 305 aa  208  9e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4340  RarD protein  37.58 
 
 		 295 aa  208  1e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0806  transporter DMT superfamily protein  37.54 
 
 		 300 aa  208  1e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.86594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0891  transporter DMT superfamily protein  42.71 
 
 		 292 aa  207  1e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.2644 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4184  RarD protein  38.38 
 
 		 294 aa  207  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03698  predicted chloramphenical resistance permease  37.46 
 
 		 296 aa  207  2e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4160  RarD protein, DMT superfamily transporter  37.46 
 
 		 296 aa  207  2e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4043  RarD protein  37.46 
 
 		 296 aa  207  2e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3201  RarD protein, DMT superfamily transporter  41.1 
 
 		 333 aa  207  2e-52  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.786904  normal  0.510387 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4189  transporter DMT superfamily protein  37.46 
 
 		 296 aa  207  2e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4186  RarD protein  37.46 
 
 		 296 aa  207  2e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0171366 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03647  hypothetical protein  37.46 
 
 		 296 aa  207  2e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4235  RarD protein  38.38 
 
 		 295 aa  206  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3544  RarD protein  43.01 
 
 		 304 aa  206  3e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4282  hypothetical protein  38.38 
 
 		 295 aa  206  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.816229 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4342  RarD protein  38.38 
 
 		 295 aa  206  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0604  RarD protein, DMT superfamily transporter  39.27 
 
 		 307 aa  207  3e-52  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.452707  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4093  transporter DMT superfamily protein  37.97 
 
 		 297 aa  206  4e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4285  RarD protein  37.04 
 
 		 301 aa  206  5e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0778  RarD protein  38.36 
 
 		 290 aa  205  7e-52  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2792  RarD protein, DMT superfamily transporter  42.37 
 
 		 344 aa  205  8e-52  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.028886 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4163  RarD protein  38.64 
 
 		 298 aa  205  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0080  RarD protein, DMT superfamily transporter  41.58 
 
 		 292 aa  204  1e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0621  transporter DMT superfamily protein  38.85 
 
 		 318 aa  204  1e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000105334  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0570  hypothetical protein  42.07 
 
 		 298 aa  204  2e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0358  RarD protein, DMT superfamily transporter  37.76 
 
 		 295 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000108784  normal  0.875961 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3824  transporter DMT superfamily protein  38.69 
 
 		 302 aa  203  3e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3832  transporter DMT superfamily protein  35.93 
 
 		 295 aa  203  3e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0239  RarD protein, DMT superfamily transporter  39.73 
 
 		 306 aa  202  4e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.226389  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0386  transporter DMT superfamily protein  37.41 
 
 		 295 aa  202  5e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000235759  normal  0.198446 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3977  transporter DMT superfamily protein  37.29 
 
 		 298 aa  202  7e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000216532  normal  0.646856 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0717  transporter DMT superfamily protein  39.58 
 
 		 294 aa  201  9e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.424655  normal  0.726711 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0384  transporter DMT superfamily protein  37.41 
 
 		 295 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000682799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3424  transporter DMT superfamily protein  38.43 
 
 		 308 aa  201  9.999999999999999e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.110688  normal  0.0105884 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0936  rarD protein  39.18 
 
 		 295 aa  199  3.9999999999999996e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>