264 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_4231 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_4231  amidophosphoribosyltransferases-like  100 
 
 		 240 aa  497  1e-140  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0572  ComF family protein  35.55 
 
 		 204 aa  127  2.0000000000000002e-28  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1124  competence protein F  33.33 
 
 		 233 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4126  competence protein ComF  34.97 
 
 		 263 aa  113  3e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1128  phosphoribosyltransferase  32.57 
 
 		 239 aa  112  4.0000000000000004e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0218  competence protein,-like protein  31.28 
 
 		 273 aa  112  6e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0828937  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03994  ComF  30.49 
 
 		 237 aa  112  6e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0141  competence protein ComF  34.36 
 
 		 263 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4198  competence protein ComF  33.93 
 
 		 263 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4330  competence protein ComF  34.36 
 
 		 263 aa  109  3e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0157  competence protein ComF  30.17 
 
 		 274 aa  108  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0129  competence protein F  36.62 
 
 		 237 aa  107  2e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3805  competence protein ComF  29.33 
 
 		 268 aa  107  2e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.274004 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3800  competence protein ComF  29.6 
 
 		 262 aa  106  4e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0243  competence protein ComF  34.94 
 
 		 268 aa  105  5e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2437  competence protein F  35.48 
 
 		 262 aa  105  7e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.104634 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3881  competence protein ComF  29.68 
 
 		 268 aa  104  1e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3629  competence protein ComF  27.35 
 
 		 252 aa  103  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3529  competence protein ComF  34.78 
 
 		 293 aa  103  2e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3504  competence protein ComF  28.93 
 
 		 250 aa  104  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2102  competence protein F  37.97 
 
 		 246 aa  103  3e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4009  competence protein ComF  28.25 
 
 		 262 aa  102  7e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4012  competence protein ComF  35.15 
 
 		 249 aa  101  1e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0177  competence protein ComF  35.53 
 
 		 266 aa  101  1e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0493  competence protein ComF, putative  31.86 
 
 		 244 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2284  phosphoribosyltransferase  32.79 
 
 		 258 aa  100  2e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0107952 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0215  putative competence protein F-related protein  30.39 
 
 		 240 aa  100  3e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.162002 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0391  phosphoribosyltransferase  31.7 
 
 		 243 aa  99.8  4e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.214316 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3794  gluconate periplasmic binding protein  36.2 
 
 		 227 aa  99.4  4e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0300  gluconate periplasmic binding protein  40.12 
 
 		 227 aa  99.4  4e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0414054  normal  0.0237558 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0234  putative competence protein F-related protein  30.39 
 
 		 240 aa  99.4  4e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0348529 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03265  gluconate periplasmic binding protein with phosphoribosyltransferase domain, GNT I system  40.12 
 
 		 227 aa  99  6e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00626502  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03217  hypothetical protein  40.12 
 
 		 227 aa  99  6e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00548769  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4720  gluconate periplasmic binding protein  40.12 
 
 		 248 aa  99  6e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3610  gluconate periplasmic binding protein  40.12 
 
 		 227 aa  99  6e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0300  comF family protein  40.12 
 
 		 227 aa  99  7e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00612033  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3694  gluconate periplasmic binding protein  40.12 
 
 		 227 aa  99  7e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3888  gluconate periplasmic binding protein  40.12 
 
 		 227 aa  98.6  9e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0361  competence protein ComF, putative  34.94 
 
 		 243 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3880  gluconate periplasmic binding protein  39.52 
 
 		 227 aa  98.2  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5177  phosphoribosyltransferase  32.44 
 
 		 246 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.039124  normal  0.248772 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0387  amidophosphoribosyltransferase-like protein  32 
 
 		 243 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.336558  normal  0.927727 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3826  gluconate periplasmic binding protein  40.96 
 
 		 227 aa  97.8  1e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3712  gluconate periplasmic binding protein  39.52 
 
 		 227 aa  97.4  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4090  amidophosphoribosyltransferase-like protein  31.86 
 
 		 246 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1490  competence protein  33.73 
 
 		 232 aa  97.1  2e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.923217  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3818  gluconate periplasmic binding protein  39.52 
 
 		 227 aa  97.4  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4688  phosphoribosyltransferase  31.56 
 
 		 244 aa  96.7  3e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.482553  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1977  hypothetical protein  35.48 
 
 		 231 aa  97.1  3e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3709  gluconate periplasmic binding protein  39.52 
 
 		 227 aa  96.7  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.604176  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4625  competence protein ComF  28.26 
 
 		 235 aa  96.3  4e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1875  amidophosphoribosyltransferase-like protein  33.5 
 
 		 215 aa  96.3  4e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2181  hypothetical protein  36.48 
 
 		 227 aa  95.1  9e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000180305  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0242  competence protein  29.55 
 
 		 263 aa  94.4  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3784  gluconate periplasmic binding protein  38.92 
 
 		 227 aa  94.4  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0418  competence protein F  29.55 
 
 		 237 aa  94  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000113575 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0258  amidophosphoribosyltransferases-like protein  29.17 
 
 		 279 aa  93.2  3e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2292  ComF family protein  35.19 
 
 		 286 aa  92.8  4e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0617  phosphoribosyltransferase  29.18 
 
 		 247 aa  91.7  9e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1314  hypothetical protein  31.84 
 
 		 226 aa  91.3  1e-17  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00615  amidophosphoribosyltransferase  34.59 
 
 		 185 aa  90.1  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1736  phosphoribosyltransferase  28.94 
 
 		 258 aa  90.1  2e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4633  gluconate periplasmic binding protein  31.88 
 
 		 227 aa  90.9  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0423  ComF family protein  29.3 
 
 		 255 aa  90.1  3e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3090  phosphoribosyltransferase  36.55 
 
 		 255 aa  89.7  4e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318018  normal  0.255488 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0317  gluconate periplasmic binding protein  32.89 
 
 		 233 aa  88.6  9e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3201  amidophosphoribosyltransferase  31.6 
 
 		 226 aa  88.6  9e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.387541  normal  0.0162666 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0049  competence protein F  34.9 
 
 		 241 aa  88.2  1e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3693  amidophosphoribosyl-transferase  29.26 
 
 		 230 aa  87  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.303537 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2264  phosphoribosyltransferase  42.48 
 
 		 255 aa  86.7  3e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.200709  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2280  hypothetical protein  32 
 
 		 234 aa  85.9  5e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0040  competence protein F  34.9 
 
 		 241 aa  85.9  5e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.648348  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0273  putative competence protein F-related protein  34.69 
 
 		 268 aa  85.9  6e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.317287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0797  amidophosphoribosyltransferase-like protein  38.6 
 
 		 206 aa  85.5  6e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.582256  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3242  phosphoribosyltransferase  36.92 
 
 		 235 aa  85.1  8e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.284089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0317  hypothetical protein  27.4 
 
 		 230 aa  85.1  9e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0134906 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1259  amidophosphoribosyltransferase-like protein  29.86 
 
 		 233 aa  85.1  9e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.00000170778  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0311  putative amidophosphoribosyltransferase  28.85 
 
 		 222 aa  84.7  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3856  phosphoribosyltransferase  32.68 
 
 		 232 aa  84.7  0.000000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0107  phosphoribosyltransferase  37.31 
 
 		 272 aa  83.6  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001878  predicted amidophosphoribosyltransferase  34.59 
 
 		 180 aa  82.8  0.000000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2252  hypothetical protein  32.45 
 
 		 234 aa  82.4  0.000000000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2675  competence protein F  29.24 
 
 		 253 aa  82.4  0.000000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.222101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0109  phosphoribosyltransferase  43.3 
 
 		 245 aa  82  0.000000000000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0864582 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3140  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  28.24 
 
 		 296 aa  81.6  0.000000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.012105  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0359  putative competence protein F-related protein  30.58 
 
 		 240 aa  81.6  0.00000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.332104 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7594  putative competence protein F (COMF)  31.5 
 
 		 267 aa  81.3  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419159 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4118  gluconate periplasmic binding protein  27.97 
 
 		 233 aa  80.9  0.00000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0480  phosphoribosyltransferase  28.89 
 
 		 270 aa  81.6  0.00000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4841  competence protein ComF  34.59 
 
 		 245 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.399762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1140  phosphoribosyltransferase  30.45 
 
 		 264 aa  80.5  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0794906  normal  0.739937 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0026  phosphoribosyltransferase  38.81 
 
 		 254 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0938  competence protein ComF, putative  33.16 
 
 		 207 aa  80.5  0.00000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.536329 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2095  phosphoribosyltransferase  34.78 
 
 		 247 aa  80.9  0.00000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00900618  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06360  putative phosphoribosyl transferase  31.08 
 
 		 241 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00829668  normal  0.955973 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0200  competence protein  38.78 
 
 		 269 aa  80.1  0.00000000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3894  phosphoribosyltransferase  28.64 
 
 		 259 aa  79.3  0.00000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.148595 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3333  phosphoribosyltransferase  31.21 
 
 		 242 aa  79.3  0.00000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0124  competence protein F, putative  34.27 
 
 		 238 aa  79  0.00000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0235  gluconate periplasmic binding protein  29.83 
 
 		 239 aa  79  0.00000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>