87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3011 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_02840  oxaloacetate decarboxylase, beta subunit  86.7 
 
 		 376 aa  638    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3011  sodium ion-translocating decarboxylase, beta subunit  100 
 
 		 376 aa  730    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3375  oxaloacetate decarboxylase, beta subunit  84.04 
 
 		 376 aa  620  1e-177  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03490  oxaloacetate decarboxylase, beta subunit  82.98 
 
 		 376 aa  613  9.999999999999999e-175  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1050  oxaloacetate decarboxylase, beta subunit  81.38 
 
 		 377 aa  610  1e-173  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0640  oxaloacetate decarboxylase, beta subunit  82.71 
 
 		 376 aa  606  9.999999999999999e-173  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002526  oxaloacetate decarboxylase beta chain  81.91 
 
 		 376 aa  607  9.999999999999999e-173  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0086  oxaloacetate decarboxylase, beta subunit  80.32 
 
 		 376 aa  597  1e-169  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.923092  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1031  sodium ion-translocating decarboxylase, beta subunit  83.51 
 
 		 376 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.634771  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1026  sodium ion-translocating decarboxylase, beta subunit  82.98 
 
 		 376 aa  581  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1127  sodium ion-translocating decarboxylase, beta subunit  82.98 
 
 		 376 aa  581  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3265  sodium ion-translocating decarboxylase, beta subunit  82.71 
 
 		 376 aa  580  1e-164  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.109963 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1093  sodium ion-translocating decarboxylase, beta subunit  82.98 
 
 		 376 aa  580  1e-164  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3164  sodium ion-translocating decarboxylase, beta subunit  82.71 
 
 		 376 aa  577  1e-164  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3067  sodium ion-translocating decarboxylase, beta subunit  82.98 
 
 		 376 aa  580  1e-164  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.738311 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2985  sodium ion-translocating decarboxylase, beta subunit  82.71 
 
 		 376 aa  579  1e-164  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.733812 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1067  sodium ion-translocating decarboxylase, beta subunit  82.45 
 
 		 376 aa  574  1.0000000000000001e-162  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1200  sodium ion-translocating decarboxylase, beta subunit  81.38 
 
 		 376 aa  571  1.0000000000000001e-162  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1053  oxaloacetate decarboxylase  80.59 
 
 		 376 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.24493 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3335  sodium ion-translocating decarboxylase, beta subunit  81.38 
 
 		 376 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000107525 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1221  sodium ion-translocating decarboxylase, beta subunit  82.45 
 
 		 377 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.949455  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1741  sodium ion-translocating decarboxylase, beta subunit  78.99 
 
 		 376 aa  568  1e-161  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.353254 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1322  glutaconyl-CoA decarboxylase  80.85 
 
 		 376 aa  567  1e-160  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0119077 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3197  sodium ion-translocating decarboxylase, beta subunit  73.67 
 
 		 379 aa  529  1e-149  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00107579  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1201  sodium ion-translocating decarboxylase, beta subunit  73.74 
 
 		 516 aa  512  1e-144  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.644428 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0917  sodium ion-translocating decarboxylase, beta subunit  70.08 
 
 		 519 aa  512  1e-144  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.507038 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2479  oxaloacetate decarboxylase, beta subunit  73.6 
 
 		 375 aa  514  1e-144  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.231927  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1266  Na+-transporting methylmalonyl-CoA/oxaloacetate decarboxylase, beta subunit  71.79 
 
 		 516 aa  509  1e-143  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0809  sodium ion-translocating decarboxylase, beta subunit  71.51 
 
 		 516 aa  509  1e-143  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.61044  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2892  sodium ion-translocating decarboxylase, beta subunit  67.46 
 
 		 378 aa  501  1e-140  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0351319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3622  sodium ion-translocating decarboxylase, beta subunit  68.99 
 
 		 390 aa  493  9.999999999999999e-139  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000349445  hitchhiker  0.000000446411 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0064  sodium ion-translocating decarboxylase, beta subunit  66.84 
 
 		 458 aa  485  1e-136  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000825924  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0605  sodium ion-translocating decarboxylase, beta subunit  67.6 
 
 		 436 aa  466  9.999999999999999e-131  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1258  pyruvate carboxylase/oxaloacetate decarboxylase biotin carboxyl carrier subunit alpha  64.85 
 
 		 443 aa  462  1e-129  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.913134  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1492  glutaconyl-CoA decarboxylase beta subunit  62.4 
 
 		 370 aa  446  1.0000000000000001e-124  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0159163 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1307  oxaloacetate decarboxylase  62.56 
 
 		 420 aa  441  1e-123  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0998305  normal  0.0365188 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3649  oxaloacetate decarboxylase subunit beta  61.4 
 
 		 433 aa  428  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.44208  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1850  sodium ion-translocating decarboxylase, beta subunit  61.96 
 
 		 371 aa  429  1e-119  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0059  oxaloacetate decarboxylase beta chain  60.93 
 
 		 433 aa  426  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.566525 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0058  oxaloacetate decarboxylase subunit beta  61.16 
 
 		 433 aa  427  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0452958  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0895  oxaloacetate decarboxylase subunit beta  60.7 
 
 		 433 aa  424  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0060  oxaloacetate decarboxylase beta chain  60.93 
 
 		 433 aa  427  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0061  oxaloacetate decarboxylase beta chain  60.7 
 
 		 433 aa  426  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3711  oxaloacetate decarboxylase beta chain  60.7 
 
 		 433 aa  426  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3542  oxaloacetate decarboxylase beta chain  60.93 
 
 		 433 aa  426  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.069232  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0059  oxaloacetate decarboxylase beta chain  61.16 
 
 		 433 aa  427  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.242955  normal  0.132607 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3543  oxaloacetate decarboxylase beta chain  60.7 
 
 		 433 aa  423  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0832  oxaloacetate decarboxylase beta chain  60.7 
 
 		 433 aa  423  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3614  oxaloacetate decarboxylase beta chain  60.47 
 
 		 433 aa  423  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0863  oxaloacetate decarboxylase beta chain  60.47 
 
 		 433 aa  423  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0804  oxaloacetate decarboxylase beta chain  60.47 
 
 		 433 aa  422  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0972  sodium ion-translocating decarboxylase, beta subunit  70.16 
 
 		 444 aa  417  9.999999999999999e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.377854  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0694  oxaloacetate decarboxylase  68.87 
 
 		 440 aa  414  1e-114  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00230113  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3692  sodium ion-translocating decarboxylase, beta subunit  58.36 
 
 		 376 aa  402  1e-111  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0136998 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0319  oxaloacetate decarboxylase, beta subunit  69.21 
 
 		 433 aa  404  1e-111  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0203  oxaloacetate decarboxylase beta subunit  71.2 
 
 		 421 aa  399  9.999999999999999e-111  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2434  sodium ion-translocating decarboxylase, beta subunit  59.62 
 
 		 360 aa  398  1e-109  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13524  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0953  sodium ion-translocating decarboxylase, beta subunit  57.29 
 
 		 376 aa  393  1e-108  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.126318 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1366  sodium ion-translocating decarboxylase, beta subunit  57.18 
 
 		 371 aa  382  1e-105  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0970763  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0996  sodium ion-translocating decarboxylase, beta subunit  55.15 
 
 		 388 aa  377  1e-103  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0886  sodium ion-translocating decarboxylase, beta subunit  55.21 
 
 		 378 aa  376  1e-103  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1434  Na+-transporting methylmalonyl-CoA/oxaloacetate decarboxylase, beta subunit  55.77 
 
 		 378 aa  374  1e-102  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.896881 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3585  sodium ion-translocating decarboxylase, beta subunit  56.34 
 
 		 379 aa  371  1e-101  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.330233  normal  0.310791 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2282  sodium ion-translocating decarboxylase, beta subunit  51.94 
 
 		 376 aa  368  1e-101  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0294  sodium ion-translocating decarboxylase, beta subunit  52.57 
 
 		 374 aa  369  1e-101  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1608  methylmalonyl-CoA decarboxylase, beta subunit  55.5 
 
 		 383 aa  366  1e-100  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0944  sodium ion-translocating decarboxylase, beta subunit  54.37 
 
 		 374 aa  363  3e-99  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1820  sodium ion-translocating decarboxylase, beta subunit  52.93 
 
 		 376 aa  362  7.0000000000000005e-99  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1666  sodium ion-translocating decarboxylase, beta subunit  51.86 
 
 		 378 aa  360  3e-98  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1275  sodium ion-translocating decarboxylase, beta subunit  52.57 
 
 		 376 aa  358  8e-98  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3673  glutaconyl-CoA decarboxylase  53.78 
 
 		 376 aa  358  9e-98  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.523011  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0382  sodium ion-translocating decarboxylase, beta subunit  52.82 
 
 		 385 aa  358  9e-98  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.159911  normal  0.654104 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0047  sodium ion-translocating decarboxylase, beta subunit  50.27 
 
 		 374 aa  353  2e-96  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1898  sodium ion-translocating decarboxylase, beta subunit  48.83 
 
 		 378 aa  353  2e-96  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0047  sodium ion-translocating decarboxylase, beta subunit  50.54 
 
 		 374 aa  350  2e-95  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3314  sodium ion-translocating decarboxylase, beta subunit  50 
 
 		 416 aa  347  2e-94  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1310  sodium ion-translocating decarboxylase, beta subunit  49.36 
 
 		 383 aa  347  2e-94  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0509  sodium ion-translocating decarboxylase, beta subunit  50.68 
 
 		 359 aa  337  1.9999999999999998e-91  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1925  sodium ion-translocating decarboxylase, beta subunit  47.35 
 
 		 380 aa  329  4e-89  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0241  sodium ion-translocating decarboxylase, beta subunit  47.86 
 
 		 382 aa  326  3e-88  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.140679  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0204  sodium ion-translocating decarboxylase, beta subunit  56.45 
 
 		 554 aa  314  9.999999999999999e-85  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.928975 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1756  sodium ion-translocating decarboxylase, beta subunit  37.43 
 
 		 375 aa  236  6e-61  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3300  Na+-transporting methylmalonyl-CoA/oxaloacetate decarboxylase, beta subunit  30.18 
 
 		 404 aa  138  2e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.568287  normal  0.687597 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1055  Na+-transporting methylmalonyl-CoA/oxaloacetate decarboxylase, beta subunit  29.29 
 
 		 404 aa  136  5e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1320  Na+-transporting methylmalonyl-CoA/oxaloacetate decarboxylase, beta subunit  29.5 
 
 		 403 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3311  sodium ion-translocating decarboxylase, beta subunit  34.08 
 
 		 419 aa  115  8.999999999999998e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.524718  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2305  pyruvate carboxyltransferase  71.05 
 
 		 216 aa  106  7e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.160585  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>