More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2909 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2909  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 299 aa  608  1e-173  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0304015  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2713  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  93.98 
 
 		 299 aa  577  1e-164  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.565858  normal  0.203644 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3285  LysR family transcriptional regulator  86.82 
 
 		 301 aa  526  1e-148  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.840822 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  48.75 
 
 		 301 aa  262  4e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4207  LysR substrate-binding protein  45.17 
 
 		 297 aa  245  8e-64  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7097  transcriptional regulator, LysR family  46.26 
 
 		 296 aa  239  5e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.785925  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4123  LysR family transcriptional regulator  46.32 
 
 		 302 aa  237  2e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.454072 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1027  LysR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 299 aa  234  1.0000000000000001e-60  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.174873 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1308  LysR family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 302 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.565063 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4537  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 302 aa  231  2e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.309073  normal  0.1504 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3831  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 302 aa  231  2e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4425  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 302 aa  229  4e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.488055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3962  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 302 aa  229  4e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0195836  normal  0.175267 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1775  LysR family transcriptional regulator  43.45 
 
 		 296 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.310759  normal  0.553993 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0184  LysR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 323 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6203  LysR family transcriptional regulator  45.55 
 
 		 298 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.242045 
 
 
-
 
NC_003296  RS05372  transcription regulator protein  43.88 
 
 		 335 aa  213  1.9999999999999998e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4639  LysR family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 309 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.356154  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4630  LysR family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 295 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.133598  hitchhiker  0.000277503 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0664  LysR family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 295 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0825274 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4587  transcriptional regulator, LysR family  42.76 
 
 		 298 aa  206  5e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.781824  normal  0.831534 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4453  transcriptional regulator, LysR family  42.76 
 
 		 298 aa  206  5e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.47384 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5767  LysR family transcriptional regulator  43.36 
 
 		 275 aa  199  5e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  40.43 
 
 		 306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5149  LysR family transcriptional regulator  44.11 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2500  transcriptional regulator, LysR family  41.5 
 
 		 297 aa  193  3e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 299 aa  192  4e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 299 aa  192  4e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 302 aa  192  5e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  35.37 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  35.37 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  35.37 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0352  transcriptional regulator, LysR family  40.4 
 
 		 294 aa  191  1e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  35.37 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  35.37 
 
 		 301 aa  190  2e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 305 aa  190  2e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 		 292 aa  191  2e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  38.75 
 
 		 298 aa  191  2e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 299 aa  187  1e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08550  Transcriptional regulator, LysR family  37.24 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.763554  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 297 aa  184  1.0000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1134  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 294 aa  183  2.0000000000000003e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0640  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 296 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0607  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 296 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.693427  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  38.41 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0157  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 296 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1131  transcriptional regulator, LysR family  39.37 
 
 		 296 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2461  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 328 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1850  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 328 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2690  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  39.24 
 
 		 297 aa  179  4.999999999999999e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2466  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 304 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.708031  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02429  DNA-binding transcriptional activator of 3-phenylpropionic acid catabolism  39.37 
 
 		 296 aa  179  5.999999999999999e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02393  hypothetical protein  39.37 
 
 		 296 aa  179  5.999999999999999e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3724  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 300 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.282606 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2689  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  39.37 
 
 		 296 aa  179  5.999999999999999e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00584589  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3769  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  39.37 
 
 		 296 aa  179  5.999999999999999e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2822  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  39.37 
 
 		 296 aa  179  5.999999999999999e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.922303  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1140  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  39.37 
 
 		 296 aa  179  5.999999999999999e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  39.07 
 
 		 298 aa  178  1e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2391  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0830106  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4359  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0350  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 295 aa  176  3e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.334528  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0212  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 306 aa  176  4e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.64 
 
 		 300 aa  176  5e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5792  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 304 aa  176  5e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.316053 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0833  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 304 aa  175  7e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0038  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 294 aa  174  9.999999999999999e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4595  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 297 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.645659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2378  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 305 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2510  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 305 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3793  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 304 aa  172  5.999999999999999e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 296 aa  172  7.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 299 aa  171  1e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 307 aa  171  1e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0201  transcriptional regulator CatR  40.31 
 
 		 295 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1573  cat operon transcriptional activator CatR  40.31 
 
 		 295 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1181  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  37.75 
 
 		 331 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0232  cat operon transcriptional activator CatR  40.31 
 
 		 295 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.691367  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0036  transcriptional regulator, LysR family  35.86 
 
 		 306 aa  171  2e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0828  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  39.46 
 
 		 320 aa  170  2e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.767447  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 289 aa  171  2e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1376  cat operon transcriptional activator CatR  40.31 
 
 		 295 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.345874  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  39 
 
 		 296 aa  169  4e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0985  transcriptional regulator CatR  39.92 
 
 		 295 aa  169  5e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.460056  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2565  cat operon transcriptional activator CatR  39.92 
 
 		 295 aa  169  5e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  39 
 
 		 296 aa  169  5e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2709  cat operon transcriptional activator CatR  39.92 
 
 		 295 aa  169  5e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.393204  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 316 aa  169  6e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1021  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  37.34 
 
 		 337 aa  169  6e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.127351  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0855  LysR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 308 aa  168  8e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.931414  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  36.03 
 
 		 297 aa  167  1e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 318 aa  168  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 297 aa  168  1e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0486  transcriptional regulator CatR  40.31 
 
 		 295 aa  167  1e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 		 296 aa  168  1e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 297 aa  168  1e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 293 aa  168  1e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>