More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4748 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4748  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  100 
 
 
266 aa  542  1e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.140689  hitchhiker  0.00216246 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4862  extracellular solute-binding protein  53.57 
 
 
278 aa  289  3e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.463107 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0117  extracellular solute-binding protein family 3  29.69 
 
 
292 aa  97.4  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2454  extracellular solute-binding protein family 3  29.5 
 
 
292 aa  95.5  7e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.459609  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1391  extracellular solute-binding protein  29.5 
 
 
288 aa  90.9  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6340  extracellular solute-binding protein family 3  28.99 
 
 
281 aa  91.3  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.300572 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1986  extracellular solute-binding protein  27.31 
 
 
253 aa  76.6  0.0000000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.647291  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0598  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.34 
 
 
255 aa  64.7  0.000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.279039  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  25.2 
 
 
266 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1549  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.21 
 
 
266 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.356902  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0776  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.6 
 
 
270 aa  62  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.616971 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  25.32 
 
 
266 aa  62  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  25.32 
 
 
266 aa  62  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3056  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  24.79 
 
 
320 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.114315  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3091  ABC transporter, substrate binding component  24.79 
 
 
266 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3003  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  24.79 
 
 
315 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0340  extracellular solute-binding protein  24.59 
 
 
248 aa  59.3  0.00000006  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.419937  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  22.14 
 
 
264 aa  59.3  0.00000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3312  extracellular solute-binding protein family 3  29.79 
 
 
273 aa  58.9  0.00000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.159428  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0489  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  26.39 
 
 
490 aa  58.9  0.00000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0683  extracellular solute-binding protein  25.1 
 
 
279 aa  58.9  0.00000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.732102  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0407  putative ABC transporter binding protein subunit  23.42 
 
 
256 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0777  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  24.79 
 
 
313 aa  57  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.277559  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2611  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  24.79 
 
 
313 aa  57  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2003  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  24.79 
 
 
313 aa  57  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.385413  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2134  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.79 
 
 
264 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5472  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  26.38 
 
 
591 aa  56.2  0.0000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.693793  normal  0.393619 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5759  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  26.38 
 
 
591 aa  56.2  0.0000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3131  extracellular solute-binding protein  25.1 
 
 
266 aa  56.2  0.0000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2113  extracellular solute-binding protein  22.51 
 
 
290 aa  56.2  0.0000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5383  amino acid ABC transporter permease  26.38 
 
 
591 aa  56.2  0.0000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0606283  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0767  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  22.22 
 
 
264 aa  55.8  0.0000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0133342  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1254  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  22.22 
 
 
264 aa  55.8  0.0000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1737  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  22.22 
 
 
264 aa  55.8  0.0000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.084035  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000216  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  25.57 
 
 
272 aa  56.2  0.0000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.909844  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1808  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  22.22 
 
 
264 aa  55.8  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.655664  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1824  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  22.22 
 
 
264 aa  55.8  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0726824  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04090  putative binding protein component of ABC transporter  22.78 
 
 
256 aa  56.2  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0395  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  22.22 
 
 
264 aa  55.8  0.0000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.364587  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1977  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  22.22 
 
 
284 aa  55.8  0.0000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1758  hook assembly protein, flagella  25.63 
 
 
250 aa  55.5  0.0000009  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000345404  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2482  extracellular solute-binding protein family 3  25.48 
 
 
311 aa  55.5  0.0000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000146817 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1028  extracellular solute-binding protein  23.22 
 
 
250 aa  55.5  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.729894 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0433  extracellular solute-binding protein  23.18 
 
 
266 aa  54.3  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980273  hitchhiker  0.00000000179971 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1729  extracellular solute-binding protein family 3  23.77 
 
 
264 aa  54.3  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3164  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  25.33 
 
 
493 aa  54.7  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.296252  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3298  extracellular solute-binding protein  29.79 
 
 
254 aa  54.7  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1924  glutamine-binding periplasmic protein/glutamine transport system permease protein  27.08 
 
 
259 aa  54.3  0.000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0351  extracellular solute-binding protein  22.75 
 
 
266 aa  54.3  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1454  extracellular solute-binding protein  22.22 
 
 
264 aa  53.9  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0438  ABC-type amino acid transport system, permease and periplasmic component  23.23 
 
 
480 aa  54.3  0.000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.126368  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1475  extracellular solute-binding protein  22.22 
 
 
264 aa  53.5  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0237  extracellular solute-binding protein family 3  27.8 
 
 
267 aa  53.5  0.000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.640745  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3548  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  23.18 
 
 
266 aa  53.5  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.233102 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1529  extracellular solute-binding protein  22.22 
 
 
264 aa  53.9  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1073  extracellular solute-binding protein  22.22 
 
 
264 aa  53.9  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2649  extracellular solute-binding protein  23.18 
 
 
266 aa  53.9  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0458  extracellular solute-binding protein  23.18 
 
 
266 aa  53.9  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357598  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1553  extracellular solute-binding protein  22.22 
 
 
264 aa  53.9  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4695  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  22.22 
 
 
264 aa  53.5  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344661  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1923  amino acid ABC transporter permease/periplasmic protein  24.22 
 
 
714 aa  53.5  0.000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.132292  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1440  extracellular solute-binding protein  22.27 
 
 
273 aa  53.1  0.000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.506156  normal  0.1259 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2508  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.77 
 
 
264 aa  52.4  0.000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.897054  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5882  extracellular solute-binding protein  27.88 
 
 
278 aa  52.4  0.000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0734  hypothetical protein  27.48 
 
 
250 aa  52.4  0.000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3190  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.33 
 
 
262 aa  52.4  0.000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0382  extracellular solute-binding protein  22.75 
 
 
266 aa  52  0.000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3329  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 
262 aa  52.4  0.000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05952  ABC amino acid transporter periplasmic ligand binding protein  24.11 
 
 
272 aa  52  0.000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0366  extracellular solute-binding protein  22.75 
 
 
266 aa  52  0.000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0588118  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1942  extracellular solute-binding protein family 3  25.74 
 
 
266 aa  52.4  0.000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000237139  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6613  extracellular solute-binding protein  25.46 
 
 
274 aa  52  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0305717 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1679  extracellular solute-binding protein  21.78 
 
 
264 aa  51.6  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0815907 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6380  extracellular solute-binding protein  25.46 
 
 
274 aa  52  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1926  solute-binding family 1 protein  27.2 
 
 
250 aa  51.6  0.00001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6211  extracellular solute-binding protein  25.46 
 
 
274 aa  52  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3449  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  32.54 
 
 
262 aa  50.8  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2080  diguanylate cyclase  25.95 
 
 
934 aa  51.2  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3587  extracellular solute-binding protein  22.9 
 
 
255 aa  50.8  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.100685 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0714  hypothetical protein  25.38 
 
 
250 aa  51.2  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0932  extracellular solute-binding protein  31.39 
 
 
263 aa  51.2  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.214418  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3313  extracellular solute-binding protein family 3  33.33 
 
 
268 aa  51.2  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1959  extracellular solute-binding protein  27.78 
 
 
222 aa  51.2  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.553895 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1806  ABC-type amino acid transport system, permease and periplasmic component  26.47 
 
 
468 aa  50.8  0.00002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  0.0000163155  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0468  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  27.86 
 
 
264 aa  50.4  0.00003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.829999  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1210  extracellular solute-binding protein  26.03 
 
 
260 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0353  amino acid ABC transporter solute binding protein  28.57 
 
 
264 aa  50.1  0.00004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0336  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  28.57 
 
 
264 aa  50.1  0.00004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.137288  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1361  extracellular solute-binding protein  27.1 
 
 
257 aa  50.1  0.00004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2848  extracellular solute-binding protein  25.23 
 
 
261 aa  49.7  0.00004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0787958  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2764  extracellular solute-binding protein  24.09 
 
 
275 aa  50.1  0.00004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0367  putative amino acid ABC transporter substrate-binding protein  28.57 
 
 
264 aa  50.1  0.00004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0402  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  28.57 
 
 
264 aa  50.1  0.00004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2571  extracellular solute-binding protein  31.71 
 
 
269 aa  49.7  0.00004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0744474  hitchhiker  0.0010566 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2873  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.7 
 
 
264 aa  49.7  0.00005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.223269  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0598  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.7 
 
 
264 aa  49.7  0.00005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0449  extracellular solute-binding protein  30.7 
 
 
263 aa  49.7  0.00005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2839  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.7 
 
 
264 aa  49.7  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2719  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  26.7 
 
 
264 aa  49.7  0.00005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2777  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  26.7 
 
 
264 aa  49.7  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.262545  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>