More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2930 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2930  L-serine dehydratase, putative  100 
 
 		 305 aa  607  1e-173  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2762  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  98.69 
 
 		 305 aa  600  1e-170  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.951768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2842  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  90.49 
 
 		 305 aa  494  1e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.298093 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2128  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  88.45 
 
 		 305 aa  476  1e-133  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.173651 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5448  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  63.79 
 
 		 306 aa  383  1e-105  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.424863  normal  0.0455036 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0340  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  57.48 
 
 		 306 aa  343  2e-93  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3899  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  55.45 
 
 		 310 aa  318  1e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.492177  normal  0.232429 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7663  putative L-serine ammonia-lyase  60.47 
 
 		 354 aa  313  2.9999999999999996e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.52012  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4223  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  53.77 
 
 		 310 aa  310  2e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.249037 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0776  L-serine ammonia-lyase  58.19 
 
 		 330 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1257  L-serine ammonia-lyase  58.19 
 
 		 330 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.43523  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1229  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  57.53 
 
 		 306 aa  301  6.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.591536 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1136  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  60.87 
 
 		 306 aa  295  8e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3585  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  62.13 
 
 		 310 aa  295  9e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.436718  hitchhiker  0.00950446 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1148  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  59.87 
 
 		 306 aa  291  7e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.177832  normal  0.237793 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4400  L-serine ammonia-lyase  59.53 
 
 		 306 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006687  CNE02390  serine family amino acid catabolism-related protein, putative  46.95 
 
 		 331 aa  229  6e-59  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_5354  predicted protein  50 
 
 		 313 aa  221  8e-57  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.86415  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4137  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  47.19 
 
 		 307 aa  216  4e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3526  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  47 
 
 		 305 aa  206  4e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.769029  normal  0.248772 
 
 
-
 
NC_006680  CNK00180  L-serine ammonia-lyase, putative  36.73 
 
 		 425 aa  199  5e-50  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_30154  predicted protein  37.62 
 
 		 336 aa  190  2.9999999999999997e-47  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.621842  normal  1 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04217  hypothetical pyridoxal phosphate requiring enzyme (Eurofung)  39.65 
 
 		 360 aa  183  3e-45  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_54974  predicted protein  34.85 
 
 		 355 aa  178  9e-44  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.0332644 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6117  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  58.97 
 
 		 198 aa  144  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.621787  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1660  threonine dehydratase  34.86 
 
 		 403 aa  135  9e-31  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0212485 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03866  L-serine dehydratase, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G07810)  38.17 
 
 		 444 aa  134  9.999999999999999e-31  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3436  threonine dehydratase  34.2 
 
 		 511 aa  130  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  32.87 
 
 		 405 aa  130  3e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1068  threonine dehydratase  31.6 
 
 		 509 aa  129  8.000000000000001e-29  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1794  threonine dehydratase  30.26 
 
 		 514 aa  124  1e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09711  threonine dehydratase  28.95 
 
 		 511 aa  125  1e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.139009  normal  0.177122 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0299  threonine dehydratase  28.95 
 
 		 511 aa  124  2e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.380007  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1533  threonine dehydratase  36.52 
 
 		 402 aa  122  5e-27  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.331802  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_08511  threonine dehydratase  27.96 
 
 		 514 aa  122  8e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.306662  hitchhiker  0.00240564 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1467  threonine dehydratase  34.62 
 
 		 403 aa  122  8e-27  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.912465  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  32.87 
 
 		 403 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1029  threonine dehydratase  34.93 
 
 		 402 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0000000000010709 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0227  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  36.14 
 
 		 353 aa  120  3e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0611  threonine dehydratase  31.71 
 
 		 408 aa  120  3e-26  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0341122  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0870  threonine dehydratase, biosynthetic  31.32 
 
 		 506 aa  120  3.9999999999999996e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0722  threonine ammonia-lyase, biosynthetic  31.32 
 
 		 506 aa  120  3.9999999999999996e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.130399  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0349  threonine dehydratase  31.13 
 
 		 403 aa  118  9.999999999999999e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.626504  normal  0.139043 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0945  threonine dehydratase  30.74 
 
 		 418 aa  118  9.999999999999999e-26  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  29.49 
 
 		 402 aa  118  9.999999999999999e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04320  threonine dehydratase  30.29 
 
 		 504 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.478208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09911  threonine dehydratase  28.9 
 
 		 513 aa  118  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0423  threonine dehydratase  30.29 
 
 		 504 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.146858  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3448  L-threonine ammonia-lyase  36.04 
 
 		 403 aa  117  3e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0687  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  32.07 
 
 		 304 aa  116  3.9999999999999997e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4707  threonine dehydratase  33.47 
 
 		 414 aa  116  6e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.832283  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  29.49 
 
 		 402 aa  116  6e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2872  threonine dehydratase  34.8 
 
 		 415 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0128  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  30.65 
 
 		 343 aa  114  1.0000000000000001e-24  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3529  threonine dehydratase  35.22 
 
 		 403 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.10963  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0704  threonine dehydratase  29.51 
 
 		 507 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0125  threonine dehydratase  31.09 
 
 		 408 aa  113  3e-24  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0056  threonine dehydratase  37.33 
 
 		 344 aa  113  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.595  hitchhiker  0.00751641 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3556  threonine dehydratase  34.72 
 
 		 403 aa  114  3e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.597428  normal  0.136455 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6018  threonine dehydratase  36.79 
 
 		 323 aa  114  3e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2649  threonine dehydratase  39.04 
 
 		 415 aa  113  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.384184  normal  0.666765 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1474  threonine dehydratase  30.57 
 
 		 403 aa  113  4.0000000000000004e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5774  threonine dehydratase  37.85 
 
 		 323 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.154998  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5911  threonine dehydratase  29.9 
 
 		 424 aa  113  4.0000000000000004e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.696886  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5805  threonine dehydratase  37.26 
 
 		 323 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6169  threonine dehydratase  37.26 
 
 		 323 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0794807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  30.24 
 
 		 332 aa  113  5e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4135  threonine dehydratase, biosynthetic  28.34 
 
 		 501 aa  113  5e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0273942  hitchhiker  0.00000000359898 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0980  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  29.49 
 
 		 326 aa  112  9e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.393122 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6209  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  29.79 
 
 		 319 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0577806 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0951  threonine dehydratase  31.44 
 
 		 517 aa  111  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1389  putative threonine dehydratase  29.15 
 
 		 326 aa  110  3e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1431  threonine dehydratase  31.15 
 
 		 509 aa  110  3e-23  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0729808 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1638  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  32.77 
 
 		 322 aa  110  3e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00191621 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5381  threonine dehydratase  31.6 
 
 		 504 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0653757 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1467  threonine dehydratase  31.1 
 
 		 517 aa  110  4.0000000000000004e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1187  threonine dehydratase  28.68 
 
 		 403 aa  109  5e-23  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.296768  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3125  L-threonine ammonia-lyase  29.77 
 
 		 526 aa  109  5e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00487268  normal  0.103539 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2363  L-threonine ammonia-lyase  29.64 
 
 		 505 aa  109  6e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.088118 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0437  threonine dehydratase  29.41 
 
 		 503 aa  109  6e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2353  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  31.36 
 
 		 304 aa  108  8.000000000000001e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6145  threonine dehydratase  36.92 
 
 		 323 aa  108  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2929  threonine dehydratase  31.19 
 
 		 520 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.333132 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0128  threonine dehydratase  28.43 
 
 		 503 aa  107  2e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1970  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  32.64 
 
 		 322 aa  107  3e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.15703  normal  0.218028 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0011  threonine dehydratase  31.38 
 
 		 402 aa  106  4e-22  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.059163  normal  0.133507 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1558  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  32.89 
 
 		 322 aa  106  4e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.813791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0503  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  40.49 
 
 		 318 aa  107  4e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.509215  normal  0.597175 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1373  threonine dehydratase  30.47 
 
 		 537 aa  106  4e-22  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2492  threonine dehydratase  33.58 
 
 		 510 aa  106  5e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002037  threonine dehydratase biosynthetic  32.45 
 
 		 515 aa  106  6e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4221  threonine dehydratase  33.22 
 
 		 504 aa  105  7e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0845  threonine dehydratase  27.92 
 
 		 403 aa  105  7e-22  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0915  threonine dehydratase  27.92 
 
 		 403 aa  105  8e-22  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2666  threonine dehydratase  28.95 
 
 		 509 aa  105  1e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4756  threonine dehydratase  32.58 
 
 		 514 aa  105  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.547271  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0204  threonine dehydratase  30.93 
 
 		 416 aa  105  1e-21  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.123725  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  28.15 
 
 		 403 aa  104  2e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1280  threonine dehydratase  29.18 
 
 		 505 aa  104  2e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00414  threonine dehydratase  33.21 
 
 		 515 aa  103  3e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>