181 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1528 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1528  Fe-S metabolism associated SufE  100 
 
 		 136 aa  267  5e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.31069  normal  0.111344 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4196  Fe-S metabolism associated SufE  99.26 
 
 		 136 aa  263  8e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.583299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1137  Fe-S metabolism associated SufE  88.24 
 
 		 136 aa  219  8e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.707698 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1091  Fe-S metabolism associated SufE  69.92 
 
 		 134 aa  187  4e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1526  sufE protein  67.67 
 
 		 135 aa  181  3e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16920  hypothetical protein  69.47 
 
 		 140 aa  181  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.106423  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1471  hypothetical protein  68.18 
 
 		 140 aa  179  9.000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4091  Fe-S metabolism associated SufE  80.6 
 
 		 136 aa  178  2e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1334  Fe-S metabolism associated SufE  64.66 
 
 		 135 aa  177  4e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0936579 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3061  Fe-S metabolism associated SufE  70.9 
 
 		 142 aa  167  4e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.720717  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39110  Fe-S metabolism associated SufE  66.92 
 
 		 134 aa  152  1e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000905619  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0597  Fe-S metabolism associated SufE  40.15 
 
 		 133 aa  124  6e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.149472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03291  hypothetical protein  47.01 
 
 		 142 aa  119  1.9999999999999998e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002692  sulfur acceptor protein SufE for iron-sulfur cluster assembly  45.38 
 
 		 142 aa  118  3e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0734  Fe-S metabolism associated SufE  49.11 
 
 		 150 aa  112  1.0000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1662  Fe-S metabolism associated SufE  46.03 
 
 		 138 aa  109  1.0000000000000001e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1897  hypothetical protein  45.16 
 
 		 144 aa  109  1.0000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0689  conserved hypothetical protein, SufE-related protein  41.67 
 
 		 145 aa  108  2.0000000000000002e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0170145  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2778  hypothetical protein  44.8 
 
 		 152 aa  104  4e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3132  Fe-S metabolism associated SufE  43.31 
 
 		 147 aa  104  5e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0807  Fe-S metabolism associated SufE  43.31 
 
 		 147 aa  104  5e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0766  Fe-S metabolism associated SufE  42.15 
 
 		 148 aa  103  6e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1491  Fe-S metabolism associated SufE  40.48 
 
 		 139 aa  103  8e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0835  Fe-S metabolism associated SufE  43.31 
 
 		 147 aa  103  9e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0853  Fe-S metabolism associated SufE  41.6 
 
 		 145 aa  102  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0858  Fe-S metabolism associated SufE  42.4 
 
 		 146 aa  100  6e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3790  hypothetical protein  40.94 
 
 		 147 aa  98.6  3e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3182  Fe-S metabolism associated SufE  40.16 
 
 		 151 aa  97.8  4e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0752  Fe-S metabolism associated SufE  40.15 
 
 		 147 aa  97.1  7e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0896  Fe-S metabolism associated SufE  40.34 
 
 		 139 aa  96.7  9e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0608769  normal  0.19145 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1404  Fe-S metabolism associated SufE  37.5 
 
 		 140 aa  96.7  9e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.803619 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2211  putative selenocysteine lyase  36.36 
 
 		 569 aa  95.5  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.686434  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3475  cysteine desulfuration protein SufE  37.6 
 
 		 141 aa  94.7  4e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00677521  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3157  Fe-S metabolism associated SufE  37.5 
 
 		 152 aa  94  7e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2445  cysteine desufuration protein SufE  37.98 
 
 		 138 aa  94  7e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.032262  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0882  Fe-S metabolism associated SufE  37.88 
 
 		 140 aa  93.2  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0000850545  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1420  cysteine desulfuration protein SufE  32.58 
 
 		 144 aa  92.4  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0902464  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1472  cysteine desulfuration protein SufE  38.89 
 
 		 140 aa  92  2e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3508  Fe-S metabolism associated SufE  39.67 
 
 		 148 aa  92.8  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1699  cysteine desufuration protein SufE  35.38 
 
 		 148 aa  91.7  3e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000746018  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2747  cysteine desufuration protein SufE  37.21 
 
 		 138 aa  91.3  4e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00745111  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0839  Fe-S metabolism associated SufE  37.4 
 
 		 148 aa  91.3  4e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1008  Fe-S metabolism associated SufE  37.6 
 
 		 140 aa  91.3  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000255666  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3699  Fe-S metabolism associated SufE  38.58 
 
 		 148 aa  90.9  5e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.486429 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3576  Fe-S metabolism associated SufE  38.58 
 
 		 148 aa  90.5  7e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3036  Fe-S metabolism associated SufE  34.09 
 
 		 147 aa  90.1  9e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.011002 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5927  hypothetical protein  37.7 
 
 		 151 aa  89.7  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0877  Fe-S metabolism associated SufE  37.9 
 
 		 141 aa  89.7  1e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.264737  normal  0.923404 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3953  Fe-S metabolism associated SufE  34.59 
 
 		 146 aa  89.4  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1625  Fe-S metabolism associated SufE  37.07 
 
 		 147 aa  89.4  2e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00154018  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0742  Fe-S metabolism associated SufE  38.84 
 
 		 148 aa  89  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1765  cysteine desufuration protein SufE  31.11 
 
 		 138 aa  88.6  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000206434  hitchhiker  0.0000210323 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1672  Fe-S metabolism associated SufE  38.28 
 
 		 142 aa  88.6  2e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.398454 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1840  Fe-S metabolism associated SufE  38.89 
 
 		 137 aa  88.2  3e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.757057  normal  0.0307633 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0875  Fe-S metabolism associated SufE  37.8 
 
 		 144 aa  88.6  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0629601  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01648  cysteine desufuration protein SufE  30.95 
 
 		 138 aa  87.4  6e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000768854  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1963  Fe-S metabolism associated SufE  30.95 
 
 		 138 aa  87.4  6e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000464178  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01638  hypothetical protein  30.95 
 
 		 138 aa  87.4  6e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00000509918  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1952  cysteine desufuration protein SufE  30.95 
 
 		 138 aa  87.4  6e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000146804  unclonable  0.00000000819474 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1641  Fe-S metabolism associated SufE  37.3 
 
 		 141 aa  87.4  6e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.234613  normal  0.31626 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1517  cysteine desufuration protein SufE  30.95 
 
 		 138 aa  87.4  6e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000018022  hitchhiker  0.000000327732 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1760  cysteine desufuration protein SufE  30.95 
 
 		 138 aa  87.4  6e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000168999  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02427  putative selenocysteine lyase  36.36 
 
 		 130 aa  87  7e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2393  cysteine desufuration protein SufE  30.95 
 
 		 138 aa  87  8e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000216673  hitchhiker  0.0000615703 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2223  Fe-S metabolism associated SufE  35.77 
 
 		 142 aa  86.3  1e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.416471  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1506  cysteine desufuration protein SufE  29.92 
 
 		 138 aa  86.3  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000138977 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1471  cysteine desufuration protein SufE  29.92 
 
 		 138 aa  86.7  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00486624  normal  0.0737338 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2026  Fe-S metabolism associated SufE  35.61 
 
 		 147 aa  86.3  1e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.908248  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1487  cysteine desufuration protein SufE  29.92 
 
 		 138 aa  86.3  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0255513  hitchhiker  0.000000000108827 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1236  Fe-S metabolism associated SufE  40.34 
 
 		 141 aa  86.7  1e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0210251 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1797  cysteine desufuration protein SufE  29.92 
 
 		 138 aa  86.7  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000335199  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1880  cysteine desufuration protein SufE  30.16 
 
 		 138 aa  86.3  1e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000195157  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1968  cysteine desufuration protein SufE  29.92 
 
 		 138 aa  86.3  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0109106  hitchhiker  0.0000000878422 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5783  Fe-S metabolism associated SufE  34.11 
 
 		 142 aa  85.5  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.131653  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0424  cysteine desulfuration protein SufE  31.25 
 
 		 135 aa  85.1  3e-16  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.617411  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4099  Fe-S metabolism associated SufE  36.59 
 
 		 135 aa  84.3  5e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4443  Fe-S metabolism associated SufE  30.6 
 
 		 140 aa  84  6e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1302  hypothetical protein  34.68 
 
 		 139 aa  84  6e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1895  cysteine desufuration protein SufE  30.16 
 
 		 138 aa  84  7e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000720615  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0997  Fe-S metabolism associated protein  38.1 
 
 		 146 aa  83.6  9e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00392215  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2158  hypothetical protein  35.16 
 
 		 141 aa  82.8  0.000000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1049  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  38.1 
 
 		 146 aa  83.2  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1885  Fe-S metabolism associated SufE  33.08 
 
 		 136 aa  82.8  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0116695  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2625  Fe-S metabolism associated SufE  35.54 
 
 		 142 aa  83.2  0.000000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0386264  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3223  hypothetical protein  38.1 
 
 		 146 aa  83.2  0.000000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000637476  normal  0.384907 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01363  Cysteine desulfurase SufE subunit  32.33 
 
 		 136 aa  83.6  0.000000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.837457  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3257  Fe-S metabolism associated SufE  42.59 
 
 		 148 aa  82.8  0.000000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3043  putative sufE-like protein  35.96 
 
 		 141 aa  83.2  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1912  Fe-S metabolism associated SufE  34.11 
 
 		 144 aa  82.8  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1942  Fe-S metabolism associated SufE  33.33 
 
 		 143 aa  82.4  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0211559  normal  0.278491 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0974  sufE protein  31.25 
 
 		 141 aa  82.4  0.000000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0228427  normal  0.828222 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2685  Fe-S metabolism associated SufE  36.43 
 
 		 141 aa  82.8  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3380  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  42.15 
 
 		 151 aa  82.4  0.000000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.669606  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0615  Fe-S metabolism associated SufE  33.33 
 
 		 140 aa  82  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.606248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4451  Fe-S metabolism associated SufE  34.48 
 
 		 133 aa  81.3  0.000000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.700475  hitchhiker  0.0000330295 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0461  cysteine desufuration protein SufE  30.83 
 
 		 144 aa  80.9  0.000000000000005  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.197192  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2061  Fe-S metabolism associated SufE  34.78 
 
 		 142 aa  80.9  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2184  cysteine desufuration protein SufE  30.95 
 
 		 137 aa  80.9  0.000000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000219554  hitchhiker  0.00000283333 
 
 
-
 
NC_004310  BR0574  hypothetical protein  36.43 
 
 		 141 aa  80.9  0.000000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.594133  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0575  hypothetical protein  36.43 
 
 		 141 aa  80.9  0.000000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>