153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2420 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_2420  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  100 
 
 
160 aa  330  4e-90  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2724  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  94.38 
 
 
160 aa  314  4e-85  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02124  periplasmic heme chaperone  67.53 
 
 
159 aa  219  9.999999999999999e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1462  CcmE/CycJ protein  67.53 
 
 
159 aa  219  9.999999999999999e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3334  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  67.53 
 
 
159 aa  219  9.999999999999999e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0744  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  67.53 
 
 
159 aa  219  9.999999999999999e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.251219  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2335  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  67.53 
 
 
159 aa  219  9.999999999999999e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2496  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  67.53 
 
 
159 aa  219  9.999999999999999e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02083  hypothetical protein  67.53 
 
 
159 aa  219  9.999999999999999e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1453  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  67.53 
 
 
159 aa  219  9.999999999999999e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2345  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  67.53 
 
 
159 aa  219  9.999999999999999e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.666596 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2385  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  67.35 
 
 
159 aa  215  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2490  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  67.35 
 
 
159 aa  213  5.9999999999999996e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00918698 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4147  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  67.35 
 
 
159 aa  213  5.9999999999999996e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2434  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  65.99 
 
 
159 aa  212  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.614283 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4098  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  65.99 
 
 
159 aa  212  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4205  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  67.83 
 
 
166 aa  211  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2593  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  67.83 
 
 
166 aa  211  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.257893 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4026  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  65.99 
 
 
159 aa  210  5.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2476  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  65.99 
 
 
159 aa  210  5.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0523388  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4043  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  66.67 
 
 
159 aa  210  5.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1391  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  63.69 
 
 
164 aa  206  7e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0391  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  63.69 
 
 
164 aa  206  7e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.377712 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1500  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  63.69 
 
 
164 aa  206  7e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3387  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  62.82 
 
 
164 aa  204  4e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1641  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  54.09 
 
 
160 aa  173  7e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.509174  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2277  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  59.18 
 
 
146 aa  173  8e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0397  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  54.09 
 
 
174 aa  173  9.999999999999999e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.322278  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0224  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  57.43 
 
 
162 aa  171  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.2014  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4028  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  57.43 
 
 
162 aa  171  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.781991  hitchhiker  0.0000000663113 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0227  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  57.43 
 
 
162 aa  171  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0141464  normal  0.0556364 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0224  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  57.43 
 
 
162 aa  171  5e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0296266  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3573  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  56.76 
 
 
163 aa  169  1e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.075405  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0227  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  56.08 
 
 
161 aa  168  3e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.153064  unclonable  0.0000000000366599 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0186  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  57.43 
 
 
161 aa  167  4e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000150623  hitchhiker  0.00142907 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0241  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  55.41 
 
 
162 aa  167  7e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0554704  hitchhiker  0.000102983 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0227  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  56.08 
 
 
161 aa  167  8e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0228693  unclonable  0.0000000000264125 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0222  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  56.08 
 
 
161 aa  167  8e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00525442 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0259  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  56.08 
 
 
161 aa  166  9e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002845  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE heme chaperone  55.1 
 
 
161 aa  166  2e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4663  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  56.76 
 
 
161 aa  165  2e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.257134  unclonable  0.00000000965042 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3252  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  54.42 
 
 
164 aa  166  2e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0175  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  56.08 
 
 
161 aa  166  2e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.268493  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3731  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  55.41 
 
 
162 aa  165  2e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0433902  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03131  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  54.42 
 
 
161 aa  165  2e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4291  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  55.41 
 
 
161 aa  162  1.0000000000000001e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000100265 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03070  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  56.64 
 
 
164 aa  162  3e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.884076  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0211  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  54.05 
 
 
162 aa  159  1e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0270358  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3020  CcmE/CycJ protein  54.11 
 
 
155 aa  155  2e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2787  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.63 
 
 
161 aa  151  4e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1030  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.08 
 
 
178 aa  149  2e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3389  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.98 
 
 
155 aa  146  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1581  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.04 
 
 
151 aa  146  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.409535  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2957  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.04 
 
 
151 aa  145  3e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3649  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.67 
 
 
151 aa  142  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45330  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.34 
 
 
162 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3848  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.34 
 
 
162 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1956  CcmE/CycJ protein  49.35 
 
 
159 aa  138  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3631  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50 
 
 
157 aa  135  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3411  CcmE/CycJ protein  48.97 
 
 
155 aa  134  5e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4769  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.81 
 
 
159 aa  130  6e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4323  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.34 
 
 
151 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.117081  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1544  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.34 
 
 
151 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3892  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.33 
 
 
151 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00332618  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30410  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  51.39 
 
 
155 aa  126  1.0000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0419  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.51 
 
 
153 aa  125  3e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1870  cysteinyl-tRNA synthetase, class Ia  45.83 
 
 
157 aa  124  6e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.19815  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0036  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.31 
 
 
153 aa  122  1e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1368  CcmE/CycJ protein  44.29 
 
 
149 aa  122  1e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4057  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  43.61 
 
 
149 aa  120  5e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.30033  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0437  CcmE/CycJ protein  46.84 
 
 
166 aa  121  5e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.898696 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2445  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.01 
 
 
156 aa  120  6e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.816546 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1514  CcmE/CycJ protein  44.68 
 
 
144 aa  119  9.999999999999999e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2851  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.32 
 
 
156 aa  120  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.846443  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2389  CcmE/CycJ protein  44.68 
 
 
148 aa  119  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000465809  hitchhiker  0.0000169604 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0041  CcmE/CycJ protein  44.68 
 
 
147 aa  118  3.9999999999999996e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2231  CcmE/CycJ protein  43.66 
 
 
160 aa  118  3.9999999999999996e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0922  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.76 
 
 
143 aa  117  6e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0891  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.76 
 
 
143 aa  116  9.999999999999999e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2168  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.61 
 
 
175 aa  116  9.999999999999999e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1210  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.13 
 
 
148 aa  115  1.9999999999999998e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.260139  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0373  putative cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  43.21 
 
 
162 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00440688 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4992  CcmE/CycJ protein  46.53 
 
 
170 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000144292 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1825  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  43.45 
 
 
166 aa  115  3e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.153118  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1402  CcmE/CycJ protein  46.53 
 
 
169 aa  114  7.999999999999999e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0579765 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1682  CcmE/CycJ protein  45.83 
 
 
173 aa  114  7.999999999999999e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.125313  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1379  CcmE/CycJ protein  44.68 
 
 
144 aa  112  1.0000000000000001e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2109  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.07 
 
 
166 aa  112  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0940  CcmE/CycJ protein  42.24 
 
 
160 aa  112  2.0000000000000002e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1407  CcmE/CycJ protein  46.53 
 
 
177 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.494992  normal  0.044054 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1686  CcmE/CycJ protein  47.52 
 
 
158 aa  112  3e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0940  CcmE/CycJ protein  42.77 
 
 
158 aa  111  5e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.253504  normal  0.217907 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4000  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.86 
 
 
147 aa  110  6e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2933  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.51 
 
 
173 aa  110  7.000000000000001e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.601085 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4167  CcmE/CycJ protein  46.26 
 
 
168 aa  110  7.000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.97506  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1212  CcmE/CycJ protein  46.1 
 
 
154 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2670  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  39.24 
 
 
165 aa  108  3e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1363  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.45 
 
 
149 aa  108  4.0000000000000004e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00217  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.31 
 
 
156 aa  107  5e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1548  CcmE/CycJ protein  42.95 
 
 
153 aa  107  8.000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.40263 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>