More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2354 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2354  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 356 aa  730    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2628  transcriptional regulator, LacI family  92.7 
 
 		 356 aa  681    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1610  transcriptional regulator, LacI family  68.26 
 
 		 356 aa  498  1e-140  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.42043  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1641  transcriptional regulator, LacI family  65.73 
 
 		 357 aa  492  9.999999999999999e-139  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.236948  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1314  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  61.24 
 
 		 357 aa  456  1e-127  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.499254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3600  LacI family transcription regulator  59.61 
 
 		 360 aa  439  9.999999999999999e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0280148  normal  0.188315 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03519  putative transcriptional regulator  57.02 
 
 		 364 aa  427  1e-118  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03470  hypothetical protein  57.02 
 
 		 356 aa  427  1e-118  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3362  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  55.71 
 
 		 360 aa  416  9.999999999999999e-116  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0927  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  55.71 
 
 		 360 aa  416  9.999999999999999e-116  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0979  LacI family transcription regulator  55.71 
 
 		 360 aa  416  9.999999999999999e-116  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3669  transcriptional regulator, LacI family  32.28 
 
 		 349 aa  145  1e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.555961  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1883  transcriptional regulator, LacI family  31.62 
 
 		 350 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.275447 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1697  transcriptional regulator, LacI family  32.65 
 
 		 351 aa  139  7e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3520  transcriptional regulator, LacI family  32.1 
 
 		 349 aa  138  1e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0717  transcriptional regulator, LacI family  31.58 
 
 		 344 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0665  transcriptional regulator, LacI family  32.07 
 
 		 343 aa  127  3e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0509948  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4007  transcriptional regulator, LacI family  30.09 
 
 		 343 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4336  transcriptional regulator, LacI family  30.03 
 
 		 339 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.563264  hitchhiker  0.000141472 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  28.32 
 
 		 368 aa  106  5e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3579  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.65 
 
 		 344 aa  107  5e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5085  transcriptional regulator, LacI family  26.59 
 
 		 359 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.127627 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5764  transcriptional regulator LacI family  27.11 
 
 		 337 aa  102  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.73775  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5365  transcriptional regulator, LacI family  25.49 
 
 		 345 aa  101  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000864241  normal  0.850622 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2245  LacI family transcription regulator  29.23 
 
 		 338 aa  100  4e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.115687  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  24.49 
 
 		 332 aa  99.4  1e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8999  transcriptional regulator  27.01 
 
 		 361 aa  98.6  1e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.450526  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  24.78 
 
 		 328 aa  97.4  3e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.2 
 
 		 352 aa  97.1  4e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  25.37 
 
 		 348 aa  96.7  6e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3049  transcriptional regulator, LacI family  23.6 
 
 		 336 aa  96.3  7e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.490257  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0582  alanine racemase  26.02 
 
 		 337 aa  95.9  9e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0961  transcriptional regulator, LacI family  26.53 
 
 		 359 aa  95.9  9e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2511  transcriptional regulator, LacI family  28.07 
 
 		 334 aa  95.5  1e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.155489  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  24.78 
 
 		 331 aa  94.7  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1873  LacI family response repressor  26.17 
 
 		 368 aa  94.7  2e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.845568  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  26.75 
 
 		 338 aa  95.1  2e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25 
 
 		 330 aa  95.1  2e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1559  alanine racemase  26.44 
 
 		 333 aa  95.1  2e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000066632  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4573  LacI family transcription regulator  26.9 
 
 		 326 aa  94.7  2e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0936264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3676  LacI family transcription regulator  27.51 
 
 		 323 aa  93.6  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.259551 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1277  LacI family transcription regulator  27.6 
 
 		 344 aa  92.8  9e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0780915  normal  0.320448 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  25.45 
 
 		 333 aa  92.4  1e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  25.5 
 
 		 341 aa  91.7  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  25.5 
 
 		 341 aa  91.7  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  25.5 
 
 		 343 aa  91.7  2e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  25.5 
 
 		 341 aa  91.7  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  25.5 
 
 		 341 aa  91.7  2e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  28.88 
 
 		 349 aa  91.3  2e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  25.5 
 
 		 330 aa  91.7  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  25.5 
 
 		 343 aa  91.7  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  25.5 
 
 		 341 aa  91.7  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  25.5 
 
 		 341 aa  91.7  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  25.07 
 
 		 342 aa  90.9  3e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0042  LacI family transcription regulator  27.01 
 
 		 328 aa  90.5  4e-17  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0930701  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0524  alanine racemase  28 
 
 		 339 aa  90.5  4e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.287125 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0352  transcriptional regulator, LacI family  28.71 
 
 		 347 aa  90.1  5e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00162695  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  26.95 
 
 		 338 aa  90.1  6e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3350  LacI family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 364 aa  89.7  6e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  26 
 
 		 353 aa  89.7  7e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0402  transcriptional regulator, LacI family  24.42 
 
 		 339 aa  89.7  8e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000159796  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0699  transcriptional regulator, LacI family  24.33 
 
 		 341 aa  89  1e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13150  transcriptional regulator, LacI family  27.27 
 
 		 344 aa  88.6  1e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1067  transcriptional regulator, LacI family  25.28 
 
 		 349 aa  89  1e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0326258  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  27.07 
 
 		 353 aa  88.6  2e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2353  LacI family transcription regulator  24.79 
 
 		 330 aa  88.2  2e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000399478  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3342  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  25.95 
 
 		 332 aa  87.8  3e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0512  LacI family transcription regulator  26.73 
 
 		 336 aa  87  4e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1193  transcriptional regulator, LacI family  24.86 
 
 		 326 aa  87.4  4e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.502548  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2210  transcriptional regulator, LacI family  28.13 
 
 		 342 aa  86.3  7e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.93 
 
 		 333 aa  86.3  8e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  25.8 
 
 		 335 aa  85.9  9e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0186  alanine racemase  27.03 
 
 		 335 aa  85.9  9e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4219  transcriptional repressor RbsR  32.76 
 
 		 332 aa  85.9  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.817954  normal  0.878921 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1600  LacI family transcription regulator  25.66 
 
 		 328 aa  85.5  0.000000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  24.93 
 
 		 333 aa  85.5  0.000000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1063  LacI family transcription regulator  27.32 
 
 		 325 aa  85.5  0.000000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.741114 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20530  transcriptional regulator, LacI family  25.78 
 
 		 341 aa  85.5  0.000000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0150  transcriptional regulator, LacI family  27.12 
 
 		 336 aa  85.5  0.000000000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4270  transcriptional repressor RbsR  24.06 
 
 		 330 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000205239  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  26.45 
 
 		 340 aa  85.1  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.93 
 
 		 337 aa  85.1  0.000000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5190  transcriptional repressor RbsR  24.06 
 
 		 330 aa  85.1  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00327915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4122  transcriptional repressor RbsR  24.06 
 
 		 330 aa  85.1  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.305602  normal  0.0911869 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4568  transcriptional regulator, LacI family  27.89 
 
 		 357 aa  85.1  0.000000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  25.95 
 
 		 332 aa  85.1  0.000000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3324  LacI family transcription regulator  26.8 
 
 		 347 aa  84.7  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370251  normal  0.267565 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  24.28 
 
 		 334 aa  84.7  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3491  transcriptional regulator, LacI family  27.54 
 
 		 349 aa  84.7  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.201292  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0911  transcriptional regulator, LacI family  24.04 
 
 		 332 aa  85.1  0.000000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0040  transcriptional regulator, LacI family  26.7 
 
 		 330 aa  84.3  0.000000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0499  LacI family transcription regulator  24.93 
 
 		 330 aa  84.3  0.000000000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1550  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.37 
 
 		 328 aa  84.3  0.000000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000390905  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03639  DNA-binding transcriptional repressor of ribose metabolism  24.06 
 
 		 330 aa  84  0.000000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00237415  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4241  transcriptional repressor RbsR  24.06 
 
 		 330 aa  84  0.000000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.327464  hitchhiker  0.00680444 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4165  transcriptional repressor RbsR  23.75 
 
 		 330 aa  84  0.000000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0172446  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  25.95 
 
 		 332 aa  84  0.000000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4111  transcriptional repressor RbsR  23.01 
 
 		 333 aa  84  0.000000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0488485  normal  0.0159443 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03584  hypothetical protein  24.06 
 
 		 330 aa  84  0.000000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00148852  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  25.32 
 
 		 355 aa  83.6  0.000000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>