More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_0644 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_0644  regulatory protein, LysR  100 
 
 		 289 aa  561  1.0000000000000001e-159  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10370  transcriptional regulator  45.21 
 
 		 303 aa  204  2e-51  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0429972  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1036  transcriptional regulator, LysR family  37.32 
 
 		 331 aa  133  3.9999999999999996e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3565  transcriptional regulator, LysR family  41.18 
 
 		 310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0167033  hitchhiker  0.00495072 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  35.12 
 
 		 301 aa  109  5e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2482  LysR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 303 aa  101  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086853  normal  0.0180215 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3027  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 296 aa  100  3e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.210707  normal  0.0983391 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  35.86 
 
 		 343 aa  100  3e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3058  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 296 aa  100  4e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3012  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 296 aa  100  4e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3565  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 303 aa  98.6  1e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.116622  normal  0.0782096 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 302 aa  95.9  6e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5108  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 301 aa  95.5  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.336118  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2161  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 324 aa  94.4  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.281423  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1923  transcriptional regulator, LysR family  32.02 
 
 		 324 aa  94  2e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  32.17 
 
 		 303 aa  92.4  7e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01251  DNA-binding transcriptional dual regulator, O-acetyl-L-serine-binding  29.88 
 
 		 324 aa  92  9e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.255079  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2374  transcriptional regulator, LysR family  29.88 
 
 		 324 aa  92  9e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00240492  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01261  hypothetical protein  29.88 
 
 		 324 aa  92  9e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.234561  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1384  transcriptional regulator CysB  29.88 
 
 		 324 aa  92  9e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1475  transcriptional regulator CysB  29.88 
 
 		 324 aa  92  9e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00044374  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2353  transcriptional regulator CysB  29.88 
 
 		 324 aa  92  9e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0011024  unclonable  0.000000022716 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1501  transcriptional regulator CysB  29.88 
 
 		 324 aa  92  9e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.7918  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1856  transcriptional regulator CysB  29.88 
 
 		 324 aa  92  9e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.314733  hitchhiker  2.57931e-19 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1907  transcriptional regulator CysB  29.88 
 
 		 324 aa  92  9e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0524894  hitchhiker  2.34231e-17 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1670  LysR substrate-binding protein  35.29 
 
 		 287 aa  91.7  1e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.903503  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68920  LysR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 304 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3126  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 296 aa  91.3  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.211157  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0301  transcriptional regulator CysB  30.04 
 
 		 324 aa  90.9  2e-17  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6323  MarR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 294 aa  90.5  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.482978  normal  0.771209 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 298 aa  90.9  3e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1424  transcriptional regulator, LysR family  32.54 
 
 		 303 aa  90.1  4e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.442699 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2060  hypothetical protein  24.25 
 
 		 301 aa  89.7  5e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2195  transcriptional regulator CysB  31.08 
 
 		 324 aa  89.7  5e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000422628 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2016  transcriptional regulator CysB  30.83 
 
 		 324 aa  89.4  7e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.251178  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1922  transcriptional regulator CysB  31.08 
 
 		 324 aa  89.4  7e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.303693  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2228  transcriptional regulator CysB  31.08 
 
 		 324 aa  89.4  7e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000587269  hitchhiker  0.00110252 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2317  transcriptional regulator CysB  30.83 
 
 		 324 aa  89.4  7e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1360  transcriptional regulator, LysR family  32.54 
 
 		 303 aa  89.4  7e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.325341  normal  0.0430016 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2032  transcriptional regulator CysB  31.08 
 
 		 324 aa  89.4  7e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30659  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1053  transcriptional regulator, LysR family  29.8 
 
 		 310 aa  89  8e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.262564  normal  0.905939 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0187  transcriptional regulator, LysR family  32 
 
 		 322 aa  88.6  1e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.502015  normal  0.832957 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  31.98 
 
 		 308 aa  88.6  1e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6467  regulatory protein, LysR  35.18 
 
 		 228 aa  87.4  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2549  LysR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 337 aa  87.8  2e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.30655  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5025  transcriptional regulator, LysR family  32.17 
 
 		 295 aa  88.2  2e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.860643  normal  0.224116 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5031  transcriptional regulator, LysR family  34.39 
 
 		 289 aa  87.8  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.339518  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1026  LysR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 292 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4879  transcriptional regulator, LysR family  35.98 
 
 		 298 aa  87.8  2e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3346  LysR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 328 aa  87.4  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2656  transcriptional regulator CysB  30.28 
 
 		 324 aa  86.7  4e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00546956  unclonable  0.0000000382364 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1624  transcriptional regulator CysB  27.41 
 
 		 324 aa  86.7  4e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.483368  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 296 aa  87  4e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1200  transcriptional regulator CysB  27.78 
 
 		 324 aa  86.3  5e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0135  transcriptional regulator, LysR family  34.83 
 
 		 310 aa  86.3  5e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0188343  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1979  transcriptional regulator CysB  27.49 
 
 		 323 aa  86.3  5e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08550  Transcriptional regulator, LysR family  30.2 
 
 		 307 aa  86.3  5e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.763554  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3612  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 332 aa  86.3  5e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.11328  normal  0.0439826 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0306  transcriptional regulator, LysR family  34.83 
 
 		 310 aa  86.3  5e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0196114  decreased coverage  0.0000263412 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 305 aa  85.9  6e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2050  hypothetical protein  23.26 
 
 		 301 aa  85.9  7e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0335  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 291 aa  85.9  7e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.854024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1667  transcriptional regulator CysB  27.24 
 
 		 324 aa  85.9  8e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00185974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 305 aa  85.5  9e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1342  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 302 aa  85.5  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.318091  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4609  transcriptional regulator, LysR family  33.87 
 
 		 289 aa  85.1  0.000000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.461419 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  26.83 
 
 		 301 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 301 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 301 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  27.76 
 
 		 301 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1902  transcriptional regulator CysB  30.68 
 
 		 324 aa  85.1  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.834508  hitchhiker  4.2824e-16 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1012  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 305 aa  85.1  0.000000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0144903  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  26.83 
 
 		 301 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1434  transcriptional regulator CysB  30.68 
 
 		 324 aa  85.1  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00237388  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  26.83 
 
 		 301 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 302 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1840  transcriptional regulator CysB  30.28 
 
 		 324 aa  84.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000484032 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1497  transcriptional regulator CysB  26.32 
 
 		 324 aa  85.1  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000166035  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3244  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 316 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.634923  normal  0.10907 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  25.29 
 
 		 295 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1615  transcriptional regulator CysB  30.68 
 
 		 324 aa  84  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000907367 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  26.83 
 
 		 299 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1068  LysR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 292 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 305 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  26.83 
 
 		 299 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2231  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 298 aa  84.3  0.000000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.392595  normal  0.0608782 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1689  transcriptional regulator CysB  28.69 
 
 		 324 aa  84  0.000000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.372652  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1028  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 292 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2327  transcriptional regulator CysB  28.02 
 
 		 324 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.184075  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  27.94 
 
 		 301 aa  84  0.000000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1928  transcriptional regulator CysB  28.02 
 
 		 324 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0221409  hitchhiker  0.0000000000199307 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  29.92 
 
 		 306 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1844  transcriptional regulator CysB  30.28 
 
 		 324 aa  83.6  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00679598 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3443  transcriptional regulator CysB  28.02 
 
 		 324 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0457028  hitchhiker  0.00255719 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1251  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 310 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0346286  normal  0.880588 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.91 
 
 		 299 aa  84  0.000000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  29.32 
 
 		 292 aa  84  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2876  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 310 aa  83.6  0.000000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.692087 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5585  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 298 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>