More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Maqu_3835 on replicon NC_008740
Organism: Marinobacter aquaeolei VT8



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008740  Maqu_3835  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  100 
 
 
388 aa  785    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2881  periplasmic sugar-binding protein, putative  27.75 
 
 
367 aa  158  2e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.333959  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2372  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.39 
 
 
358 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1979  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.8 
 
 
358 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.744859  normal  0.0549278 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4053  periplasmic sugar-binding protein, putative  29.48 
 
 
387 aa  140  3.9999999999999997e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.299221  normal  0.087362 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3323  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.04 
 
 
358 aa  140  6e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.796587 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3110  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.61 
 
 
357 aa  137  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1885  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.92 
 
 
358 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0841  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  29.31 
 
 
399 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2149  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.49 
 
 
366 aa  126  6e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00186046  normal  0.396691 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2731  periplasmic sugar-binding domain protein  30.82 
 
 
357 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.223231  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2463  sugar-binding domain-containing protein  26.9 
 
 
366 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.155285  hitchhiker  0.00853045 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3287  periplasmic sugar-binding protein  26.62 
 
 
337 aa  100  4e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4134  periplasmic sugar-binding protein, putative  26.92 
 
 
342 aa  94.7  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4037  periplasmic sugar-binding protein, putative  26.57 
 
 
342 aa  94.4  3e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3939  periplasmic sugar-binding protein, putative  26.57 
 
 
342 aa  94  4e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4015  periplasmic sugar-binding protein, putative  26.22 
 
 
342 aa  92  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3671  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.37 
 
 
341 aa  89.4  1e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.669909  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0355  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.69 
 
 
341 aa  88.2  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0349  periplasmic sugar-binding protein, putative  23.97 
 
 
348 aa  86.3  8e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.748308  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4172  periplasmic sugar-binding protein, putative  26.55 
 
 
348 aa  80.5  0.00000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0482  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.27 
 
 
1681 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3548  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.27 
 
 
1681 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  28.35 
 
 
295 aa  71.2  0.00000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2026  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.18 
 
 
320 aa  70.1  0.00000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  28.05 
 
 
289 aa  67  0.0000000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0247  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.8 
 
 
348 aa  66.6  0.0000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.626925  normal  0.777752 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06143  D-ribose transporter subunit RbsB  28.67 
 
 
292 aa  66.2  0.0000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000339  ribose ABC transport system ribose-binding protein RbsB  28.67 
 
 
292 aa  65.1  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1684  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.84 
 
 
313 aa  65.1  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.181861  normal  0.351536 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  35.51 
 
 
337 aa  63.9  0.000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1337  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.41 
 
 
312 aa  63.5  0.000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3000  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.05 
 
 
312 aa  63.5  0.000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.434934  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1798  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  29.01 
 
 
324 aa  63.2  0.000000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.482327  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0147  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  29.63 
 
 
318 aa  63.2  0.000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00228478  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4068  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.63 
 
 
318 aa  63.2  0.000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0475  putative sugar ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  29.63 
 
 
318 aa  63.2  0.000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0362189  normal  0.0527662 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3766  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.66 
 
 
318 aa  62.4  0.00000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5745  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  25.66 
 
 
318 aa  62.4  0.00000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0343  D-ribose transporter subunit RbsB  26.32 
 
 
292 aa  62.4  0.00000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4198  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.7 
 
 
308 aa  62.8  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4096  D-ribose transporter subunit RbsB  28.48 
 
 
296 aa  61.6  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04096  predicted sugar transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  25.66 
 
 
318 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.639926  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4113  D-ribose transporter subunit RbsB  28.86 
 
 
296 aa  62  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.114782  normal  0.0406773 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4797  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  25.66 
 
 
318 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4705  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  25.66 
 
 
318 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4111  D-ribose transporter subunit RbsB  28.48 
 
 
296 aa  61.6  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.817672  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4167  D-ribose transporter subunit RbsB  28.48 
 
 
296 aa  61.6  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4856  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  25.66 
 
 
318 aa  61.6  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4481  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  25.66 
 
 
318 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3338  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.56 
 
 
312 aa  62  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04060  hypothetical protein  25.66 
 
 
318 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.617644  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.1 
 
 
311 aa  61.6  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4217  D-ribose transporter subunit RbsB  28.48 
 
 
296 aa  61.6  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  normal  0.765182 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4908  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.33 
 
 
320 aa  62  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.852955  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0008  D-ribose transporter subunit RbsB  28 
 
 
294 aa  61.6  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3783  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.66 
 
 
318 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03637  D-ribose transporter subunit  28.86 
 
 
296 aa  61.2  0.00000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00458293  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3967  D-ribose transporter subunit RbsB  28.86 
 
 
294 aa  61.2  0.00000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.56483  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4267  D-ribose transporter subunit RbsB  28.86 
 
 
294 aa  61.2  0.00000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00505283  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4243  D-ribose transporter subunit RbsB  28.86 
 
 
296 aa  61.2  0.00000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00260164 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0480  putative PAS/PAC sensor protein  21.67 
 
 
1686 aa  61.2  0.00000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5187  D-ribose transporter subunit RbsB  28.86 
 
 
296 aa  61.2  0.00000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0574953  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4119  D-ribose transporter subunit RbsB  28.86 
 
 
296 aa  61.2  0.00000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.161287 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03582  hypothetical protein  28.86 
 
 
296 aa  61.2  0.00000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00518541  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0412  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.59 
 
 
318 aa  60.8  0.00000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0273  RbsB protein  32.14 
 
 
364 aa  60.8  0.00000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2973  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  31.17 
 
 
309 aa  60.8  0.00000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3045  monosaccharide-transporting ATPase  31.17 
 
 
309 aa  60.8  0.00000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1874  ribose ABC transporter periplasmic ribose-binding protein  31.17 
 
 
309 aa  60.8  0.00000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00433268 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.71 
 
 
316 aa  60.5  0.00000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5046  ABC transporter substrate binding protein (ribose)  31.75 
 
 
320 aa  60.5  0.00000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.611947  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4216  Monosaccharide-transporting ATPase  28.86 
 
 
296 aa  60.5  0.00000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4276  D-ribose transporter subunit RbsB  28.48 
 
 
296 aa  60.5  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1401  ribose ABC transporter, substrate binding protein  26.64 
 
 
315 aa  60.1  0.00000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4268  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.36 
 
 
309 aa  58.5  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4154  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.77 
 
 
329 aa  58.5  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00377851  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3044  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.03 
 
 
330 aa  58.2  0.0000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0114  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  28.31 
 
 
322 aa  58.2  0.0000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.686148  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0517  D-ribose transporter subunit RbsB  26.97 
 
 
299 aa  57.8  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4334  Monosaccharide-transporting ATPase  25.91 
 
 
327 aa  57.8  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.731249 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0984  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.9 
 
 
318 aa  58.2  0.0000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4898  D-ribose transporter subunit RbsB  28 
 
 
296 aa  57.8  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00612951  hitchhiker  0.000000869292 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1369  D-ribose transporter subunit RbsB  25.64 
 
 
292 aa  57  0.0000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.470278  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4597  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24 
 
 
328 aa  57.4  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0491755 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0381  Monosaccharide-transporting ATPase  31.21 
 
 
339 aa  57  0.0000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1986  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.12 
 
 
313 aa  57.4  0.0000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.277686  normal  0.0546729 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1988  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.12 
 
 
313 aa  57.4  0.0000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.188386  hitchhiker  0.000242477 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2073  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.12 
 
 
313 aa  57.4  0.0000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.269264  hitchhiker  0.00000246592 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4172  D-ribose transporter subunit RbsB  25.33 
 
 
296 aa  57  0.0000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000287299  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4340  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  31.21 
 
 
339 aa  57  0.0000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4525  D-ribose transporter subunit RbsB  25.33 
 
 
295 aa  56.6  0.0000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00203677  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2682  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.94 
 
 
328 aa  57  0.0000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.776041 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1418  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.57 
 
 
319 aa  56.6  0.0000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4235  D-ribose transporter subunit RbsB  25.33 
 
 
295 aa  56.2  0.0000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000930744  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1223  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.46 
 
 
342 aa  56.2  0.0000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.999664  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0166  monosaccharide-transporting ATPase  29.59 
 
 
307 aa  56.2  0.0000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4768  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.07 
 
 
318 aa  56.2  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.379262  normal  0.606188 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1961  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35 
 
 
309 aa  55.8  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0249015 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3328  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.83 
 
 
311 aa  55.5  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>