More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lreu_0675 on replicon NC_009513
Organism: Lactobacillus reuteri DSM 20016



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009513  Lreu_0675  RNase HI  100 
 
 		 222 aa  459  9.999999999999999e-129  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00564267  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0096  RNase H  42.8 
 
 		 251 aa  195  4.0000000000000005e-49  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000638062 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1189  ribonuclease H  29.36 
 
 		 245 aa  105  6e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.842568 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1906  Ribonuclease H  28.93 
 
 		 241 aa  101  8e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000526772  normal  0.35014 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06470  RNase HI  32.08 
 
 		 150 aa  90.5  2e-17  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0800016  normal  0.300256 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4709  ribonuclease H  28.63 
 
 		 236 aa  90.5  2e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1585  ribonuclease H  35.44 
 
 		 149 aa  90.5  2e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.272644  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1987  ribonuclease H  34.62 
 
 		 159 aa  89.7  3e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1992  ribonuclease H  34.81 
 
 		 146 aa  89.7  3e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.324706 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2653  ribonuclease H  32.28 
 
 		 149 aa  89.4  4e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.694981  normal  0.0661742 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41060  ribonuclease H  32.91 
 
 		 148 aa  89.4  4e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3481  ribonuclease H  32.28 
 
 		 148 aa  89  5e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0841  ribonuclease H  33.94 
 
 		 154 aa  89  5e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1745  ribonuclease H  31.45 
 
 		 148 aa  88.6  8e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.134383 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1973  ribonuclease H  31.65 
 
 		 148 aa  87.8  1e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1024  ribonuclease H  33.33 
 
 		 154 aa  87.4  2e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.226266  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1188  ribonuclease H  36.64 
 
 		 157 aa  87  2e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0364672  normal  0.693585 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1680  ribonuclease H  31.48 
 
 		 161 aa  85.9  4e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.254579  normal  0.760209 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4895  ribonuclease H  32.5 
 
 		 148 aa  85.9  4e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0399  ribonuclease HI  32.9 
 
 		 158 aa  85.1  7e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0563  Ribonuclease H  32.9 
 
 		 158 aa  85.1  7e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2274  ribonuclease H  33.56 
 
 		 156 aa  84.7  9e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.933446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1970  ribonuclease H  32.1 
 
 		 160 aa  84.7  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.501543 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0855  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.91 
 
 		 532 aa  84.7  0.000000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0833  bifunctional ribonuclease HI/DNA polymerase III, epsilon subunit  37.01 
 
 		 527 aa  84  0.000000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.13569 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2112  Ribonuclease H  33.59 
 
 		 141 aa  84  0.000000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0395213  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1464  ribonuclease H  32.9 
 
 		 149 aa  84  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2435  Ribonuclease H  36.31 
 
 		 235 aa  83.6  0.000000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000684172  hitchhiker  0.00771463 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1479  RNase HI  34.59 
 
 		 151 aa  83.2  0.000000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00461786  normal  0.20485 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3712  ribonuclease HI  30.86 
 
 		 150 aa  82.8  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0350909  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1763  ribonuclease H  30.86 
 
 		 150 aa  82.8  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.890131 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2183  RNase HI  37.58 
 
 		 259 aa  82.8  0.000000000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2790  RNase H  32.28 
 
 		 148 aa  82.4  0.000000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000215701  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0262  Ribonuclease H  34.44 
 
 		 158 aa  82.8  0.000000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0593  ribonuclease H  30.38 
 
 		 155 aa  82.4  0.000000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08950  Ribonuclease H  32.14 
 
 		 269 aa  82.4  0.000000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2570  ribonuclease HI  35.58 
 
 		 160 aa  82  0.000000000000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000396954  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1600  RNase H  32.28 
 
 		 146 aa  82  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0928  ribonuclease H  33.33 
 
 		 145 aa  82  0.000000000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0317  Ribonuclease H  33.75 
 
 		 163 aa  82  0.000000000000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0556  RNase H  32.28 
 
 		 148 aa  81.6  0.000000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0763  ribonuclease HI  32.28 
 
 		 148 aa  81.6  0.000000000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2066  ribonuclease H  29.01 
 
 		 150 aa  81.6  0.000000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043986  normal  0.0759815 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1466  RNase H  32.28 
 
 		 148 aa  81.6  0.000000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0596  ribonuclease HI  32.28 
 
 		 148 aa  81.6  0.000000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1273  ribonuclease HI  32.28 
 
 		 148 aa  81.6  0.000000000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.244888  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1496  RNase H  32.28 
 
 		 148 aa  81.6  0.000000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3467  ribonuclease H  31.48 
 
 		 148 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006670  CNA03470  ribonuclease H, putative  24.81 
 
 		 321 aa  81.3  0.00000000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.330018  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0543  ribonuclease H  34.84 
 
 		 146 aa  81.3  0.00000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.751982 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1704  ribonuclease H  39.13 
 
 		 142 aa  80.9  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.229425  normal  0.715434 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1965  ribonuclease H  31.65 
 
 		 160 aa  81.3  0.00000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000316146  unclonable  0.00000002511 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2340  ribonuclease H  29.38 
 
 		 149 aa  80.9  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.467837  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2189  ribonuclease H  32.91 
 
 		 145 aa  80.1  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1663  ribonuclease HI  32.91 
 
 		 148 aa  80.5  0.00000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.835825 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29600  ribonuclease H  32.05 
 
 		 152 aa  80.1  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.891548  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4142  ribonuclease H  30.86 
 
 		 148 aa  79.7  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.479063  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1723  ribonuclease H  30.86 
 
 		 148 aa  79.7  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.991139 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1251  ribonuclease H  31.06 
 
 		 148 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.768926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2873  Ribonuclease H  31.06 
 
 		 148 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00808472  normal  0.318566 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2217  RNase HI  35.94 
 
 		 149 aa  80.1  0.00000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.203756 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3714  ribonuclease H  30.86 
 
 		 148 aa  79.7  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.246358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4427  ribonuclease H  31.06 
 
 		 147 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000165419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1607  ribonuclease H  33.12 
 
 		 153 aa  79.3  0.00000000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.321118 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0955  ribonuclease H  31.68 
 
 		 150 aa  79  0.00000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0529  ribonuclease H  33.33 
 
 		 153 aa  79  0.00000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2357  ribonuclease H  34.84 
 
 		 151 aa  79  0.00000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.71288 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24830  RNase HI  29.82 
 
 		 170 aa  79  0.00000000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.28769 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0500  ribonuclease H  30.38 
 
 		 153 aa  79  0.00000000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.478203  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1256  ribonuclease H  31.06 
 
 		 147 aa  79  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00262659  normal  0.25341 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0804  ribonuclease H  31.06 
 
 		 147 aa  79  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02761  ribonuclease HI  35.94 
 
 		 161 aa  79  0.00000000000006  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.175549  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1174  ribonuclease H  31.06 
 
 		 147 aa  78.6  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00138258  normal  0.132038 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1162  ribonuclease H  31.06 
 
 		 147 aa  78.6  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.101109  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1285  ribonuclease H  31.06 
 
 		 147 aa  79  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00259503  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0484  ribonuclease H  32.05 
 
 		 157 aa  78.6  0.00000000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.416034 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0868  ribonuclease H  32.3 
 
 		 148 aa  78.6  0.00000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.243727  normal  0.451951 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1567  ribonuclease HI  35.94 
 
 		 161 aa  78.6  0.00000000000008  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0591  ribonuclease H  35.22 
 
 		 154 aa  77.4  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.637967  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0619  ribonuclease H  33.11 
 
 		 152 aa  77.8  0.0000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.772003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2281  ribonuclease H  31.41 
 
 		 159 aa  78.2  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2669  ribonuclease H  33.77 
 
 		 156 aa  77.8  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.046845 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4350  ribonuclease H  32.3 
 
 		 154 aa  77.8  0.0000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.665268  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4436  ribonuclease H  32.3 
 
 		 154 aa  77.8  0.0000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.285244  normal  0.136537 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1297  ribonuclease H  37.4 
 
 		 150 aa  77.4  0.0000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4730  ribonuclease H  32.3 
 
 		 154 aa  77.4  0.0000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1744  ribonuclease H  31.61 
 
 		 146 aa  77  0.0000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1085  ribonuclease H  33.11 
 
 		 143 aa  77.4  0.0000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0502  ribonuclease H  33.54 
 
 		 157 aa  77  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3655  ribonuclease H  35.9 
 
 		 151 aa  77  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00499502  normal  0.0620959 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0037  Ribonuclease H  33.33 
 
 		 156 aa  77.4  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0418  ribonuclease H  32.19 
 
 		 143 aa  77  0.0000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1362  ribonuclease H  37.4 
 
 		 150 aa  77.4  0.0000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1534  ribonuclease H  30.13 
 
 		 147 aa  77  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0920794  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1763  ribonuclease H  31.65 
 
 		 154 aa  76.3  0.0000000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0424  ribonuclease H  31.65 
 
 		 154 aa  76.3  0.0000000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.456208  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02181  ribonuclease HI  33.59 
 
 		 163 aa  76.6  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.959518  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4573  Ribonuclease H  36.84 
 
 		 159 aa  76.6  0.0000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2729  ribonuclease H  30.29 
 
 		 192 aa  75.9  0.0000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1942  ribonuclease H  31.21 
 
 		 164 aa  76.3  0.0000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>