More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE2570 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE2570  ribonuclease HI  100 
 
 		 160 aa  330  5e-90  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000396954  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2289  Ribonuclease H  52.2 
 
 		 152 aa  160  8.000000000000001e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124048  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4427  ribonuclease H  51.9 
 
 		 147 aa  158  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000165419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0684  ribonuclease H  50.67 
 
 		 150 aa  159  2e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.746056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2333  ribonuclease H  52.67 
 
 		 153 aa  159  2e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.076153 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1970  ribonuclease H  54 
 
 		 160 aa  158  3e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.501543 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1251  ribonuclease H  53.33 
 
 		 148 aa  157  6e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.768926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2873  Ribonuclease H  53.33 
 
 		 148 aa  157  6e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00808472  normal  0.318566 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1663  ribonuclease HI  51.33 
 
 		 148 aa  156  1e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.835825 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1174  ribonuclease H  50.31 
 
 		 147 aa  156  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00138258  normal  0.132038 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1162  ribonuclease H  50.31 
 
 		 147 aa  156  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.101109  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1273  ribonuclease HI  51.27 
 
 		 148 aa  155  2e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.244888  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0763  ribonuclease HI  51.27 
 
 		 148 aa  155  2e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1496  RNase H  51.27 
 
 		 148 aa  155  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1600  RNase H  51.27 
 
 		 146 aa  155  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0556  RNase H  51.27 
 
 		 148 aa  155  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0596  ribonuclease HI  51.27 
 
 		 148 aa  155  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2790  RNase H  51.27 
 
 		 148 aa  155  2e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000215701  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2035  ribonuclease H  52.98 
 
 		 147 aa  155  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.365518  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1060  ribonuclease H  48.1 
 
 		 154 aa  155  2e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1466  RNase H  51.27 
 
 		 148 aa  155  2e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0868  ribonuclease H  52.67 
 
 		 148 aa  155  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.243727  normal  0.451951 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1256  ribonuclease H  50.63 
 
 		 147 aa  155  3e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00262659  normal  0.25341 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3743  ribonuclease H  49.68 
 
 		 151 aa  155  3e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0804  ribonuclease H  50.63 
 
 		 147 aa  155  3e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1285  ribonuclease H  50.63 
 
 		 147 aa  155  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00259503  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1619  ribonuclease H  48.1 
 
 		 155 aa  152  1e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.353009  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2815  ribonuclease H  47.71 
 
 		 147 aa  152  2e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3054  ribonuclease H  46.71 
 
 		 166 aa  152  2e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0453376  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0950  ribonuclease H  50 
 
 		 154 aa  152  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.909306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0591  ribonuclease H  50.96 
 
 		 154 aa  150  5.9999999999999996e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.637967  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0841  ribonuclease H  47.8 
 
 		 154 aa  150  5.9999999999999996e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4028  ribonuclease H  49.36 
 
 		 150 aa  150  8e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1534  ribonuclease H  45.86 
 
 		 147 aa  150  8.999999999999999e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0920794  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1593  ribonuclease H  48.41 
 
 		 148 aa  149  1e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1342  ribonuclease H  50.67 
 
 		 161 aa  149  1e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.765967  normal  0.626609 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0653  ribonuclease H  49.67 
 
 		 151 aa  149  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.126445 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1024  ribonuclease H  48.43 
 
 		 154 aa  149  1e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.226266  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0182  ribonuclease H  47.71 
 
 		 157 aa  149  2e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0614621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0750  ribonuclease H  49.33 
 
 		 162 aa  149  2e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.516591  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2217  RNase HI  50.32 
 
 		 149 aa  149  2e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.203756 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1085  ribonuclease H  47.1 
 
 		 143 aa  148  3e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2573  ribonuclease H  51.3 
 
 		 157 aa  148  3e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0063199  hitchhiker  0.000000590654 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4395  ribonuclease H  51.33 
 
 		 154 aa  148  3e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.480095 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1745  ribonuclease H  46.88 
 
 		 148 aa  148  3e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.134383 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03211  ribonuclease H  46.79 
 
 		 154 aa  147  4e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0301  ribonuclease H  48.37 
 
 		 155 aa  147  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0288  ribonuclease H  48.37 
 
 		 155 aa  147  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.170302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0286  ribonuclease H  48.37 
 
 		 155 aa  147  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0293  ribonuclease H  48.37 
 
 		 155 aa  147  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.358682  normal  0.575944 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0307  ribonuclease H  48.37 
 
 		 155 aa  147  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0142891  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0409  ribonuclease H  52.94 
 
 		 155 aa  147  4e-35  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2041  ribonuclease H  49.33 
 
 		 148 aa  147  4e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4142  ribonuclease H  48.34 
 
 		 148 aa  147  5e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.479063  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0613  ribonuclease H  49.01 
 
 		 151 aa  147  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.657296 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3714  ribonuclease H  48.34 
 
 		 148 aa  147  5e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.246358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2687  ribonuclease H  47.2 
 
 		 154 aa  147  5e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.319525  normal  0.662003 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1973  ribonuclease H  46.88 
 
 		 148 aa  147  5e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002772  ribonuclease HI  46.79 
 
 		 154 aa  147  5e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.720035  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1723  ribonuclease H  48.34 
 
 		 148 aa  147  5e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.991139 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3467  ribonuclease H  48.34 
 
 		 148 aa  147  5e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1733  ribonuclease H  49.33 
 
 		 148 aa  147  5e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0373271  normal  0.553934 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0529  ribonuclease H  45.57 
 
 		 153 aa  147  6e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1965  ribonuclease H  48.67 
 
 		 160 aa  147  6e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000316146  unclonable  0.00000002511 
 
 
-
 
NC_004310  BR0477  ribonuclease H  50.67 
 
 		 154 aa  147  7e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.307744  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0482  ribonuclease H  50.67 
 
 		 154 aa  147  7e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1009  Ribonuclease H  49.02 
 
 		 154 aa  147  7e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.636789  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4749  ribonuclease H  50.67 
 
 		 155 aa  147  8e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1826  ribonuclease H  47.74 
 
 		 156 aa  147  8e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3481  ribonuclease H  50.67 
 
 		 148 aa  147  8e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1513  ribonuclease H  48.67 
 
 		 151 aa  146  9e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0955  ribonuclease H  45.57 
 
 		 150 aa  146  9e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41060  ribonuclease H  50.67 
 
 		 148 aa  146  9e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00207  ribonuclease H  49.02 
 
 		 155 aa  146  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.851229  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3394  Ribonuclease H  49.02 
 
 		 155 aa  146  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.770336  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0225  ribonuclease H  49.02 
 
 		 155 aa  146  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.367892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0227  ribonuclease H  49.02 
 
 		 155 aa  146  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0209104  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0209  ribonuclease H  49.02 
 
 		 155 aa  146  1.0000000000000001e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2208  ribonuclease H  49.33 
 
 		 145 aa  146  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000168272  normal  0.227693 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3451  ribonuclease H  49.02 
 
 		 155 aa  146  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.453001  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00212  hypothetical protein  49.02 
 
 		 155 aa  146  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.92679  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1881  ribonuclease H  48.72 
 
 		 156 aa  146  1.0000000000000001e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.025157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0219  ribonuclease H  49.02 
 
 		 155 aa  146  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.523494  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29600  ribonuclease H  48.67 
 
 		 152 aa  145  2.0000000000000003e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.891548  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1464  ribonuclease H  48.03 
 
 		 149 aa  145  2.0000000000000003e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1479  RNase HI  47.47 
 
 		 151 aa  145  2.0000000000000003e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00461786  normal  0.20485 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1829  Ribonuclease H  45.51 
 
 		 163 aa  145  2.0000000000000003e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1258  ribonuclease H  48.67 
 
 		 153 aa  145  2.0000000000000003e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2189  ribonuclease H  49.33 
 
 		 145 aa  145  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02389  ribonuclease H  47.1 
 
 		 156 aa  144  3e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.197834  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0748  ribonuclease H  49.02 
 
 		 155 aa  145  3e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.533393  normal  0.237365 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4076  ribonuclease H  48 
 
 		 153 aa  145  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.621887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0219  ribonuclease H  48.37 
 
 		 155 aa  144  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00237232  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1585  ribonuclease H  45.28 
 
 		 149 aa  144  6e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.272644  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0593  ribonuclease H  46.71 
 
 		 155 aa  144  6e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2839  Ribonuclease H  46.41 
 
 		 154 aa  144  7.0000000000000006e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3712  ribonuclease HI  47.02 
 
 		 150 aa  143  8.000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0350909  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1763  ribonuclease H  47.02 
 
 		 150 aa  143  8.000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.890131 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3136  ribonuclease H  48.37 
 
 		 154 aa  143  8.000000000000001e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.46528  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3617  ribonuclease H  48.67 
 
 		 155 aa  143  8.000000000000001e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.919158  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>