76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0114 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0114  TfoX domain-containing protein  100 
 
 		 134 aa  264  2.9999999999999995e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0317949 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3292  regulator of competence-specific genes-like protein  49.58 
 
 		 132 aa  108  3e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.254917  normal  0.429483 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0665  TfoX-like  43.07 
 
 		 171 aa  100  9e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.917152  normal  0.475374 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0173  TfoX-like protein  47.22 
 
 		 120 aa  99  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.301491  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0216  TfoX, N-terminal  44.34 
 
 		 120 aa  97.1  8e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4881  TfoX domain-containing protein  48.18 
 
 		 131 aa  97.1  9e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.834076 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0262  TfoX domain-containing protein  50 
 
 		 140 aa  96.7  9e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.249575  normal  0.24244 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1864  TfoX-like protein  50.54 
 
 		 108 aa  89.4  2e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.726376  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1480  TfoX domain-containing protein  41 
 
 		 105 aa  82.8  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322278  hitchhiker  0.00610766 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0251  TfoX domain protein  40.59 
 
 		 203 aa  82  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0240  TfoX-like  41.58 
 
 		 192 aa  82  0.000000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3659  TfoX domain protein  39.22 
 
 		 155 aa  81.6  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3336  TfoX domain protein  39.22 
 
 		 152 aa  80.9  0.000000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0262  TfoX domain protein  39.6 
 
 		 206 aa  80.1  0.000000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.578078  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0090  hypothetical protein  39.72 
 
 		 152 aa  77.4  0.00000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2248  TfoX domain-containing protein  37.27 
 
 		 118 aa  77  0.00000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0809165  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2425  hypothetical protein  40 
 
 		 114 aa  75.9  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.244936  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2526  TfoX-like  38.46 
 
 		 109 aa  72  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00440124  normal  0.308445 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4760  TfoX domain-containing protein  39.76 
 
 		 124 aa  70.1  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0022197 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1698  TfoX domain protein  39.47 
 
 		 128 aa  69.7  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.263995  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1915  TfoX domain protein  38.38 
 
 		 106 aa  68.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.950644 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2122  TfoX domain protein  38 
 
 		 105 aa  69.3  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00485097 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01580  hypothetical protein  27.48 
 
 		 196 aa  68.2  0.00000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4340  TfoX domain-containing protein  34.71 
 
 		 145 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.910947  hitchhiker  0.000361795 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1982  putative DNA transformation protein TfoX  31.67 
 
 		 195 aa  67  0.00000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.42956  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1325  hypothetical protein  31.53 
 
 		 195 aa  66.2  0.0000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0134682  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0108  TfoX domain protein  36.19 
 
 		 126 aa  65.9  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1774  TfoX-like  39.81 
 
 		 107 aa  65.9  0.0000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.831209  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2987  TfoX-like  35.71 
 
 		 133 aa  64.7  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0478922 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003942  DNA transformation protein TfoX  27.87 
 
 		 187 aa  64.3  0.0000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0165  TfoX domain-containing protein  35.19 
 
 		 110 aa  64.3  0.0000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3972  hypothetical protein  35.71 
 
 		 182 aa  63.9  0.0000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.129557  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6335  TfoX, N-terminal  32.69 
 
 		 138 aa  63.5  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0689  TfoX domain-containing protein  45.56 
 
 		 86 aa  62.8  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.795745 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0216  TfoX domain-containing protein  40.2 
 
 		 111 aa  62  0.000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.286393  normal  0.086439 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4857  TfoX domain-containing protein  35.05 
 
 		 141 aa  62  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.854535  normal  0.0129035 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3705  TfoX domain-containing protein  29.13 
 
 		 133 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0594494  normal  0.816377 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0969  TfoX domain-containing protein  34.34 
 
 		 122 aa  60.1  0.000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2219  TfoX, N-terminal  34.02 
 
 		 122 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0345909  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0877  TfoX domain-containing protein  34.02 
 
 		 122 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.95504  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0060  hypothetical protein  34.02 
 
 		 122 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.306589  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0837  hypothetical protein  34.02 
 
 		 122 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4493  hypothetical protein  32.98 
 
 		 126 aa  59.3  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2753  TfoX domain protein  31.82 
 
 		 168 aa  58.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.150667  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1758  TfoX domain-containing protein  34.02 
 
 		 121 aa  58.9  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0784  TfoX-like protein  34.41 
 
 		 349 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0751484  normal  0.199976 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4877  TfoX, N-terminal  29.2 
 
 		 118 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.311955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5377  TfoX domain-containing protein  33.68 
 
 		 223 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0365386  normal  0.0696502 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3457  TfoX-like  33.68 
 
 		 219 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0944213  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4909  TfoX domain-containing protein  33.68 
 
 		 219 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.613988 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00970  hypothetical protein  25.47 
 
 		 209 aa  46.2  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000688807  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2159  TfoX family protein  25.47 
 
 		 209 aa  46.2  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000143241  normal  0.451422 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2637  regulator of competence-specific genes  25.47 
 
 		 209 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00582565  hitchhiker  0.000000482749 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2684  regulator of competence-specific genes  25.47 
 
 		 209 aa  46.2  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000124441  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1075  TfoX family protein  25.47 
 
 		 209 aa  46.2  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000055454  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1068  TfoX family protein  25.47 
 
 		 209 aa  46.2  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000144107  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1058  TfoX domain-containing protein  31.63 
 
 		 111 aa  46.6  0.0001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00963  hypothetical protein  25.47 
 
 		 209 aa  46.2  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000316322  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1124  TfoX family protein  25.47 
 
 		 209 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000094765  normal  0.380229 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0847  TfoX domain protein  27.91 
 
 		 120 aa  45.8  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6391  TfoX domain-containing protein  33.33 
 
 		 107 aa  44.3  0.0005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1437  TfoX-like  33.33 
 
 		 107 aa  44.3  0.0005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.636984  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7055  TfoX domain-containing protein  38 
 
 		 107 aa  44.3  0.0006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.845485  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2696  regulator of competence-specific genes  25.71 
 
 		 208 aa  43.5  0.0009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000067417  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1245  TfoX domain-containing protein  31.63 
 
 		 109 aa  43.5  0.0009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5704  TfoX domain-containing protein  35.19 
 
 		 120 aa  42.4  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6951  TfoX-like protein  36.21 
 
 		 107 aa  42.7  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.430219  normal  0.473379 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3473  regulator of competence-specific genes  31.58 
 
 		 217 aa  42.7  0.002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003753  DNA transformation protein TfoX  24.47 
 
 		 195 aa  42.4  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1211  regulator of competence-specific genes  25.23 
 
 		 209 aa  42.4  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000136601  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1030  TfoX domain protein  28.85 
 
 		 110 aa  41.6  0.004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2628  regulator of competence-specific genes  30.36 
 
 		 211 aa  40.8  0.007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000928932  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3201  hypothetical protein  30.36 
 
 		 211 aa  40.8  0.007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000064968  hitchhiker  0.00612838 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2539  DNA transformation protein tfoX  30.36 
 
 		 211 aa  40.8  0.007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000195264  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2207  hypothetical protein  29.13 
 
 		 121 aa  40.4  0.009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.357305  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2547  regulator of competence-specific genes  27.17 
 
 		 206 aa  40  0.01  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000620558  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>