More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_1484 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_1484  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  100 
 
 
486 aa  957    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.317235 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18000  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG, TIGR01125  62.82 
 
 
526 aa  590  1e-167  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0111281  normal  0.369508 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2319  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  66.32 
 
 
480 aa  587  1e-166  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.200937  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3306  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  63.87 
 
 
484 aa  573  1.0000000000000001e-162  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.434461  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25170  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG, TIGR01125  62.86 
 
 
480 aa  566  1e-160  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0795  hypothetical protein  61.41 
 
 
483 aa  560  1e-158  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7848  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  60.19 
 
 
529 aa  556  1e-157  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.329972 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0651  RNA modification enzyme, MiaB family  62.21 
 
 
480 aa  550  1e-155  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.455802  normal  0.358579 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4262  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  61.49 
 
 
479 aa  550  1e-155  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.132815  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1095  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  60.67 
 
 
473 aa  551  1e-155  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0866637 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2173  RNA modification enzyme, MiaB-family  61.39 
 
 
469 aa  548  1e-154  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1396  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  59.32 
 
 
507 aa  538  9.999999999999999e-153  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.718016 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3939  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  60.08 
 
 
475 aa  528  1e-149  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1354  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  58.95 
 
 
507 aa  528  1e-149  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00027921 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5800  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  62.39 
 
 
469 aa  526  1e-148  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.740165  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2807  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  60 
 
 
485 aa  516  1.0000000000000001e-145  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00000000125377  hitchhiker  0.0000111604 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3540  hypothetical protein  57.17 
 
 
523 aa  506  9.999999999999999e-143  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.309547  normal  0.223285 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1499  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  57.41 
 
 
475 aa  498  1e-140  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.549888  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1205  RNA modification protein  54.93 
 
 
595 aa  493  9.999999999999999e-139  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00267373  normal  0.652733 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0547  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  52.21 
 
 
474 aa  459  9.999999999999999e-129  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.028203  decreased coverage  0.00348537 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11970  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.04 
 
 
442 aa  317  4e-85  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000060077  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3124  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.1 
 
 
442 aa  297  3e-79  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000009336  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3110  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.03 
 
 
446 aa  294  3e-78  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000143108  normal  0.954122 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2455  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.07 
 
 
440 aa  291  2e-77  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000298883  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2144  hypothetical protein  34.94 
 
 
504 aa  291  2e-77  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0983  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.15 
 
 
440 aa  291  3e-77  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000730864  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01161  Fe-S oxidoreductase  34.58 
 
 
462 aa  284  2.0000000000000002e-75  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.924562 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0100  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.03 
 
 
469 aa  284  3.0000000000000004e-75  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0256489  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0111  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.82 
 
 
469 aa  283  4.0000000000000003e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0678  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.4 
 
 
446 aa  283  4.0000000000000003e-75  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000258003  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1926  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.89 
 
 
444 aa  283  5.000000000000001e-75  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.587814  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1647  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.1 
 
 
445 aa  281  1e-74  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.26 
 
 
470 aa  282  1e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.199384 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0735  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.66 
 
 
463 aa  281  2e-74  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.512918  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0093  hypothetical protein  37.05 
 
 
483 aa  281  2e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3205  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.21 
 
 
447 aa  280  3e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.112948  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02161  Fe-S oxidoreductase  36.98 
 
 
472 aa  280  3e-74  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.38 
 
 
450 aa  280  4e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000316014  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.61 
 
 
453 aa  279  9e-74  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000162674  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2337  hypothetical protein  38.11 
 
 
458 aa  278  1e-73  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.587976  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1929  putative tRNA modifying protein  33.64 
 
 
445 aa  278  1e-73  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1671  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.44 
 
 
487 aa  278  2e-73  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.813765  normal  0.219751 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1262  2-methylthioadenine synthetase  31.49 
 
 
439 aa  276  6e-73  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.467346  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1025  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.99 
 
 
433 aa  275  9e-73  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.813856  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1467  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  31.63 
 
 
444 aa  275  1.0000000000000001e-72  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.369998  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1074  hypothetical protein  37.23 
 
 
432 aa  274  3e-72  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0353  hypothetical protein  36.81 
 
 
466 aa  273  7e-72  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1630  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32 
 
 
436 aa  273  7e-72  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0566409  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3231  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.73 
 
 
440 aa  271  1e-71  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.12995  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3199  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.98 
 
 
449 aa  271  2e-71  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13538  putative Fe-S oxidoreductase  31.96 
 
 
435 aa  269  8.999999999999999e-71  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.505425  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0653  2-methylthioadenine synthetase  31.88 
 
 
437 aa  268  1e-70  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.835098  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5359  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.24 
 
 
437 aa  268  1e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3205  hypothetical protein  34.46 
 
 
445 aa  267  2e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000023464  hitchhiker  3.0015199999999995e-20 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_26767  predicted protein  35.74 
 
 
450 aa  268  2e-70  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.071035 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0377  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.76 
 
 
450 aa  266  4e-70  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0716  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.57 
 
 
448 aa  266  4e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000599844  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3525  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  31.37 
 
 
444 aa  266  8e-70  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0618  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.82 
 
 
448 aa  266  8.999999999999999e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000754849  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3568  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.82 
 
 
471 aa  265  2e-69  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.78 
 
 
437 aa  264  3e-69  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0588845  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0443  MiaB family RNA modification protein  32.7 
 
 
440 aa  264  3e-69  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0865  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  31.71 
 
 
440 aa  263  4e-69  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0318613  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0632  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.03 
 
 
448 aa  262  8e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.3058599999999997e-35 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0641  hypothetical protein  33.97 
 
 
440 aa  262  1e-68  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.170936 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0106  hypothetical protein  31.79 
 
 
471 aa  261  1e-68  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2498  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.11 
 
 
486 aa  262  1e-68  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.620801  normal  0.98842 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3733  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.47 
 
 
441 aa  259  7e-68  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0655484 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1155  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.64 
 
 
427 aa  258  1e-67  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0957  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.7 
 
 
430 aa  258  1e-67  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00162656  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07500  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG, TIGR01125  34.4 
 
 
477 aa  258  1e-67  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0247514  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0935  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.24 
 
 
430 aa  258  2e-67  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000136513  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1288  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.25 
 
 
431 aa  258  2e-67  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0034  2-methylthioadenine synthetase  34.18 
 
 
455 aa  257  3e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0470  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.49 
 
 
438 aa  257  3e-67  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3605  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.78 
 
 
436 aa  255  1.0000000000000001e-66  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.757621 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1585  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.84 
 
 
444 aa  255  1.0000000000000001e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.678841  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3092  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  31.88 
 
 
435 aa  254  2.0000000000000002e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.949904  normal  0.038543 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01171  Fe-S oxidoreductase  30.95 
 
 
454 aa  254  2.0000000000000002e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.72418  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10700  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG, TIGR01125  36.15 
 
 
446 aa  254  2.0000000000000002e-66  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.00016615  unclonable  0.00000000172933 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01181  Fe-S oxidoreductase  31.5 
 
 
454 aa  254  2.0000000000000002e-66  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.681569  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0675  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  30.43 
 
 
430 aa  254  3e-66  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00122823  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01141  Fe-S oxidoreductase  30.87 
 
 
454 aa  253  6e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0435  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  31.06 
 
 
436 aa  252  1e-65  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1695  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  34.21 
 
 
453 aa  251  3e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.184719  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1405  hypothetical protein  32.84 
 
 
440 aa  251  3e-65  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.248691 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1488  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  34.33 
 
 
468 aa  249  6e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.517417  normal  0.112156 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1722  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  34.35 
 
 
453 aa  249  6e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1807  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  34.01 
 
 
453 aa  249  8e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.580296 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0783  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.92 
 
 
468 aa  249  1e-64  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00978925  normal  0.109874 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0531  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.71 
 
 
472 aa  248  1e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.680198  normal  0.538373 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2259  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  33.94 
 
 
463 aa  248  2e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.017952  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0078  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  30.15 
 
 
435 aa  248  2e-64  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.68199  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6297  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  34.55 
 
 
453 aa  248  2e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1782  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  34.55 
 
 
453 aa  248  2e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.339702  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5082  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  34.01 
 
 
453 aa  247  4e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1621  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.33 
 
 
455 aa  246  6.999999999999999e-64  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0278587  hitchhiker  0.00000000647105 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1318  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  33.13 
 
 
463 aa  246  9e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0862922  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1078  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  33.13 
 
 
463 aa  246  9e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.678525  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0089  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  33.13 
 
 
463 aa  246  9e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>