67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_1001 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_1001  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 295 aa  600  1e-170  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0077  xylose isomerase domain-containing protein  67.86 
 
 		 281 aa  384  1e-106  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0835  xylose isomerase domain-containing protein  67.86 
 
 		 281 aa  384  1e-106  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.279878  normal  0.572466 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0679  xylose isomerase domain-containing protein  66.43 
 
 		 281 aa  372  1e-102  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.419765 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0666  xylose isomerase-like TIM barrel  66.43 
 
 		 281 aa  372  1e-102  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0659  xylose isomerase domain-containing protein  66.43 
 
 		 281 aa  372  1e-102  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.748247 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10507  hypothetical protein  67.86 
 
 		 280 aa  372  1e-102  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0480257  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0658  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  65.58 
 
 		 280 aa  368  1e-101  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6746  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  57.14 
 
 		 272 aa  297  2e-79  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.249045  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02720  sugar phosphate isomerase/epimerase  55.96 
 
 		 266 aa  292  5e-78  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3410  xylose isomerase domain-containing protein  51.08 
 
 		 272 aa  275  9e-73  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.498178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6143  xylose isomerase domain-containing protein  49.64 
 
 		 288 aa  268  1e-70  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.536999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0473  xylose isomerase-like  48.74 
 
 		 308 aa  266  2.9999999999999995e-70  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.715311 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9139  Sugar phosphate isomerase/epimerase-like protein  49.64 
 
 		 270 aa  266  4e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8356  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  53.21 
 
 		 305 aa  263  2e-69  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4928  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  51.62 
 
 		 268 aa  263  2e-69  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4464  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  48.1 
 
 		 294 aa  259  4e-68  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17470  sugar phosphate isomerase/epimerase  50 
 
 		 325 aa  257  2e-67  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.105049  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0340  xylose isomerase domain-containing protein  48.75 
 
 		 302 aa  253  3e-66  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2709  hypothetical protein  46.45 
 
 		 305 aa  251  1e-65  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.320407  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0407  xylose isomerase domain-containing protein  49.1 
 
 		 295 aa  250  2e-65  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00296839 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00570  sugar phosphate isomerase/epimerase  47.02 
 
 		 294 aa  248  8e-65  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.170304 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5758  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  48.92 
 
 		 263 aa  247  1e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.625631  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0476  xylose isomerase domain-containing protein  47.43 
 
 		 262 aa  245  6.999999999999999e-64  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5002  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  46.07 
 
 		 312 aa  242  6e-63  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0821356  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3200  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  46.4 
 
 		 287 aa  229  5e-59  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.278083  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0249  xylose isomerase domain-containing protein  44.73 
 
 		 265 aa  228  1e-58  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.273491  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24530  sugar phosphate isomerase/epimerase  48.53 
 
 		 261 aa  224  1e-57  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.482145  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0185  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  41.91 
 
 		 284 aa  216  4e-55  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3351  xylose isomerase domain-containing protein  43.46 
 
 		 278 aa  211  1e-53  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0853412  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18060  sugar phosphate isomerase/epimerase  43.84 
 
 		 295 aa  211  1e-53  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0975  xylose isomerase domain-containing protein  29.07 
 
 		 269 aa  85.1  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000320481  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2906  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.77 
 
 		 291 aa  78.2  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0516  hypothetical protein  27.18 
 
 		 263 aa  73.2  0.000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0218037  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2704  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.64 
 
 		 263 aa  70.9  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000134824 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1512  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.64 
 
 		 263 aa  70.9  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3029  xylose isomerase-like TIM barrel  26.12 
 
 		 265 aa  64.3  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.599496  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03175  hypothetical protein  22.39 
 
 		 276 aa  62.4  0.000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3568  fructoselysine 3-epimerase  22.39 
 
 		 276 aa  62.4  0.000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0340  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.39 
 
 		 276 aa  62.4  0.000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03223  predicted isomerase  22.39 
 
 		 276 aa  62.4  0.000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0340  fructoselysine 3-epimerase  22.39 
 
 		 276 aa  62  0.00000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.452792 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3842  fructoselysine 3-epimerase  22.39 
 
 		 276 aa  62  0.00000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4684  fructoselysine 3-epimerase  22.39 
 
 		 275 aa  62  0.00000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3750  fructoselysine 3-epimerase  22.39 
 
 		 276 aa  62  0.00000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238004  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5989  xylose isomerase domain-containing protein  29.19 
 
 		 312 aa  61.2  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.63499  normal  0.171061 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0863  xylose isomerase domain-containing protein  21.05 
 
 		 268 aa  57.8  0.0000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.780816  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1121  xylose isomerase domain-containing protein  21.89 
 
 		 268 aa  55.5  0.000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2524  xylose isomerase domain-containing protein  28.42 
 
 		 287 aa  47.4  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1555  xylose isomerase domain-containing protein  25.82 
 
 		 257 aa  47.4  0.0003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.123696  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1257  xylose isomerase domain-containing protein  19.86 
 
 		 264 aa  47  0.0004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.666664  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3333  Myo-inosose-2 dehydratase  23.24 
 
 		 296 aa  46.6  0.0005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4048  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33 
 
 		 286 aa  46.2  0.0007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0086  myo-inositol catabolism protein IolE  24.03 
 
 		 297 aa  46.2  0.0007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3010  xylose isomerase-like TIM barrel  21.34 
 
 		 281 aa  45.8  0.0008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0303  myo-inositol catabolism protein  27.73 
 
 		 298 aa  45.4  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1458  xylose isomerase domain-containing protein  35.71 
 
 		 255 aa  45.4  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.931629 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1978  xylose isomerase domain-containing protein  23.78 
 
 		 274 aa  45.4  0.001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3498  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  29.03 
 
 		 248 aa  45.4  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.503466  hitchhiker  0.000525778 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2531  putative IolE protein  26.15 
 
 		 298 aa  43.9  0.003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.32551e-17 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1649  AP endonuclease  20.89 
 
 		 262 aa  44.3  0.003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00681404  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1980  xylose isomerase domain-containing protein  28.77 
 
 		 274 aa  44.3  0.003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1892  xylose isomerase domain-containing protein  24.24 
 
 		 275 aa  43.5  0.004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.230832 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3944  AP endonuclease  42.25 
 
 		 285 aa  42.7  0.008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0718494  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl333  endonuclease IV  25.79 
 
 		 293 aa  42.4  0.008  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000144036  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2255  myo-inositol catabolism protein  26.05 
 
 		 298 aa  42.4  0.009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1133  Myo-inosose-2 dehydratase  28.85 
 
 		 305 aa  42.4  0.009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.459716  normal  0.18483 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>