More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_2953 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_2953  pseudouridine synthase  100 
 
 		 293 aa  597  1e-170  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1330  pseudouridine synthase  91.81 
 
 		 293 aa  551  1e-156  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0166738  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0257  pseudouridine synthase  61.43 
 
 		 293 aa  373  1e-102  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0319588  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1531  pseudouridine synthase  50.17 
 
 		 303 aa  287  2e-76  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.216028 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0519  pseudouridine synthase  46.29 
 
 		 305 aa  271  8.000000000000001e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3557  pseudouridine synthase  44.13 
 
 		 326 aa  270  1e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.656396  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38090  putative pseudouridylate synthase  51.08 
 
 		 300 aa  267  1e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0112741 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1895  pseudouridine synthase  48.18 
 
 		 302 aa  264  1e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1453  pseudouridine synthase  48.96 
 
 		 293 aa  263  3e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0549  pseudouridine synthase  43.49 
 
 		 312 aa  262  4e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3244  RNA pseudouridine synthase family protein  51.46 
 
 		 275 aa  261  6.999999999999999e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0572  pseudouridine synthase  43.1 
 
 		 306 aa  260  2e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3881  pseudouridine synthase  45.55 
 
 		 305 aa  259  3e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.792189  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0445  pseudouridine synthase  44.88 
 
 		 303 aa  259  4e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0418  pseudouridine synthase  46.32 
 
 		 308 aa  259  4e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3712  pseudouridine synthase  45.68 
 
 		 305 aa  259  4e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0433  pseudouridine synthase  44.84 
 
 		 305 aa  258  9e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0459  pseudouridine synthase  44.88 
 
 		 305 aa  258  1e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4738  pseudouridine synthase  46.55 
 
 		 303 aa  256  2e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0506  pseudouridine synthase  45.1 
 
 		 309 aa  256  3e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.95991 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2133  pseudouridine synthase  49.28 
 
 		 313 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.112549  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2906  pseudouridine synthase  46.5 
 
 		 303 aa  254  2.0000000000000002e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.932753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4073  pseudouridine synthase  42.33 
 
 		 312 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3537  pseudouridine synthase  44.68 
 
 		 308 aa  252  4.0000000000000004e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.966501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0482  pseudouridine synthase  43.42 
 
 		 312 aa  251  7e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2937  pseudouridine synthase  46.94 
 
 		 302 aa  247  1e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.519419  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2349  RNA pseudouridine synthase family protein  48.38 
 
 		 296 aa  246  4e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.189292  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3348  pseudouridine synthase  41.67 
 
 		 313 aa  246  4e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0242654 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2674  pseudouridine synthase  45.22 
 
 		 307 aa  245  6e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0930515 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20160  RNA pseudouridine synthase family protein  50.55 
 
 		 301 aa  245  6.999999999999999e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3964  pseudouridine synthase  49.27 
 
 		 297 aa  242  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4251  pseudouridine synthase  44.67 
 
 		 305 aa  235  7e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00270285  normal  0.0267319 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1652  pseudouridine synthase  47.39 
 
 		 294 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.192086  normal  0.562298 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3629  pseudouridine synthase  47.04 
 
 		 301 aa  232  7.000000000000001e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1777  pseudouridine synthase  44.48 
 
 		 304 aa  231  8.000000000000001e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2605  pseudouridine synthase  44.22 
 
 		 314 aa  228  1e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.602447 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1629  pseudouridine synthase  46.69 
 
 		 294 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.876181  normal  0.456368 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1623  pseudouridine synthase  46.89 
 
 		 292 aa  224  9e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449518  normal  0.260522 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1212  pseudouridine synthase  43.2 
 
 		 299 aa  223  2e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.415796  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0745  pseudouridine synthase  39.8 
 
 		 326 aa  221  9.999999999999999e-57  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0617  pseudouridine synthase  39.79 
 
 		 314 aa  217  1e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4309  pseudouridine synthase  42.7 
 
 		 310 aa  215  5.9999999999999996e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  40.14 
 
 		 303 aa  191  9e-48  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.727795 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0639  pseudouridine synthase  38.95 
 
 		 362 aa  186  4e-46  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.898355 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03250  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  34.48 
 
 		 348 aa  184  1.0000000000000001e-45  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.243016  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02575  pseudouridylate synthase  46.34 
 
 		 206 aa  182  5.0000000000000004e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5332  pseudouridine synthase  36.93 
 
 		 302 aa  178  1e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.776192  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4011  pseudouridine synthase  40.3 
 
 		 305 aa  174  9.999999999999999e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0554  pseudouridine synthase  37.31 
 
 		 299 aa  172  5e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13329  hypothetical protein  39.34 
 
 		 305 aa  172  5e-42  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4820  pseudouridine synthase  36.65 
 
 		 286 aa  169  6e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0140866 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1621  pseudouridine synthase  36.25 
 
 		 285 aa  167  2e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0153149 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1278  pseudouridine synthase  37.85 
 
 		 287 aa  162  6e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.175088 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0672  pseudouridine synthase  34.78 
 
 		 309 aa  158  1e-37  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.526087  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3559  pseudouridine synthase  34.12 
 
 		 304 aa  158  1e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1251  pseudouridine synthase  37.05 
 
 		 287 aa  157  2e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.375028  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1268  pseudouridine synthase  37.05 
 
 		 287 aa  157  2e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0431  pseudouridine synthase  35.51 
 
 		 317 aa  152  7e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.344664  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  34.35 
 
 		 305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0932  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  36.59 
 
 		 254 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08910  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  32.86 
 
 		 316 aa  124  2e-27  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.267328  normal  0.027473 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4020  pseudouridine synthase, RluA family  27.37 
 
 		 306 aa  105  6e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3978  pseudouridine synthase, RluA family  27.37 
 
 		 306 aa  105  9e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2426  pseudouridine synthase  32.78 
 
 		 315 aa  103  3e-21  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.181942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3242  pseudouridine synthase, RluA family  26.07 
 
 		 303 aa  96.7  4e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.341693  normal  0.607359 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0318  RluA  25.27 
 
 		 299 aa  96.3  6e-19  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.264747  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2226  pseudouridine synthase, RluD  27.24 
 
 		 301 aa  93.6  3e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5191  pseudouridine synthase, RluA family  25.96 
 
 		 308 aa  91.3  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000721787 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3699  pseudouridine synthase, RluA family  27.53 
 
 		 345 aa  87.4  2e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2969  pseudouridine synthase, RluA family  27.04 
 
 		 623 aa  87.8  2e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  32.52 
 
 		 211 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  32.04 
 
 		 211 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2804  pseudouridylate synthase  34.11 
 
 		 215 aa  87  4e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.257511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4330  pseudouridine synthase  34.25 
 
 		 245 aa  86.7  5e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697869 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2882  RluA family pseudouridine synthase  25.32 
 
 		 300 aa  86.3  6e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.51797 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2989  pseudouridine synthase  31.75 
 
 		 548 aa  85.5  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0155  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 215 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.62363 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1506  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 215 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2195  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 213 aa  83.6  0.000000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.372254 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1281  pseudouridine synthase  31.07 
 
 		 211 aa  82.8  0.000000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.147193  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2148  pseudouridine synthase  25.52 
 
 		 216 aa  82.4  0.000000000000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf515  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  25.56 
 
 		 298 aa  81.6  0.00000000000001  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  33.14 
 
 		 264 aa  82  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_27171  pseudouridine synthase  26.77 
 
 		 338 aa  81.3  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1610  pseudouridine synthase  30.77 
 
 		 211 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00911925  normal  0.237577 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2106  pseudouridine synthase  28.99 
 
 		 315 aa  80.9  0.00000000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3623  pseudouridine synthase, RluA family  30.53 
 
 		 297 aa  81.3  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1442  pseudouridylate synthase  30.66 
 
 		 223 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.81175  normal  0.0720615 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  25.8 
 
 		 303 aa  80.5  0.00000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_10250  predicted protein  29.41 
 
 		 243 aa  80.5  0.00000000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0592029  normal  0.114227 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3557  pseudouridine synthase, RluA family  30.53 
 
 		 297 aa  80.9  0.00000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1430  pseudouridine synthase  30.81 
 
 		 223 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  28.37 
 
 		 311 aa  80.1  0.00000000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1751  pseudouridine synthase  28.23 
 
 		 219 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0485075  normal  0.0112767 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1649  RluA family pseudouridine synthase  24.76 
 
 		 297 aa  80.1  0.00000000000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0655  pseudouridine synthase  30.22 
 
 		 241 aa  80.1  0.00000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10472  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  29.19 
 
 		 217 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1377  pseudouridylate synthase  30.33 
 
 		 223 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000802724 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.16 
 
 		 330 aa  79.7  0.00000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.397176 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1879  pseudouridine synthase RluA  31.37 
 
 		 211 aa  79  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>