More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_1113 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_1358  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  73.99 
 
 		 477 aa  705    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.849318 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1478  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  75.58 
 
 		 486 aa  729    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.333411  normal  0.827202 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18560  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  73.39 
 
 		 479 aa  692    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.242112  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1573  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  72.84 
 
 		 493 aa  689    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.488131  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3215  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  73.35 
 
 		 477 aa  714    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.056695  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4227  isopropylmalate isomerase large subunit  75.64 
 
 		 481 aa  721    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.888543 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8018  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  78.28 
 
 		 459 aa  749    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0626  isopropylmalate isomerase large subunit  76.56 
 
 		 465 aa  751    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1149  isopropylmalate isomerase large subunit  73.57 
 
 		 481 aa  712    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000597548 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2848  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  70.91 
 
 		 481 aa  681    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08740  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  74.36 
 
 		 484 aa  712    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.000460564  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8049  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  75.97 
 
 		 468 aa  716    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.200463  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11100  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  74.89 
 
 		 479 aa  717    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13003  isopropylmalate isomerase large subunit  74.14 
 
 		 473 aa  705    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3463  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  79.78 
 
 		 465 aa  769    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0762821  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0194  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  71.55 
 
 		 469 aa  690    Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3621  isopropylmalate isomerase large subunit  88.17 
 
 		 465 aa  804    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.766514 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6006  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  76.82 
 
 		 472 aa  717    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0519027  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4999  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  73.38 
 
 		 470 aa  706    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.653294  normal  0.386887 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4053  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  77.42 
 
 		 474 aa  743    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09060  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  75.7 
 
 		 471 aa  726    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.918212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1113  isopropylmalate isomerase large subunit  100 
 
 		 465 aa  935    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.681996  normal  0.828695 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2316  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  74.03 
 
 		 487 aa  704    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000114053 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1258  isopropylmalate isomerase large subunit  73.36 
 
 		 481 aa  708    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.55744  normal  0.382246 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2357  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  74.03 
 
 		 517 aa  703    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2802  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  76.56 
 
 		 462 aa  728    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0861644  normal  0.228539 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1921  isopropylmalate isomerase large subunit  74.79 
 
 		 481 aa  715    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0278  isopropylmalate isomerase large subunit  69.33 
 
 		 469 aa  680    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2256  isopropylmalate isomerase large subunit  71.28 
 
 		 484 aa  696    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000783708 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1596  isopropylmalate isomerase large subunit  68.52 
 
 		 467 aa  638    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2519  isopropylmalate isomerase large subunit  70.43 
 
 		 484 aa  689    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.252815  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1591  isopropylmalate isomerase large subunit  79.53 
 
 		 473 aa  752    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.777227 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3298  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  73.33 
 
 		 471 aa  717    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.405916  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1967  isopropylmalate isomerase large subunit  74.79 
 
 		 481 aa  715    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1901  isopropylmalate isomerase large subunit  74.79 
 
 		 481 aa  716    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.918864 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2135  isopropylmalate isomerase large subunit  75.43 
 
 		 481 aa  722    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0185  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  77.42 
 
 		 468 aa  733    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.08009  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1534  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  68.67 
 
 		 468 aa  618  1e-176  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.706683  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1189  isopropylmalate isomerase large subunit  65.72 
 
 		 472 aa  617  1e-175  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.672672  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3567  isopropylmalate isomerase large subunit  62.47 
 
 		 477 aa  611  9.999999999999999e-175  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00074  isopropylmalate isomerase large subunit  63.83 
 
 		 466 aa  607  9.999999999999999e-173  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3526  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  63.83 
 
 		 466 aa  607  9.999999999999999e-173  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0861  isopropylmalate isomerase large subunit  62.14 
 
 		 471 aa  605  9.999999999999999e-173  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0077  isopropylmalate isomerase large subunit  63.83 
 
 		 466 aa  607  9.999999999999999e-173  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.387894 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00073  hypothetical protein  63.83 
 
 		 466 aa  607  9.999999999999999e-173  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0066  isopropylmalate isomerase large subunit  63.83 
 
 		 466 aa  607  9.999999999999999e-173  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3585  isopropylmalate isomerase large subunit  63.62 
 
 		 466 aa  607  9.999999999999999e-173  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000478946 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0077  isopropylmalate isomerase large subunit  63.62 
 
 		 466 aa  607  9.999999999999999e-173  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2916  isopropylmalate isomerase large subunit  65.72 
 
 		 470 aa  607  9.999999999999999e-173  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0075  isopropylmalate isomerase large subunit  63.62 
 
 		 466 aa  603  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0079  isopropylmalate isomerase large subunit  63.62 
 
 		 466 aa  603  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2149  isopropylmalate isomerase large subunit  64.52 
 
 		 466 aa  603  1.0000000000000001e-171  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.754808  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4441  isopropylmalate isomerase large subunit  62.28 
 
 		 471 aa  602  1.0000000000000001e-171  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2065  isopropylmalate isomerase large subunit  67.03 
 
 		 470 aa  600  1e-170  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0127  isopropylmalate isomerase large subunit  63.4 
 
 		 466 aa  598  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0127  isopropylmalate isomerase large subunit  63.4 
 
 		 466 aa  598  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.03719 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0120  isopropylmalate isomerase large subunit  63.4 
 
 		 466 aa  598  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0592  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  62.31 
 
 		 466 aa  598  1e-170  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2591  isopropylmalate isomerase large subunit  61.71 
 
 		 471 aa  595  1e-169  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00933091  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0122  isopropylmalate isomerase large subunit  63.4 
 
 		 466 aa  597  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.924094  normal  0.160243 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0620  isopropylmalate isomerase large subunit  62.96 
 
 		 466 aa  595  1e-169  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.135441 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1961  isopropylmalate isomerase large subunit  62.58 
 
 		 474 aa  595  1e-169  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3797  isopropylmalate isomerase large subunit  61.87 
 
 		 466 aa  597  1e-169  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3609  isopropylmalate isomerase large subunit  62.09 
 
 		 466 aa  597  1e-169  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1549  isopropylmalate isomerase large subunit  62.53 
 
 		 472 aa  596  1e-169  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.269438  normal  0.14031 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0123  isopropylmalate isomerase large subunit  63.4 
 
 		 466 aa  597  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.610682  normal  0.713431 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1423  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  62.42 
 
 		 473 aa  592  1e-168  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4757  isopropylmalate isomerase large subunit  65.22 
 
 		 469 aa  592  1e-168  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3407  isopropylmalate isomerase large subunit  61.93 
 
 		 476 aa  594  1e-168  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3537  isopropylmalate isomerase large subunit  61.93 
 
 		 476 aa  594  1e-168  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4355  isopropylmalate isomerase large subunit  65.22 
 
 		 480 aa  592  1e-168  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2938  isopropylmalate isomerase large subunit  61.93 
 
 		 476 aa  594  1e-168  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001658  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  62.09 
 
 		 466 aa  591  1e-168  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00815  isopropylmalate isomerase large subunit  61.44 
 
 		 466 aa  589  1e-167  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3280  isopropylmalate isomerase large subunit  63.76 
 
 		 467 aa  585  1e-166  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.215534  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2785  isopropylmalate isomerase large subunit  63.38 
 
 		 468 aa  586  1e-166  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.378068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0764  isopropylmalate isomerase large subunit  64.13 
 
 		 470 aa  587  1e-166  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.266094 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1834  isopropylmalate isomerase large subunit  63.76 
 
 		 469 aa  582  1.0000000000000001e-165  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.538456  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1906  isopropylmalate isomerase large subunit  63.76 
 
 		 469 aa  582  1.0000000000000001e-165  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.276241  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3550  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  62.47 
 
 		 456 aa  583  1.0000000000000001e-165  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3586  isopropylmalate isomerase large subunit  61.27 
 
 		 474 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1245  isopropylmalate isomerase large subunit  63.93 
 
 		 470 aa  582  1.0000000000000001e-165  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.923179  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0743  isopropylmalate isomerase large subunit  61.3 
 
 		 466 aa  583  1.0000000000000001e-165  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3759  isopropylmalate isomerase large subunit  61.27 
 
 		 474 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.134544 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1343  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  62.61 
 
 		 470 aa  578  1e-164  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.444862 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0504  isopropylmalate isomerase large subunit  63.38 
 
 		 470 aa  578  1e-164  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4273  isopropylmalate isomerase large subunit  63.89 
 
 		 477 aa  579  1e-164  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0370  isopropylmalate isomerase large subunit  61.32 
 
 		 474 aa  580  1e-164  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4879  isopropylmalate isomerase large subunit  63.46 
 
 		 469 aa  579  1e-164  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.29662  normal  0.101077 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0630  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  60.78 
 
 		 466 aa  578  1e-164  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0337  isopropylmalate isomerase large subunit  61 
 
 		 470 aa  579  1e-164  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.301995  normal  0.508758 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4234  isopropylmalate isomerase large subunit  60.61 
 
 		 474 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1922  isopropylmalate isomerase large subunit  64.29 
 
 		 467 aa  575  1.0000000000000001e-163  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2935  isopropylmalate isomerase large subunit  62.39 
 
 		 469 aa  576  1.0000000000000001e-163  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0348  isopropylmalate isomerase large subunit  63.38 
 
 		 470 aa  577  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0390  isopropylmalate isomerase large subunit  61.09 
 
 		 469 aa  577  1.0000000000000001e-163  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0422  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  59.91 
 
 		 471 aa  574  1.0000000000000001e-163  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0695199 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1812  isopropylmalate isomerase large subunit  63.4 
 
 		 466 aa  577  1.0000000000000001e-163  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.364535  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0387  isopropylmalate isomerase large subunit  60.39 
 
 		 468 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1565  isopropylmalate isomerase large subunit  61.54 
 
 		 472 aa  576  1.0000000000000001e-163  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.046679  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>