More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_0988 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008751  Dvul_0988  Holliday junction DNA helicase RuvA  100 
 
 
202 aa  399  9.999999999999999e-111  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.127341 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3204  Holliday junction DNA helicase RuvA  81.82 
 
 
202 aa  311  4.999999999999999e-84  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.119098 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2323  Holliday junction DNA helicase RuvA  71.28 
 
 
201 aa  272  3e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.658563  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1268  Holliday junction DNA helicase RuvA  67.98 
 
 
204 aa  256  1e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.20539  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1746  Holliday junction DNA helicase RuvA  50.25 
 
 
204 aa  177  9e-44  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.357273  normal  0.827108 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3492  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.72 
 
 
198 aa  144  1e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1076  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.3 
 
 
199 aa  135  4e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.131842  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1661  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.35 
 
 
199 aa  129  3e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133352  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0745  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.81 
 
 
199 aa  124  7e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000883401  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0181  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.75 
 
 
202 aa  124  9e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.595877  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1110  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.31 
 
 
203 aa  121  8e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000255601  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4502  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.07 
 
 
198 aa  119  3e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1333  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.84 
 
 
203 aa  119  3.9999999999999996e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000329731  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1879  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.61 
 
 
193 aa  117  9.999999999999999e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000619466  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0994  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.05 
 
 
197 aa  116  1.9999999999999998e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.199668  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2204  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.63 
 
 
201 aa  115  3e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1915  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.15 
 
 
201 aa  116  3e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1414  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.32 
 
 
199 aa  115  3.9999999999999997e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000662939  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2337  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.3 
 
 
197 aa  115  5e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.194735  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1409  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.71 
 
 
202 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.103613  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2720  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.69 
 
 
197 aa  114  1.0000000000000001e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2301  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.5 
 
 
197 aa  114  1.0000000000000001e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0477  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  37.56 
 
 
204 aa  114  1.0000000000000001e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00171  normal  0.61451 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4464  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.53 
 
 
196 aa  113  2.0000000000000002e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.623837 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0931  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.92 
 
 
199 aa  113  2.0000000000000002e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.97537e-17 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3315  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.42 
 
 
199 aa  113  2.0000000000000002e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1344  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  42.93 
 
 
196 aa  113  2.0000000000000002e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.151452  normal  0.533304 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2671  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.81 
 
 
198 aa  112  3e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.103257  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1226  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.5 
 
 
190 aa  112  4.0000000000000004e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3978  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.73 
 
 
202 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0282687  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1347  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.15 
 
 
199 aa  111  6e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119387  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1583  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.62 
 
 
193 aa  111  6e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.281985  normal  0.49857 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2386  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  40.87 
 
 
200 aa  111  6e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1797  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.09 
 
 
214 aa  110  1.0000000000000001e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00113537 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2235  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.98 
 
 
201 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4542  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.92 
 
 
201 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51790  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.92 
 
 
201 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000465402 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1112  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.31 
 
 
197 aa  110  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.810212  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0484  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.11 
 
 
193 aa  109  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1271  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.21 
 
 
202 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0682991  normal  0.630495 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1217  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.69 
 
 
200 aa  108  5e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.713526 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1216  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.88 
 
 
205 aa  108  6e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.210399  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2094  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  40.98 
 
 
202 aa  108  6e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1245  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.88 
 
 
205 aa  108  6e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.738267  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0616  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.79 
 
 
193 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.451043 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2140  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.6 
 
 
199 aa  108  7.000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.497203  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3345  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.29 
 
 
193 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00238137 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4202  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.88 
 
 
205 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173502  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4408  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.73 
 
 
202 aa  107  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0615399  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2353  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.3 
 
 
194 aa  107  1e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.547794 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2266  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.5 
 
 
196 aa  107  1e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2305  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.5 
 
 
196 aa  107  1e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.765847 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2313  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.5 
 
 
196 aa  107  1e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1363  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.76 
 
 
202 aa  107  1e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.245044  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0028  Holliday junction DNA helicase  37.1 
 
 
199 aa  106  2e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.591728 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6947  Holliday junction DNA helicase RuvA  35 
 
 
195 aa  105  3e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2213  DNA recombination protein, RuvA  38 
 
 
191 aa  106  3e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0140161 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1248  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.89 
 
 
200 aa  105  4e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2212  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.32 
 
 
204 aa  105  6e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2494  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.39 
 
 
208 aa  105  6e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3999  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.67 
 
 
205 aa  105  6e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0112  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.64 
 
 
201 aa  105  6e-22  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1453  Holliday junction DNA helicase RuvA  37 
 
 
187 aa  104  8e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.112528  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1631  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.56 
 
 
193 aa  104  8e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.229867  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1847  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  40.48 
 
 
206 aa  104  8e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0445343  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0150  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.31 
 
 
217 aa  104  8e-22  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12850  Holliday junction DNA helicase, RuvA subunit  40.11 
 
 
194 aa  104  9e-22  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07040  Holliday junction DNA helicase, RuvA subunit  36.32 
 
 
197 aa  104  9e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00385536  normal  0.295964 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1446  hypothetical protein  30.81 
 
 
194 aa  103  1e-21  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0838  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.1 
 
 
206 aa  103  1e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0758722  normal  0.104485 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0684  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.61 
 
 
207 aa  103  1e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.801169  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12320  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.22 
 
 
194 aa  103  2e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0731595  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0993  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.77 
 
 
197 aa  103  2e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.257053  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36700  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.18 
 
 
204 aa  103  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3831  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.02 
 
 
200 aa  103  2e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2189  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.89 
 
 
200 aa  102  3e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000251944  normal  0.355786 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0837  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.7 
 
 
209 aa  102  3e-21  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1652  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.33 
 
 
193 aa  102  3e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01557  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.87 
 
 
194 aa  102  4e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.214116  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0904  Holliday junction DNA helicase RuvA  30.3 
 
 
195 aa  102  4e-21  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1795  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.76 
 
 
202 aa  102  5e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.115786  normal  0.0993939 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1424  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.02 
 
 
210 aa  102  5e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000192016  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2574  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.64 
 
 
195 aa  102  6e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.334415  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1013  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.8 
 
 
197 aa  101  7e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1088  DNA recombination protein RuvA  36.79 
 
 
212 aa  101  7e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.153708  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2430  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.15 
 
 
203 aa  101  7e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0285195  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1010  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.86 
 
 
197 aa  101  8e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.806868  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1416  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.5 
 
 
220 aa  100  1e-20  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.685038 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0709  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.65 
 
 
207 aa  100  1e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0528487  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0952  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.86 
 
 
197 aa  100  1e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3772  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.17 
 
 
197 aa  100  1e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  unclonable  0.00000550538 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3236  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.29 
 
 
192 aa  100  1e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12890  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.54 
 
 
214 aa  100  1e-20  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.419715  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3400  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.5 
 
 
193 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2354  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.5 
 
 
193 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4062  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.82 
 
 
192 aa  100  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3406  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.5 
 
 
193 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1290  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.2 
 
 
205 aa  99.8  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4169  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.5 
 
 
205 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.337452  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0267  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.5 
 
 
193 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>