More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2598 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_2598  binding-protein-dependent transport system permease  100 
 
 
312 aa  598  1e-170  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.020314 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2408  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.07 
 
 
316 aa  218  1e-55  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.25 
 
 
316 aa  203  3e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0350  nickel ABC transporter, permease subunit NikB  38.49 
 
 
310 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.13 
 
 
312 aa  198  1.0000000000000001e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2276  nickel transporter permease NikB  38.1 
 
 
314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.293593  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4610  oligopeptide ABC transporter, permease protein  37.1 
 
 
306 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4233  oligopeptide transport, system permease  37.1 
 
 
306 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4245  oligopeptide ABC transporter, permease  37.1 
 
 
306 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4392  oligopeptide ABC transporter permease  37.77 
 
 
306 aa  196  5.000000000000001e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4732  oligopeptide ABC transporter permease protein  37.77 
 
 
306 aa  196  5.000000000000001e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0803  nickel transporter permease NikB  36.52 
 
 
314 aa  195  8.000000000000001e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.226349  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0753  nickel transporter permease NikB  36.52 
 
 
314 aa  194  1e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.12 
 
 
306 aa  193  2e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.05 
 
 
311 aa  193  3e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.642024 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6467  putative oligopeptide ABC transporter (permease protein)  38.34 
 
 
309 aa  193  3e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1197  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.13 
 
 
313 aa  193  4e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2031  ABC transporter, permease protein  34.69 
 
 
313 aa  192  7e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.381274  normal  0.768388 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.16 
 
 
312 aa  191  1e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.794004  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3251  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  38.16 
 
 
312 aa  191  1e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.177339  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4215  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.17 
 
 
315 aa  191  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.19 
 
 
313 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35 
 
 
324 aa  190  2.9999999999999997e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.87 
 
 
313 aa  190  2.9999999999999997e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.78 
 
 
313 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.380096  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2404  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.1 
 
 
308 aa  189  5e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311261  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4538  peptide ABC transporter, permease protein  37.17 
 
 
315 aa  189  7e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.29 
 
 
320 aa  188  9e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0617346  normal  0.17443 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2003  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.83 
 
 
315 aa  188  9e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.872908 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00798  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  35 
 
 
306 aa  187  2e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.472093  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2811  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35 
 
 
306 aa  187  2e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0902  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  35 
 
 
306 aa  187  2e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00815  hypothetical protein  35 
 
 
306 aa  187  2e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.558182  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0856  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  35 
 
 
306 aa  187  2e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35 
 
 
306 aa  187  2e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0889  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  35 
 
 
306 aa  187  2e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.952014  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3774  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.33 
 
 
320 aa  186  3e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.542684  normal  0.67395 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0982  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  35 
 
 
306 aa  186  5e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6075  nickel transporter permease NikB  38.23 
 
 
319 aa  186  6e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.29 
 
 
313 aa  186  6e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0709141  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5256  putative ABC transporter (permease protein)  34.29 
 
 
313 aa  185  8e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.173409  normal  0.132635 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3004  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.19 
 
 
306 aa  185  1.0000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3675  oligopeptide ABC transporter, permease  34.46 
 
 
316 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0490538 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.97 
 
 
313 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.932563 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.99 
 
 
308 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1251  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.39 
 
 
313 aa  184  1.0000000000000001e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0714175 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.52 
 
 
306 aa  184  1.0000000000000001e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.740963 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3926  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.2 
 
 
313 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.18831  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2517  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  34.64 
 
 
306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.503163  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0980  glutathione ABC transporter permease  35 
 
 
306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0951  glutathione ABC transporter permease  35 
 
 
306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.258662  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0918  inner membrane ABC transporter permease protein YddR  35 
 
 
306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0891  glutathione ABC transporter, permease protein  35 
 
 
306 aa  183  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.976092  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1001  glutathione ABC transporter permease  35 
 
 
306 aa  183  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1492  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.55 
 
 
306 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34320  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  36.75 
 
 
316 aa  182  5.0000000000000004e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0646934 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.55 
 
 
306 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4049  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.68 
 
 
313 aa  182  5.0000000000000004e-45  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.49 
 
 
314 aa  182  5.0000000000000004e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.55 
 
 
306 aa  182  6e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.628351  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2854  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.07 
 
 
308 aa  182  6e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.87491 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1633  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.25 
 
 
318 aa  182  7e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0511  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.13 
 
 
314 aa  182  9.000000000000001e-45  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7614  nickel transporter permease NikB  36.18 
 
 
314 aa  181  2e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0980  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.5 
 
 
313 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0910692  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1224  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.29 
 
 
313 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2717  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36 
 
 
307 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00227736  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.9 
 
 
306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
312 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.736056  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.19 
 
 
334 aa  180  2.9999999999999997e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  30.49 
 
 
333 aa  179  4e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0270  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.16 
 
 
321 aa  179  4.999999999999999e-44  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.350596  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1289  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.44 
 
 
335 aa  179  4.999999999999999e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.205321  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.47 
 
 
334 aa  179  5.999999999999999e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2575  peptide ABC transporter, permease protein  34.43 
 
 
305 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.29 
 
 
313 aa  179  5.999999999999999e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00112579 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.42 
 
 
335 aa  179  5.999999999999999e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.07 
 
 
306 aa  178  8e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.532863  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0231  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.71 
 
 
318 aa  178  8e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3392  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.99 
 
 
322 aa  178  1e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.99 
 
 
322 aa  178  1e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0476049  normal  0.20897 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.99 
 
 
322 aa  178  1e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.414511 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.76 
 
 
307 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.525141  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0470  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.1 
 
 
321 aa  177  2e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.166437  normal  0.409342 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1381  transmembrane ABC transporter protein  33.22 
 
 
307 aa  177  3e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.796345  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2266  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.1 
 
 
305 aa  177  3e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0437136  normal  0.510815 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.87 
 
 
313 aa  176  3e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.76 
 
 
307 aa  177  3e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.237541  normal  0.589028 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0719  hypothetical protein  31.79 
 
 
316 aa  177  3e-43  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.870853 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
306 aa  176  6e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5121  putative ABC transporter permease protein  36.82 
 
 
298 aa  176  6e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.31259  normal  0.407731 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7327  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  32.58 
 
 
306 aa  175  7e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2591  ABC transporter permease  32.6 
 
 
326 aa  175  8e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.140744 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4733  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.12 
 
 
305 aa  175  8e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.587247  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0183  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.54 
 
 
329 aa  175  9.999999999999999e-43  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.43 
 
 
316 aa  174  9.999999999999999e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.137804  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2209  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.3 
 
 
313 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.459958  normal  0.0393248 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4200  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.66 
 
 
315 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.58 
 
 
306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.14841  normal  0.0482429 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.43 
 
 
318 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.823001  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>