More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2566 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0901  transketolase, central region  54.12 
 
 		 763 aa  768    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.542357 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2633  hypothetical protein  50.82 
 
 		 745 aa  722    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2503  hypothetical protein  50.89 
 
 		 745 aa  721    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2156  transketolase central region  49.93 
 
 		 790 aa  643    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1294  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  69.7 
 
 		 727 aa  996    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1035  transketolase central region  51.55 
 
 		 747 aa  741    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2954  transketolase, central region  69.97 
 
 		 727 aa  1008    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.998903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1045  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  54.42 
 
 		 738 aa  761    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3017  transketolase, central region  54.2 
 
 		 761 aa  771    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2962  transketolase, central region  59.56 
 
 		 733 aa  828    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0290304  normal  0.0965541 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2566  putative bifunctional enzyme  100 
 
 		 743 aa  1508    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.0000104347  hitchhiker  0.000000000000144647 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2727  transketolase, central region  70.25 
 
 		 727 aa  1014    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.556431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3884  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  56.38 
 
 		 735 aa  776    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2795  transketolase, central region  55.46 
 
 		 761 aa  756    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6420  2-oxoisovalerate dehydrogenase  47.51 
 
 		 736 aa  619  1e-176  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00562183 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1956  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  49.28 
 
 		 721 aa  617  1e-175  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.224438 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1976  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  49.35 
 
 		 687 aa  614  9.999999999999999e-175  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.611209  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2022  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  49.28 
 
 		 721 aa  613  9.999999999999999e-175  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.556137  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3610  transketolase domain-containing protein  45.76 
 
 		 805 aa  592  1e-167  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00103993 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2640  Transketolase domain protein  45.33 
 
 		 759 aa  585  1.0000000000000001e-165  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.144952  normal  0.326174 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3370  transketolase domain-containing protein  45.15 
 
 		 792 aa  577  1.0000000000000001e-163  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1786  dehydrogenase, E1 component  30.15 
 
 		 736 aa  243  1e-62  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0991  dehydrogenase E1 component  29.7 
 
 		 710 aa  205  2e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.892178  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0762  transketolase domain-containing protein  28.77 
 
 		 692 aa  195  3e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.744175  normal  0.211672 
 
 
-
 
NC_002620  TC0618  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, alpha and beta subunit  27.79 
 
 		 678 aa  189  1e-46  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05225  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, alpha and beta subunit  27.38 
 
 		 688 aa  180  8e-44  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.737912  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3123  transketolase domain-containing protein  28.93 
 
 		 701 aa  173  1e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00523599 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4110  transketolase domain-containing protein  27.97 
 
 		 692 aa  172  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1486  dehydrogenase E1 component  26.54 
 
 		 657 aa  169  2e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.004553  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1549  Transketolase domain protein  27.4 
 
 		 709 aa  167  9e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0587  dehydrogenase E1 component  26.84 
 
 		 680 aa  163  9e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0808  dehydrogenase E1 component  26.18 
 
 		 659 aa  159  2e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.222813  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3049  transketolase, central region  28.72 
 
 		 617 aa  157  5.0000000000000005e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3160  Transketolase central region  33.33 
 
 		 325 aa  157  8e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2793  pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) E1 component, alpha subunit  25.98 
 
 		 702 aa  156  1e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1604  transketolase, central region  29.02 
 
 		 693 aa  151  4e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.167534  normal  0.217565 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0094  Transketolase central region  33.43 
 
 		 328 aa  150  8e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4020  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  30.43 
 
 		 325 aa  149  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3882  pyruvate dehydrogenase complex E1 component subunit beta  30.43 
 
 		 325 aa  149  1.0000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.519915  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3714  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  30.43 
 
 		 325 aa  149  1.0000000000000001e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3730  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  30.43 
 
 		 325 aa  149  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4090  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  30.43 
 
 		 325 aa  149  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000784297  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4183  pyruvate dehydrogenase complex E1 component subunit beta  30.43 
 
 		 325 aa  149  1.0000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3986  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  30.43 
 
 		 325 aa  149  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3854  dehydrogenase E1 component  26.06 
 
 		 706 aa  149  2.0000000000000003e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.886533  normal  0.152539 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3318  Transketolase central region  30.75 
 
 		 320 aa  149  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1166  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  30.43 
 
 		 325 aa  148  3e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.655374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3798  transketolase central region  30.22 
 
 		 325 aa  147  5e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.11122  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1538  Transketolase central region  26.37 
 
 		 681 aa  147  5e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.244278  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4074  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  28.97 
 
 		 325 aa  146  2e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.170303  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0329  acetoin dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  30.91 
 
 		 326 aa  145  3e-33  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2416  transketolase, central region  34.28 
 
 		 327 aa  144  4e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488652 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3377  Transketolase central region  33.43 
 
 		 326 aa  144  5e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.442122  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1833  Transketolase central region  30.34 
 
 		 325 aa  143  9.999999999999999e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2673  transketolase central region  29.81 
 
 		 325 aa  143  9.999999999999999e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000190408  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3242  Transketolase central region  30.88 
 
 		 339 aa  143  9.999999999999999e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0939038  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1176  transketolase domain-containing protein  30.14 
 
 		 325 aa  142  1.9999999999999998e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.210987  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1826  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  33.44 
 
 		 324 aa  142  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.22068  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0953  Transketolase central region  30.03 
 
 		 325 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10943  putative oxidoreductase  24.59 
 
 		 668 aa  142  1.9999999999999998e-32  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.345452  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1154  transketolase domain-containing protein  30.14 
 
 		 325 aa  142  1.9999999999999998e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.113033  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2034  transketolase domain protein  33.44 
 
 		 324 aa  142  3e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.239382  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2104  Transketolase central region  33.44 
 
 		 324 aa  142  3e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.216578  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1135  Transketolase central region  31.29 
 
 		 324 aa  142  3e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.323286  normal  0.423895 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0826  Transketolase central region  31.44 
 
 		 327 aa  140  6e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.207974  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1188  transketolase, central region  30.27 
 
 		 322 aa  141  6e-32  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.489911  normal  0.0419885 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2144  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  31.49 
 
 		 341 aa  140  6e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.869205 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0681  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  30.43 
 
 		 325 aa  140  7e-32  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0824  Transketolase central region  31.74 
 
 		 326 aa  140  7e-32  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.862556  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3596  Transketolase central region  32.75 
 
 		 342 aa  140  7e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1994  transketolase central region  34.25 
 
 		 324 aa  140  7.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04530  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase component beta subunit  30.84 
 
 		 344 aa  140  1e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2321  Transketolase central region  31.54 
 
 		 324 aa  139  2e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0050  acetoin dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  32.45 
 
 		 326 aa  139  2e-31  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3038  transketolase central region  34.14 
 
 		 325 aa  139  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2827  transketolase central region  32.12 
 
 		 337 aa  137  6.0000000000000005e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0738  acetoin dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  31.19 
 
 		 326 aa  137  6.0000000000000005e-31  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0460  Transketolase central region  32.33 
 
 		 320 aa  137  9e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3062  transketolase central region  33.57 
 
 		 327 aa  137  9e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2487  transketolase  33.33 
 
 		 329 aa  136  9.999999999999999e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.511484  normal  0.976548 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1330  transketolase, central region  34.03 
 
 		 343 aa  136  9.999999999999999e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0296032  normal  0.157339 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1404  transketolase, central region  31.09 
 
 		 330 aa  136  1.9999999999999998e-30  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0127505 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6502  Transketolase central region  34.12 
 
 		 332 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.973138  normal  0.885428 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4386  Transketolase central region  33.78 
 
 		 332 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2596  dehydrogenase, E1 component  26.94 
 
 		 669 aa  135  3e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.817741  hitchhiker  0.000871115 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2652  Transketolase domain protein  25.36 
 
 		 730 aa  135  3.9999999999999996e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.815097  normal  0.176327 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0476  Transketolase central region  33.01 
 
 		 320 aa  134  3.9999999999999996e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000162173 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1975  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  32.13 
 
 		 351 aa  135  3.9999999999999996e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.230446  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1667  Transketolase central region  31.06 
 
 		 336 aa  135  3.9999999999999996e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0566  dehydrogenase E1 component  28.36 
 
 		 666 aa  134  5e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1966  Transketolase central region  33.53 
 
 		 326 aa  134  6.999999999999999e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.390541  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2852  Transketolase central region  31.4 
 
 		 331 aa  133  1.0000000000000001e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0903  Transketolase central region  30.7 
 
 		 325 aa  133  1.0000000000000001e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.700297  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3108  transketolase, central region  32.02 
 
 		 326 aa  133  1.0000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0419  Transketolase central region  23.37 
 
 		 791 aa  133  1.0000000000000001e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0246116  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2304  Transketolase central region  30.29 
 
 		 327 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0675  Transketolase central region  34.41 
 
 		 327 aa  132  3e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.045738  normal  0.242923 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0266  Transketolase central region  30.04 
 
 		 327 aa  131  4.0000000000000003e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1608  transketolase central region  31.56 
 
 		 327 aa  131  4.0000000000000003e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1575  transketolase, central region  31.56 
 
 		 327 aa  131  4.0000000000000003e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>