More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_636 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013552  DhcVS_636  [Fe] hydrogenase, HymC subunit  100 
 
 
240 aa  493  9.999999999999999e-139  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.452884  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0730  [Fe] hydrogenase, HymC subunit, putative  86.7 
 
 
222 aa  391  1e-108  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.793468  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0845  ferredoxin  37.9 
 
 
272 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0485504  normal  0.303699 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1275  ferredoxin  37.35 
 
 
270 aa  172  3.9999999999999995e-42  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.593332 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1700  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  39.33 
 
 
247 aa  165  5e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2079  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  44.44 
 
 
218 aa  157  2e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000108627  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0865  hydrogenase subunit HymC, putative  43.89 
 
 
197 aa  152  2.9999999999999998e-36  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_768  hydrogenase subunit, ferredoxin-like protein  43.89 
 
 
197 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1451  ferredoxin  43.33 
 
 
212 aa  149  3e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.340001  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0783  ferredoxin  43.33 
 
 
197 aa  149  5e-35  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2803  ferredoxin  42.78 
 
 
214 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.497639 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0472  ferredoxin  35 
 
 
240 aa  144  8.000000000000001e-34  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00592357  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0156  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.76 
 
 
898 aa  143  3e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24680  NADH:ubiquinone oxidoreductase chain G-like protein  36.78 
 
 
251 aa  140  9.999999999999999e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0785  NADH dehydrogenase I chain G  36.84 
 
 
353 aa  130  2.0000000000000002e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0334  NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G, iron-sulphur binding protein  37.13 
 
 
826 aa  129  3e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0386  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.27 
 
 
917 aa  128  1.0000000000000001e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.118073  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1888  ferredoxin  36.54 
 
 
307 aa  126  3e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2793  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  37.32 
 
 
240 aa  125  8.000000000000001e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.30068  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3504  ferredoxin  36.67 
 
 
312 aa  124  1e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3507  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.41 
 
 
893 aa  123  2e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1856  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  33.61 
 
 
351 aa  123  3e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1398  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.84 
 
 
893 aa  122  4e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2714  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  36.19 
 
 
239 aa  122  4e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0167  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.84 
 
 
886 aa  122  6e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0530728  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1029  NADH dehydrogenase I chain G  37.44 
 
 
358 aa  121  9e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0835  anaerobic dehydrogenase  35.16 
 
 
305 aa  120  9.999999999999999e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1831  NADH dehydrogenase I chain G  35.62 
 
 
363 aa  120  1.9999999999999998e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3509  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.72 
 
 
905 aa  120  1.9999999999999998e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.434543  normal  0.526227 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0172  hydrogenase, Fe-only  37.8 
 
 
573 aa  119  3e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2705  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  35.07 
 
 
355 aa  120  3e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.223751 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3503  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.58 
 
 
900 aa  119  4.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1717  Iron hydrogenase, small subunit  35.89 
 
 
573 aa  118  7e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.118526  normal  0.410336 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0344  NADH dehydrogenase I, G subunit, putative  34.15 
 
 
826 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3777  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site  36.32 
 
 
310 aa  117  9.999999999999999e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000710786  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1490  hydrogenases, Fe-only  36.59 
 
 
601 aa  117  9.999999999999999e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4657  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  35.61 
 
 
238 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3541  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  37.56 
 
 
235 aa  117  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1783  hydrogenase, Fe-only  36.84 
 
 
583 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2232  hydrogenase, Fe-only  35.41 
 
 
582 aa  117  1.9999999999999998e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01810  NADH dehydrogenase I subunit G  33.5 
 
 
666 aa  117  1.9999999999999998e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000616939  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3190  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.1 
 
 
924 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.523924  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1651  hydrogenases, Fe-only  35.35 
 
 
593 aa  116  3e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.556328  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2720  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  33.81 
 
 
238 aa  116  3.9999999999999997e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0097  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  37.25 
 
 
238 aa  115  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1111  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  36.97 
 
 
238 aa  115  3.9999999999999997e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.592876  normal  0.501453 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0094  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  37.25 
 
 
238 aa  115  5e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.604003 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0100  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.41 
 
 
893 aa  115  6.9999999999999995e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000102152  hitchhiker  0.000000000000206048 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3132  molybdopterin oxidoreductase  33.66 
 
 
815 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1282  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.62 
 
 
933 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.402771 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2513  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.83 
 
 
927 aa  113  2.0000000000000002e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0190469  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0255  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.42 
 
 
952 aa  113  3e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0971632  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0030  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  33.18 
 
 
359 aa  113  3e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00062453  normal  0.73393 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0844  hydrogenases, Fe-only  32.23 
 
 
576 aa  113  3e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0342  hydrogenase, Fe-only  35.71 
 
 
582 aa  112  4.0000000000000004e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1366  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  36.27 
 
 
235 aa  112  4.0000000000000004e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2312  formate dehydrogenase subunit alpha  34.26 
 
 
899 aa  112  4.0000000000000004e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0941024  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4113  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.54 
 
 
901 aa  112  4.0000000000000004e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.163208  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4164  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  35.27 
 
 
238 aa  112  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0839  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.33 
 
 
946 aa  112  6e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.331727  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2138  hydrogenase, Fe-only  36.84 
 
 
581 aa  111  9e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000865974  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2058  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.7 
 
 
967 aa  111  1.0000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.896651  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0805  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.96 
 
 
948 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.624345  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8358  formate dehydrogenase, alpha subunit  37 
 
 
988 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0150  hydrogenase, Fe-only  35.35 
 
 
585 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5226  formate dehydrogenase, alpha subunit  37 
 
 
988 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.24763  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1299  hydrogenase, Fe-only  33.79 
 
 
579 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.130328  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0724  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.96 
 
 
948 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.696908  normal  0.792249 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2303  hydrogenase, Fe-only  33.49 
 
 
562 aa  110  2.0000000000000002e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0236  hydrogenase, Fe-only  32.86 
 
 
586 aa  110  2.0000000000000002e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.660897  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2478  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  35.29 
 
 
235 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0927823  normal  0.689692 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2576  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.7 
 
 
925 aa  110  3e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0623  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.02 
 
 
948 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.816724  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1809  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.52 
 
 
960 aa  109  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.550904  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25280  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.42 
 
 
911 aa  108  5e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0556633 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3479  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.05 
 
 
946 aa  109  5e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.389807 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1708  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.81 
 
 
959 aa  108  6e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0720  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.81 
 
 
949 aa  108  6e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4238  molybdopterin oxidoreductase  34.15 
 
 
828 aa  108  7.000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1601  hydrogenase, Fe-only  34.3 
 
 
582 aa  108  8.000000000000001e-23  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3266  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.5 
 
 
988 aa  108  9.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.271284  normal  0.20027 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1654  hydrogenases, Fe-only  34.8 
 
 
659 aa  108  1e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.357121  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4998  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.41 
 
 
953 aa  108  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.217845  hitchhiker  0.000835215 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0997  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.51 
 
 
953 aa  107  1e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1337  hydrogenase, Fe-only  35.35 
 
 
590 aa  107  1e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1309  NADH-quinone oxidoreductase, chain G  34.8 
 
 
788 aa  107  1e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2897  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.15 
 
 
959 aa  107  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.30865  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3925  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.49 
 
 
959 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.287134  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1622  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.75 
 
 
984 aa  107  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.437101  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3639  molybdopterin oxidoreductase  35.17 
 
 
843 aa  107  2e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.424964  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4051  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  35.1 
 
 
238 aa  107  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0848168 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3656  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.24 
 
 
948 aa  106  3e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.480327 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0990  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.59 
 
 
951 aa  106  3e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2856  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.96 
 
 
959 aa  106  3e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1473  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.13 
 
 
947 aa  105  4e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0442327  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0147  [Fe] hydrogenase, large subunit HymC, putative  34.78 
 
 
573 aa  105  5e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2185  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.86 
 
 
960 aa  105  5e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.602321  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0224  hydrogenase, Fe-only  35.27 
 
 
573 aa  105  5e-22  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3636  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.04 
 
 
959 aa  105  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.234983 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3926  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.98 
 
 
924 aa  105  6e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>