More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_768 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013552  DhcVS_768  hydrogenase subunit, ferredoxin-like protein  100 
 
 		 197 aa  404  1.0000000000000001e-112  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0865  hydrogenase subunit HymC, putative  95.94 
 
 		 197 aa  393  1e-108  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0783  ferredoxin  91.88 
 
 		 197 aa  375  1e-103  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1451  ferredoxin  54.45 
 
 		 212 aa  236  2e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.340001  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2079  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  54.82 
 
 		 218 aa  233  9e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000108627  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2803  ferredoxin  52.88 
 
 		 214 aa  230  8.000000000000001e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.497639 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_636  [Fe] hydrogenase, HymC subunit  43.89 
 
 		 240 aa  153  2e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.452884  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0730  [Fe] hydrogenase, HymC subunit, putative  42.54 
 
 		 222 aa  151  5e-36  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.793468  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0845  ferredoxin  37.63 
 
 		 272 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0485504  normal  0.303699 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0472  ferredoxin  40.66 
 
 		 240 aa  129  2.0000000000000002e-29  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00592357  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1275  ferredoxin  37.3 
 
 		 270 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.593332 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0156  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.32 
 
 		 898 aa  124  6e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0344  NADH dehydrogenase I, G subunit, putative  34.17 
 
 		 826 aa  120  9.999999999999999e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1700  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  37.99 
 
 		 247 aa  120  9.999999999999999e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2714  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  33.97 
 
 		 239 aa  120  9.999999999999999e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3509  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.19 
 
 		 905 aa  118  3.9999999999999996e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.434543  normal  0.526227 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0030  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  33.03 
 
 		 359 aa  117  9e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00062453  normal  0.73393 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1029  NADH dehydrogenase I chain G  34.45 
 
 		 358 aa  117  9.999999999999999e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3132  molybdopterin oxidoreductase  31.22 
 
 		 815 aa  115  3e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2705  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  33.17 
 
 		 355 aa  116  3e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.223751 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0386  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.99 
 
 		 917 aa  115  3.9999999999999997e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.118073  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1831  NADH dehydrogenase I chain G  34.63 
 
 		 363 aa  115  3.9999999999999997e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1538  molybdopterin oxidoreductase  30.73 
 
 		 879 aa  114  8.999999999999998e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1309  NADH-quinone oxidoreductase, chain G  35.15 
 
 		 788 aa  114  1.0000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0334  NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G, iron-sulphur binding protein  33.48 
 
 		 826 aa  113  1.0000000000000001e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0172  hydrogenase, Fe-only  34.62 
 
 		 573 aa  113  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0100  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.35 
 
 		 893 aa  113  2.0000000000000002e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000102152  hitchhiker  0.000000000000206048 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0255  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.49 
 
 		 952 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0971632  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2383  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.27 
 
 		 959 aa  112  4.0000000000000004e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24680  NADH:ubiquinone oxidoreductase chain G-like protein  37.3 
 
 		 251 aa  111  6e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3639  molybdopterin oxidoreductase  32.2 
 
 		 843 aa  111  7.000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.424964  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4998  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.96 
 
 		 953 aa  111  7.000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.217845  hitchhiker  0.000835215 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0844  hydrogenases, Fe-only  33.17 
 
 		 576 aa  111  7.000000000000001e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1654  hydrogenases, Fe-only  31.4 
 
 		 659 aa  110  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.357121  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3220  NADH dehydrogenase subunit G  35.86 
 
 		 680 aa  110  1.0000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3334  NADH dehydrogenase subunit G  35.18 
 
 		 689 aa  110  1.0000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.318541 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0224  hydrogenase, Fe-only  32.37 
 
 		 573 aa  110  1.0000000000000001e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0927  NADH dehydrogenase subunit G  35.86 
 
 		 686 aa  110  1.0000000000000001e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0147  [Fe] hydrogenase, large subunit HymC, putative  32.37 
 
 		 573 aa  109  2.0000000000000002e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0618  NADH dehydrogenase subunit G  35 
 
 		 683 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0805  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.59 
 
 		 948 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.624345  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4238  molybdopterin oxidoreductase  34.5 
 
 		 828 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3829  hydrogenase, Fe-only  31.07 
 
 		 625 aa  109  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4869  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.49 
 
 		 950 aa  108  3e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0187329 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_155  [Fe] hydrogenase, Hym C subunit  31.88 
 
 		 573 aa  109  3e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4406  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.02 
 
 		 950 aa  108  3e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0623  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.59 
 
 		 948 aa  109  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.816724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0785  NADH dehydrogenase I chain G  31.78 
 
 		 353 aa  108  7.000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4657  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  33.82 
 
 		 238 aa  107  8.000000000000001e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2152  molybdopterin oxidoreductase  31.68 
 
 		 880 aa  107  9.000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4914  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.08 
 
 		 950 aa  107  1e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.263268 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3777  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site  32.27 
 
 		 310 aa  107  1e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000710786  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3022  Fe(III) reductase, alpha subunit  33.17 
 
 		 831 aa  107  1e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1888  ferredoxin  31.08 
 
 		 307 aa  107  1e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1299  hydrogenase, Fe-only  33.97 
 
 		 579 aa  107  1e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.130328  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0509  Fe(III) reductase, alpha subunit  32.68 
 
 		 844 aa  106  2e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0152  hydrogenase, Fe-only  33.79 
 
 		 580 aa  106  2e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3019  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.37 
 
 		 957 aa  106  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1149  hydrogenase, Fe-only  30.22 
 
 		 569 aa  106  2e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000253121  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3349  NADH dehydrogenase I, G subunit, putative  33.67 
 
 		 828 aa  107  2e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.407234  normal  0.217544 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1717  Iron hydrogenase, small subunit  33.5 
 
 		 573 aa  106  2e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.118526  normal  0.410336 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2897  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.19 
 
 		 959 aa  106  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.30865  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02980  NADH dehydrogenase I subunit G  29.95 
 
 		 570 aa  107  2e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3190  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.47 
 
 		 924 aa  106  3e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.523924  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4097  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.03 
 
 		 959 aa  105  3e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3023  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.01 
 
 		 982 aa  105  4e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0162015  normal  0.0152175 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_85822  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 78K chain precursor, 5-prime end  30.54 
 
 		 722 aa  105  4e-22  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.28905  normal  0.0501454 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0724  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.7 
 
 		 948 aa  105  4e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.696908  normal  0.792249 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1561  NADH dehydrogenase subunit G  34.34 
 
 		 689 aa  105  5e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3507  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.36 
 
 		 893 aa  105  5e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0727  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.01 
 
 		 979 aa  105  6e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0216931  normal  0.398444 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2232  hydrogenase, Fe-only  30.14 
 
 		 582 aa  105  6e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1622  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.52 
 
 		 984 aa  105  6e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.437101  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0180  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.01 
 
 		 984 aa  104  7e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0450  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.01 
 
 		 984 aa  104  7e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.858013  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2902  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.01 
 
 		 984 aa  104  7e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.679741  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3012  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  33.01 
 
 		 984 aa  104  7e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.467116  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1490  hydrogenases, Fe-only  30.45 
 
 		 601 aa  104  7e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2138  hydrogenase, Fe-only  31.25 
 
 		 581 aa  104  7e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000865974  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0967  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.01 
 
 		 984 aa  104  7e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2595  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.01 
 
 		 984 aa  104  7e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.619743  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0964  NAD-dependent formate dehydrogenase, alpha subunit  32.52 
 
 		 982 aa  104  7e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.133867  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2303  hydrogenase, Fe-only  29.72 
 
 		 562 aa  104  7e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2964  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.52 
 
 		 984 aa  104  8e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0389  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.84 
 
 		 944 aa  104  8e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0421  NADH dehydrogenase subunit G  35.03 
 
 		 683 aa  104  9e-22  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2793  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  34.93 
 
 		 240 aa  104  9e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.30068  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2720  bidirectional hydrogenase complex protein HoxU  30.67 
 
 		 238 aa  104  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1856  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  28.64 
 
 		 351 aa  103  1e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0087  hydrogenase, Fe-only  30.62 
 
 		 567 aa  103  2e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1282  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.37 
 
 		 933 aa  103  2e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.402771 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3089  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.48 
 
 		 959 aa  103  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.440267  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4004  molybdopterin oxidoreductase  31.71 
 
 		 821 aa  103  2e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.08061e-23 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0430  hydrogenase, Fe-only  32.02 
 
 		 566 aa  103  2e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.735126  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0895  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.55 
 
 		 983 aa  103  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.99873  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3920  molybdopterin oxidoreductase  31.71 
 
 		 821 aa  103  2e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.403816  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1398  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.59 
 
 		 893 aa  103  2e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0673  molybdopterin oxidoreductase  31.53 
 
 		 822 aa  102  3e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.01358e-20 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2366  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.04 
 
 		 983 aa  102  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.739285 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1601  hydrogenase, Fe-only  29.3 
 
 		 582 aa  102  3e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>