More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_1588 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_1588  tryptophan synthase subunit beta  100 
 
 		 396 aa  814    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00363039  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1741  tryptophan synthase subunit beta  77.26 
 
 		 394 aa  606  9.999999999999999e-173  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2467  tryptophan synthase subunit beta  75.77 
 
 		 395 aa  591  1e-168  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1535  tryptophan synthase subunit beta  73.2 
 
 		 390 aa  589  1e-167  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.442793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3479  tryptophan synthase subunit beta  69.77 
 
 		 387 aa  545  1e-154  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0124  tryptophan synthase subunit beta  64.25 
 
 		 401 aa  499  1e-140  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.95289 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1804  tryptophan synthase subunit beta  60.31 
 
 		 404 aa  468  1.0000000000000001e-131  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.603761  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1253  tryptophan synthase subunit beta  59.54 
 
 		 409 aa  466  9.999999999999999e-131  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.500519  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1334  tryptophan synthase, beta subunit  59.02 
 
 		 402 aa  461  1e-129  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.999699  normal  0.825059 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2495  tryptophan synthase subunit beta  60.05 
 
 		 405 aa  461  9.999999999999999e-129  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1727  tryptophan synthase subunit beta  59.02 
 
 		 399 aa  460  9.999999999999999e-129  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.476833  hitchhiker  0.00551797 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2069  tryptophan synthase subunit beta  59.02 
 
 		 399 aa  460  9.999999999999999e-129  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.166636  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2726  tryptophan synthase subunit beta  60.21 
 
 		 409 aa  459  9.999999999999999e-129  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.521455  normal  0.616105 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1394  tryptophan synthase subunit beta  59.95 
 
 		 392 aa  461  9.999999999999999e-129  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.0000000239329  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0215  tryptophan synthase subunit beta  58.82 
 
 		 391 aa  455  1e-127  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.735424 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2207  tryptophan synthase subunit beta  58.81 
 
 		 397 aa  452  1.0000000000000001e-126  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.823385  normal  0.0123051 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1656  tryptophan synthase subunit beta  55 
 
 		 394 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.483015  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0245  tryptophan synthase subunit beta  55.26 
 
 		 394 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1159  tryptophan synthase subunit beta  56.99 
 
 		 418 aa  453  1.0000000000000001e-126  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.445238  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1790  tryptophan synthase subunit beta  58.7 
 
 		 391 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1249  tryptophan synthase, beta subunit  59.37 
 
 		 409 aa  453  1.0000000000000001e-126  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1487  tryptophan synthase subunit beta  57.22 
 
 		 399 aa  448  1e-125  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0755  tryptophan synthase subunit beta  58.76 
 
 		 415 aa  450  1e-125  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000954006  normal  0.692308 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1914  tryptophan synthase subunit beta  58.67 
 
 		 399 aa  450  1e-125  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.148244  normal  0.536089 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0591  tryptophan synthase subunit beta  55 
 
 		 394 aa  451  1e-125  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.283769  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0223  tryptophan synthase subunit beta  58.9 
 
 		 388 aa  448  1e-125  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1277  tryptophan synthase subunit beta  57.22 
 
 		 399 aa  448  1e-125  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2003  tryptophan synthase subunit beta  58.29 
 
 		 396 aa  450  1e-125  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0803  tryptophan synthase subunit beta  56.27 
 
 		 401 aa  445  1.0000000000000001e-124  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.118728  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1337  tryptophan synthase subunit beta  58.95 
 
 		 401 aa  446  1.0000000000000001e-124  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.130625  normal  0.877655 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2833  tryptophan synthase subunit beta  57.96 
 
 		 395 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2302  tryptophan synthase subunit beta  58.03 
 
 		 396 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1257  tryptophan synthase beta chain  57.22 
 
 		 399 aa  446  1.0000000000000001e-124  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1211  tryptophan synthase subunit beta  58.25 
 
 		 396 aa  446  1.0000000000000001e-124  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1558  tryptophan synthase subunit beta  56.44 
 
 		 406 aa  446  1.0000000000000001e-124  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0328  tryptophan synthase subunit beta  54.21 
 
 		 394 aa  444  1e-123  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0810  tryptophan synthase subunit beta  58.4 
 
 		 406 aa  443  1e-123  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0020  tryptophan synthase subunit beta  57.62 
 
 		 406 aa  443  1e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4373  tryptophan synthase subunit beta  57.98 
 
 		 399 aa  444  1e-123  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1049  tryptophan synthase, beta subunit  58.96 
 
 		 402 aa  442  1e-123  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.644397  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1020  tryptophan synthase subunit beta  58.51 
 
 		 394 aa  443  1e-123  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1691  tryptophan synthase subunit beta  57.44 
 
 		 393 aa  442  1e-123  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01811  tryptophan synthase subunit beta  55.75 
 
 		 416 aa  443  1e-123  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0720607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11628  tryptophan synthase subunit beta  58.14 
 
 		 410 aa  441  1e-123  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.246172 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2042  tryptophan synthase subunit beta  57.71 
 
 		 403 aa  444  1e-123  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.104617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0787  tryptophan synthase subunit beta  60.11 
 
 		 389 aa  444  1e-123  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2079  tryptophan synthase subunit beta  56.41 
 
 		 403 aa  442  1e-123  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0063  tryptophan synthase subunit beta  56.85 
 
 		 414 aa  441  1e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1451  tryptophan synthase subunit beta  60.37 
 
 		 414 aa  443  1e-123  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0810  tryptophan synthase subunit beta  60.11 
 
 		 389 aa  444  1e-123  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0253  tryptophan synthase subunit beta  57.87 
 
 		 396 aa  442  1e-123  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.208201  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1771  tryptophan synthase subunit beta  59.27 
 
 		 410 aa  441  1e-123  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1291  tryptophan synthase subunit beta  56.52 
 
 		 397 aa  442  1e-123  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.632091  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02292  tryptophan synthase subunit beta  57.96 
 
 		 393 aa  442  1e-123  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01235  tryptophan synthase subunit beta  56.74 
 
 		 397 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2387  tryptophan synthase, beta subunit  56.74 
 
 		 397 aa  438  9.999999999999999e-123  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.532965  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2026  tryptophan synthase subunit beta  57.88 
 
 		 422 aa  438  9.999999999999999e-123  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00854562  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2110  tryptophan synthase subunit beta  58.14 
 
 		 406 aa  439  9.999999999999999e-123  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0459587  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1858  tryptophan synthase subunit beta  56.99 
 
 		 397 aa  440  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.389614 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2965  tryptophan synthase subunit beta  57.25 
 
 		 433 aa  439  9.999999999999999e-123  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0872098  normal  0.849318 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3954  tryptophan synthase subunit beta  57.11 
 
 		 406 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.291144  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01245  hypothetical protein  56.74 
 
 		 397 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1370  tryptophan synthase subunit beta  56.74 
 
 		 397 aa  438  9.999999999999999e-123  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0432  tryptophan synthase subunit beta  56.44 
 
 		 424 aa  438  9.999999999999999e-123  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2366  tryptophan synthase subunit beta  56.74 
 
 		 397 aa  438  9.999999999999999e-123  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.700104  hitchhiker  0.000000273648 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1602  tryptophan synthase subunit beta  56.99 
 
 		 397 aa  440  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0886138 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1911  tryptophan synthase subunit beta  56.7 
 
 		 413 aa  440  9.999999999999999e-123  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.124597 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0103  tryptophan synthase subunit beta  57.77 
 
 		 410 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0792  tryptophan synthase subunit beta  56.99 
 
 		 396 aa  440  9.999999999999999e-123  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00347207  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2054  tryptophan synthase, beta subunit  58.03 
 
 		 443 aa  439  9.999999999999999e-123  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.204444  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1893  tryptophan synthase subunit beta  56.74 
 
 		 397 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.964383  hitchhiker  0.00187983 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1853  tryptophan synthase subunit beta  56.99 
 
 		 397 aa  440  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0734118 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0467  tryptophan synthase subunit beta  56.7 
 
 		 424 aa  439  9.999999999999999e-123  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.826366 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2507  tryptophan synthase subunit beta  57.36 
 
 		 406 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.050152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1064  tryptophan synthase subunit beta  58.51 
 
 		 410 aa  438  9.999999999999999e-123  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1460  tryptophan synthase subunit beta  56.74 
 
 		 397 aa  438  9.999999999999999e-123  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00292681  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2671  tryptophan synthase subunit beta  57.51 
 
 		 396 aa  441  9.999999999999999e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000253614 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1936  tryptophan synthase subunit beta  58.03 
 
 		 396 aa  441  9.999999999999999e-123  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2176  tryptophan synthase subunit beta  58.03 
 
 		 396 aa  441  9.999999999999999e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1236  tryptophan synthase subunit beta  56.7 
 
 		 411 aa  440  9.999999999999999e-123  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.617865  normal  0.527603 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1186  tryptophan synthase subunit beta  58.42 
 
 		 394 aa  440  9.999999999999999e-123  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00284462  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1549  tryptophan synthase subunit beta  55.47 
 
 		 401 aa  439  9.999999999999999e-123  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1871  tryptophan synthase subunit beta  56.74 
 
 		 397 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000282354 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0755  tryptophan synthase subunit beta  56.51 
 
 		 414 aa  440  9.999999999999999e-123  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1916  tryptophan synthase subunit beta  56.99 
 
 		 397 aa  440  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000988826 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1420  tryptophan synthase subunit beta  56.99 
 
 		 397 aa  440  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1150  tryptophan synthase subunit beta  56.22 
 
 		 396 aa  435  1e-121  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3023  tryptophan synthase subunit beta  55.84 
 
 		 396 aa  436  1e-121  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2407  tryptophan synthase subunit beta  55.58 
 
 		 396 aa  437  1e-121  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0769  tryptophan synthase subunit beta  55.93 
 
 		 397 aa  435  1e-121  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2125  tryptophan synthase subunit beta  55.67 
 
 		 397 aa  436  1e-121  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.661691  decreased coverage  0.00480263 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1302  tryptophan synthase subunit beta  57.22 
 
 		 404 aa  437  1e-121  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.212962  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2726  tryptophan synthase subunit beta  55.32 
 
 		 396 aa  436  1e-121  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.93556  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0392  tryptophan synthase subunit beta  57.03 
 
 		 404 aa  437  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.491733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1698  tryptophan synthase subunit beta  54.85 
 
 		 400 aa  435  1e-121  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.251029 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3616  tryptophan synthase subunit beta  56.96 
 
 		 447 aa  437  1e-121  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.356253  normal  0.8802 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2454  tryptophan synthase subunit beta  56.14 
 
 		 401 aa  435  1e-121  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1682  tryptophan synthase subunit beta  56.84 
 
 		 428 aa  436  1e-121  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3791  tryptophan synthase subunit beta  56.92 
 
 		 410 aa  435  1e-121  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.20895  normal  0.0231351 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2133  tryptophan synthase subunit beta  56.4 
 
 		 397 aa  436  1e-121  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.31152  normal  0.733883 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>