108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_R0006 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_R0006  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000105262  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0016  tRNA-His  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0319079  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0082  tRNA-His  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000305827  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06590  tRNA-His  95.71 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.435394 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0033  tRNA-His  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.184442  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0049  tRNA-His  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000343908  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0031  tRNA-His  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.00000176121  normal  0.0395456 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0017  tRNA-His  94.44 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000374304  hitchhiker  0.000000156779 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0011  tRNA-His  94.34 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000136335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0027  tRNA-His  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000752575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0021  tRNA-His  94.34 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000077385  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0044  tRNA-His  94.34 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000342103  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0041  tRNA-His  94.34 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0113138  normal  0.890079 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0028  tRNA-His  94.34 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.252923  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0034  tRNA-His  94.34 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0041  tRNA-His  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000458383  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t38  tRNA-His  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100556  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0024  tRNA-His  92.45 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.62576e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0045  tRNA-His  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000161818  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-His-1  tRNA-His  87.84 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00000011209  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0051  tRNA-His  87.88 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000083549  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0041  tRNA-His  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0037  tRNA-His  91.84 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.740745  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0014  tRNA-His  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0346111  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0036  tRNA-His  90.57 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.0000713799  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0052  tRNA-His  91.67 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0296253  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0038  tRNA-His  91.67 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000137357  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13120  tRNA-His  95 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.100259  normal  0.836167 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0031  tRNA-His  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.679826  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0018  tRNA-His  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.898186  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0016  tRNA-His  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0023  tRNA-His  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.794961  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2519  tRNA-His  89.09 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00159808  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2530  tRNA-His  89.09 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000000137237  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2223  tRNA-His  89.09 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000628537  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2234  tRNA-His  89.09 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000174827  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0044  tRNA-Pro  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.123101  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0057  tRNA-His  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.20058  hitchhiker  0.00682829 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0011  tRNA-His  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.248673 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0055  tRNA-His  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0065  tRNA-His  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t29  tRNA-His  89.13 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.158046  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4336  tRNA-His  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0035  tRNA-His  84.42 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00000000246336  normal  0.0312371 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0044  tRNA-His  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.94267 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0022  tRNA-His  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0431591 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0040  tRNA-His  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.651238 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0004  tRNA-His  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.817868  normal  0.0325973 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1548  tRNA-His  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0065  tRNA-His  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22158  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0010  tRNA-His  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6018  tRNA-His  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0522895  normal  0.0385855 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0035  tRNA-Asp  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000103036  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0062  tRNA-Asp  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000000079557  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0047  tRNA-His  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.030582 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0053  tRNA-His  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.629076  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0037  tRNA-His  94.12 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000665099  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0063  tRNA-His  85.96 
 
 		 75 bp  50.1  0.00008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000214057  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0064  tRNA-His  85.96 
 
 		 75 bp  50.1  0.00008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000223288  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0029  tRNA-His  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.499357  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0019  tRNA-Arg  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000464578  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0010  tRNA-His  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0019  tRNA-Arg  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000230793  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0038  tRNA-His  86.79 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00502124 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0014  tRNA-Asp  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0022  tRNA-His  87.72 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0085  tRNA-His  87.76 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.317086  normal  0.564028 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-His-1  tRNA-His  87.5 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0004  tRNA-His  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0477942  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0053  tRNA-His  88.64 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0045  tRNA-His  88.64 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.203165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0070  tRNA-His  91.67 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0203804  normal  0.914236 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  100 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00178807  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0016  tRNA-His  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.33811 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0252  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0096  tRNA-His  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000270279  normal  0.142126 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0045  tRNA-Arg  100 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.457382  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA48  tRNA-Asn  100 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.719736  normal  0.23848 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4200  tRNA-His  93.55 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.1543e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0004  tRNA-His  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000344826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0005  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0034  tRNA-Asp  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.848663  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0526  tRNA-His  93.55 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000639476  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0043  tRNA-His  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0173086  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1247  tRNA-Arg  100 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.207064  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0002  tRNA-His  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.168661  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0009  tRNA-His  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000412211  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0090  tRNA-His  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000216717  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0088  tRNA-His  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS02876  tRNA-His  89.47 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0313769  normal  0.542312 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0038  tRNA-His  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0024  tRNA-His  89.13 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000441767  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0027  tRNA-Asp  83.87 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.221595  normal  0.0673851 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1326  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00274987  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1684  tRNA-His  85.19 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.592978  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0013  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0023  tRNA-His  86.21 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000859824  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2136  tRNA-His  85.19 
 
 		 79 bp  44.1  0.005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00922633  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0031  tRNA-His  89.47 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.110358 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0011  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000646692  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>