154 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DET_tRNA-Arg-4 on replicon NC_002936
Organism: Dehalococcoides ethenogenes 195



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002936  DET_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  100 
 
 		 78 bp  155  2e-36  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00178807  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1247  tRNA-Arg  100 
 
 		 78 bp  155  2e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.207064  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0045  tRNA-Arg  100 
 
 		 78 bp  155  2e-36  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.457382  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0057  tRNA-Ile  93.33 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0005  tRNA-Asp  89.47 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0034  tRNA-Asp  89.47 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.848663  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.893816  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0037  tRNA-Asp  88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0700091  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA48  tRNA-Asn  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.719736  normal  0.23848 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0697106  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0142737  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  87.04 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0036    86.44 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.132649  normal  0.79109 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0020  tRNA-Gly  87.04 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.880732  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0018  tRNA-Gly  87.04 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.642643  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0015  tRNA-Gly  87.04 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.750891 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0017  tRNA-Gly  87.04 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.725163  normal  0.436573 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0006  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000105262  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0049  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000329911  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0011  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000646692  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0011  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.0062166  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0005  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000000168156  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0011  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000846583  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0005  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.000000353567  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00001  tRNA-Ile  85.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00294227  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00061  tRNA-Ile  85.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0509967  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00071  tRNA-Ile  85.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0100739  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0004  tRNA-Ile  85.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00111877  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0077  tRNA-Ile  85.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000248576  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0102  tRNA-Ile  85.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00845186  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t09  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.630661  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t70  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.619158  hitchhiker  0.00932375 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t03  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t15  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.160114  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t42  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158841  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t63  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.07883  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA14  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0900551  normal  0.0100999 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA5  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0174877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA51  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000929539  normal  0.303665 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA73  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00020083  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA82  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000191187  normal  0.0192687 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0011  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00277001  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R13  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000158888  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R2  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00567165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R42  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000533032  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R59  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000380652  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R93  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000022565  normal  0.756494 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0037  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000489104  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0044  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0477159  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0052  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000626175  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0002  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000811561  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0012  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000226616  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0056  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00138336  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0078  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000836991  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0086  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00068353  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0028  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08580  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000150356 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55635  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.269622 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62080  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0500428 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70900  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.335626 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0002  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.961834  normal  0.0827717 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0014  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0031  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0020  tRNA-Ile  85.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00394718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0092  tRNA-Ile  85.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00539323  decreased coverage  0.00141538 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0103  tRNA-Ile  85.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00507683  decreased coverage  0.00339417 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0009  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0460221  hitchhiker  0.00205125 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0035  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000956793  normal  0.185983 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0073  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000465984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0081  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00202745  normal  0.185006 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0031  tRNA-Ile  87.04 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.136071  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0008  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0010  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000315774  hitchhiker  0.000925503 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0063  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000331537  normal  0.777832 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0092  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000368423  hitchhiker  0.00436649 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0007  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000589313  hitchhiker  0.000462971 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0012  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00686442  normal  0.0133226 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0096  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0060738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0812  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 79 bp  44.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460941  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4845  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 79 bp  44.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0555625  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5402  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 79 bp  44.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0831781  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4641  tRNA-Ile  85.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000032657  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4704  tRNA-Ile  85.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000142472  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4714  tRNA-Ile  85.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000504108  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5004  tRNA-Ile  85.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000283414  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5077  tRNA-Ile  85.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000584569  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5092  tRNA-Ile  85.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000866499  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0016  tRNA-Ile  85.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00171399  hitchhiker  0.0041284 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0085  tRNA-Ile  85.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0425046  normal  0.137972 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0005  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000179229  normal  0.648072 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0022  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000998833  hitchhiker  0.000594977 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0059  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000552358  normal  0.693628 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0006  tRNA-Ile  85.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0108839  normal  0.0634944 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0090  tRNA-Ile  85.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000296834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0119  tRNA-Ile  85.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000630461  hitchhiker  0.0000581532 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3573  tRNA-Ile  85.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000468269  normal  0.424687 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0007  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00099613  hitchhiker  0.000158126 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0014  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00192391  hitchhiker  0.00313386 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0055  tRNA-Ile  89.13 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00629084  normal  0.290237 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>