More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_0265 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012039  Cla_0265  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 287 aa  561  1.0000000000000001e-159  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.399424  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1434  LysR family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 293 aa  211  1e-53  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0284  LysR substrate-binding protein  39.8 
 
 		 294 aa  169  4e-41  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2242  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.66 
 
 		 303 aa  159  4e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2284  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.471609  hitchhiker  0.00164938 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 308 aa  148  9e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2440  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.76 
 
 		 287 aa  143  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.924518 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2348  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.76 
 
 		 287 aa  143  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000261353  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2392  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.76 
 
 		 287 aa  143  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  hitchhiker  0.00212314 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2436  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.76 
 
 		 287 aa  143  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0199714 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2550  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.76 
 
 		 287 aa  143  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111574 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4025  transcriptional regulator, LysR family  29.63 
 
 		 308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1386  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.29 
 
 		 308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.19 
 
 		 292 aa  140  3e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2324  putative DNA-binding transcriptional regulator  30 
 
 		 286 aa  140  3e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1928  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.18 
 
 		 290 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0121617  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2758  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.9 
 
 		 288 aa  139  3.9999999999999997e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20130  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 308 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1902  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 292 aa  138  8.999999999999999e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1732  putative transcriptional regulator  29.27 
 
 		 308 aa  138  8.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470848  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1110  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  28.57 
 
 		 306 aa  138  1e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00000488361  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1050  transcriptional regulator, LysR family  28.03 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0198617  normal  0.025944 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0953  transcriptional regulator, LysR family  28.03 
 
 		 311 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0145345  decreased coverage  0.00704929 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.21 
 
 		 290 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1239  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 308 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  hitchhiker  0.00000000418584 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1292  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 308 aa  136  4e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.781932 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02086  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.37 
 
 		 293 aa  135  5e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0640427  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2293  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.37 
 
 		 293 aa  135  5e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3293  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.37 
 
 		 293 aa  135  5e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.020887  normal  0.438576 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2454  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.37 
 
 		 293 aa  135  5e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0809  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.37 
 
 		 293 aa  136  5e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02045  hypothetical protein  28.37 
 
 		 293 aa  135  5e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.074382  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2304  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.37 
 
 		 293 aa  135  5e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00791446 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 307 aa  135  9e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 294 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2609  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000141724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71090  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4022  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 308 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000162423 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 296 aa  132  5e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3225  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.27 
 
 		 291 aa  132  9e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000454466 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1637  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.841057  normal  0.105618 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4080  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6168  putative transcriptional regulator  29.31 
 
 		 296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220915  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3384  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 295 aa  130  3e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.478481  normal  0.271127 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 294 aa  130  3e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1501  LysR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 304 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  28.79 
 
 		 294 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1882  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 302 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0108244  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1501  transcriptional regulator, LysR family  29.43 
 
 		 268 aa  129  6e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000205194  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1675  LysR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 301 aa  129  6e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1491  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.43 
 
 		 268 aa  129  6e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000696654  normal  0.0147604 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  29.29 
 
 		 308 aa  128  8.000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0726  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 308 aa  128  8.000000000000001e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.414898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  29.29 
 
 		 308 aa  128  8.000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38480  FinR, transcriptional regulator, LysR-family  28.62 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1535  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.24 
 
 		 290 aa  125  6e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0934769  normal  0.198722 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2754  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.24 
 
 		 290 aa  125  6e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.810251  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2672  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.24 
 
 		 290 aa  125  6e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1991  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000289116  hitchhiker  0.00000179151 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2404  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000653141  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 290 aa  124  3e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1778  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 298 aa  123  3e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000181213  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3997  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 323 aa  123  3e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.256903  normal  0.0346423 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4612  transcriptional regulator, LysR family  27.9 
 
 		 298 aa  122  6e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.681307  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1478  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.9 
 
 		 347 aa  122  6e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4870  transcriptional regulator, LysR family  30.26 
 
 		 298 aa  122  7e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1998  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 312 aa  122  7e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000276986  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0266  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 313 aa  122  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.275341  normal  0.0743516 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2659  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 313 aa  122  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112809  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5196  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 308 aa  121  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2180  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 297 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000148525  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2013  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 312 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000207825  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2879  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 301 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00417764 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2325  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 		 302 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000016984  decreased coverage  0.0000296427 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3816  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 313 aa  121  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0677379  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0127  LysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 308 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2061  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 312 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000270616  decreased coverage  0.000108776 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 308 aa  120  3e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1783  MarR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 302 aa  120  3e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000134706  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2471  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 301 aa  120  3e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.643373 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2387  LysR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 304 aa  120  3e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0274334 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0861  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 325 aa  120  3e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.278142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1631  transcriptional regulator, LysR family  27.9 
 
 		 291 aa  120  3.9999999999999996e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.172115  normal  0.256911 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1712  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 303 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00125801 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2469  transcriptional regulator, LysR family protein  25.93 
 
 		 297 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.101022  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000192  transcriptional regulator LysR family  26.67 
 
 		 301 aa  119  6e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0226889  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0262  LysR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 294 aa  118  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0475  LysR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 301 aa  118  9.999999999999999e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000111111  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05922  transcriptional regulator  26.01 
 
 		 324 aa  118  9.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2159  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 304 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000106739  normal  0.0959224 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2236  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 304 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000156139  normal  0.533815 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2561  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0783  transcriptional regulator, LysR family protein  27.09 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  28.78 
 
 		 298 aa  116  5e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2367  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 299 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000294831  normal  0.0193468 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2375  LysR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 303 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>