More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_3228 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_3228  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 304 aa  594  1e-169  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.493428 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3900  transcriptional regulator, LysR family  47.79 
 
 		 291 aa  204  2e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5901  transcriptional regulator, LysR family  43.31 
 
 		 279 aa  182  5.0000000000000004e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6221  transcriptional regulator, LysR family  41.03 
 
 		 282 aa  180  2.9999999999999997e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5127  transcriptional regulator, LysR family  42.86 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0856  transcriptional regulator, LysR family  44.37 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.287687  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2452  transcriptional regulator, LysR family  44.76 
 
 		 308 aa  159  8e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.429303  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5031  transcriptional regulator, LysR family  34.83 
 
 		 289 aa  157  3e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.339518  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 296 aa  138  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 305 aa  136  4e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2690  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  33.68 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02429  DNA-binding transcriptional activator of 3-phenylpropionic acid catabolism  32.98 
 
 		 296 aa  132  6e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3769  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  32.98 
 
 		 296 aa  132  6e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02393  hypothetical protein  32.98 
 
 		 296 aa  132  6e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2822  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  32.98 
 
 		 296 aa  132  6e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.922303  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1140  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  32.98 
 
 		 296 aa  132  6e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2689  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  32.98 
 
 		 296 aa  132  6e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00584589  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1131  transcriptional regulator, LysR family  32.63 
 
 		 296 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 302 aa  129  6e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4595  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 297 aa  128  9.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.645659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 296 aa  126  3e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  31.38 
 
 		 301 aa  126  5e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 301 aa  126  5e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 301 aa  126  5e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  31.38 
 
 		 301 aa  126  5e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  31.38 
 
 		 301 aa  126  5e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 302 aa  125  6e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3307  transcriptional regulator, LysR family  35.66 
 
 		 300 aa  126  6e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  31.38 
 
 		 301 aa  125  7e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  31.38 
 
 		 301 aa  125  7e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 		 299 aa  125  8.000000000000001e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 		 299 aa  125  8.000000000000001e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 297 aa  125  1e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  36.86 
 
 		 298 aa  123  4e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3529  LysR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 299 aa  122  6e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.741174 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1930  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 306 aa  121  9.999999999999999e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1342  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 302 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.318091  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  45.76 
 
 		 296 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  34 
 
 		 292 aa  119  3.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  45.2 
 
 		 296 aa  119  4.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2265  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 		 321 aa  119  7e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  45.71 
 
 		 296 aa  119  9e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 323 aa  118  9.999999999999999e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  40.72 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 305 aa  117  3e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4167  LysR substrate-binding protein  42.41 
 
 		 295 aa  117  3e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1442  transcriptional regulator, LysR family  44.04 
 
 		 306 aa  117  3e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.200576 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39 
 
 		 300 aa  116  3.9999999999999997e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5792  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 304 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.316053 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7050  transcriptional regulator, LysR family  37.77 
 
 		 296 aa  115  6e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1027  transcriptional regulator, LysR family  35.61 
 
 		 317 aa  115  6e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.922112  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.11 
 
 		 297 aa  115  7.999999999999999e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 297 aa  115  7.999999999999999e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 297 aa  115  7.999999999999999e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 297 aa  115  7.999999999999999e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  33.11 
 
 		 297 aa  115  7.999999999999999e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 297 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 297 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 297 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 297 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4972  transcriptional regulator, LysR family  37.77 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5674  transcriptional regulator, LysR family  32.29 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.949814  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3750  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 297 aa  113  4.0000000000000004e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101985  normal  0.203083 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3167  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 307 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0137  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 307 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.750096  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0719  LysR family regulatory protein  31.79 
 
 		 322 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0714085  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0532  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 307 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.693788  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0550  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 307 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  33.33 
 
 		 301 aa  113  4.0000000000000004e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1451  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 307 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.870434  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2879  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 307 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4893  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 280 aa  113  4.0000000000000004e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0696189  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7065  transcriptional regulator, LysR family  37.23 
 
 		 296 aa  112  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000862794  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4970  transcriptional regulator, LysR family  37.1 
 
 		 296 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1527  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 303 aa  112  8.000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.25562 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6562  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 296 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5722  transcriptional regulator, LysR family  37.1 
 
 		 296 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.437697  normal  0.903757 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1850  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 328 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2461  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 328 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1685  LysR substrate binding domain protein  32.54 
 
 		 299 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.533068  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1852  LysR substrate binding domain-containing protein  32.54 
 
 		 299 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1598  LysR substrate binding domain protein  32.54 
 
 		 299 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3491  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 290 aa  110  2.0000000000000002e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.295371 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1657  LysR substrate binding domain-containing protein  32.54 
 
 		 299 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  36.06 
 
 		 306 aa  111  2.0000000000000002e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 293 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1589  LysR substrate binding domain protein  32.54 
 
 		 299 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.103905 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2215  transcriptional regulator, LysR family  34.91 
 
 		 314 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2466  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 304 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.708031  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 296 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.18 
 
 		 296 aa  110  3e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5919  transcriptional regulator, LysR family  37.1 
 
 		 296 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2328  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 302 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.418813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3471  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 305 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 302 aa  110  4.0000000000000004e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0767  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.96 
 
 		 306 aa  109  5e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.342253 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4123  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 302 aa  109  5e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.454072 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 295 aa  109  6e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1646  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  36.15 
 
 		 315 aa  109  6e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.636647  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>