More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_2112 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_2112  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 350 aa  693    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1882  LacI family transcriptional regulator  70.5 
 
 		 343 aa  481  1e-134  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.711539 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3351  LacI family transcription regulator  69.05 
 
 		 354 aa  474  1e-132  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.428373  decreased coverage  0.0034898 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3343  LacI family transcription regulator  68.55 
 
 		 349 aa  468  1.0000000000000001e-131  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.716413  normal  0.0750883 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0834  LacI family transcription regulator  66.67 
 
 		 347 aa  436  1e-121  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1131  transcriptional regulator, LacI family  65.36 
 
 		 332 aa  425  1e-118  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0746  LacI family transcription regulator  63.14 
 
 		 360 aa  416  9.999999999999999e-116  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000506865 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2175  transcriptional regulator, LacI family  61.65 
 
 		 349 aa  413  1e-114  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.408939  normal  0.717598 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11580  transcriptional regulator, LacI family  63.06 
 
 		 345 aa  412  1e-114  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13850  transcriptional regulator, LacI family  59.7 
 
 		 356 aa  410  1e-113  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0802  alanine racemase  64.35 
 
 		 368 aa  405  1.0000000000000001e-112  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.206868  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0696  transcriptional regulator, LacI family  62.65 
 
 		 357 aa  402  1e-111  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.477401 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1528  transcriptional regulator, LacI family  57.43 
 
 		 356 aa  398  9.999999999999999e-111  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.126847  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5892  transcriptional regulator, LacI family  62.24 
 
 		 332 aa  395  1e-109  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.369057 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2163  transcriptional regulator, LacI family  59.35 
 
 		 355 aa  369  1e-101  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.130175  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1780  transcriptional regulator, LacI family  57.49 
 
 		 345 aa  367  1e-100  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.353159  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3324  LacI family transcription regulator  56.84 
 
 		 347 aa  360  1e-98  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370251  normal  0.267565 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5857  transcriptional regulator, LacI family  52.25 
 
 		 338 aa  342  5e-93  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.55822 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8463  transcriptional regulator, LacI family  52.4 
 
 		 350 aa  337  9.999999999999999e-92  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0746205 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5410  LacI family transcription regulator  51.64 
 
 		 340 aa  333  3e-90  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.750952  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6898  LacI family transcription regulator  51.96 
 
 		 326 aa  329  3e-89  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.313469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3704  transcriptional regulator, LacI family  51.94 
 
 		 353 aa  327  2.0000000000000001e-88  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00247071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03820  transcriptional regulator, LacI family  54.08 
 
 		 333 aa  325  7e-88  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.048726 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3766  LacI family transcription regulator  49.28 
 
 		 361 aa  322  6e-87  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27370  transcriptional regulator, LacI family  53.12 
 
 		 339 aa  320  3e-86  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0316556  normal  0.625648 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0061  transcriptional regulator, LacI family  51.95 
 
 		 341 aa  316  3e-85  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.408611  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3510  transcriptional regulator, LacI family  51.8 
 
 		 340 aa  308  1.0000000000000001e-82  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0130099  normal  0.340797 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3511  transcriptional regulator, LacI family  48.65 
 
 		 341 aa  296  2e-79  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0677107  normal  0.351268 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3705  transcriptional regulator, LacI family  46.43 
 
 		 340 aa  261  1e-68  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0259788  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12300  transcriptional regulator  42.18 
 
 		 349 aa  234  2.0000000000000002e-60  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.194881  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0937  ribose operon repressor RbsR  43.52 
 
 		 334 aa  229  6e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0347  transcriptional regulator, LacI family  41.57 
 
 		 347 aa  212  1e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  32.54 
 
 		 335 aa  173  3.9999999999999995e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  34.62 
 
 		 332 aa  173  3.9999999999999995e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5848  LacI family transcription regulator  34.42 
 
 		 365 aa  173  5e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.67 
 
 		 343 aa  173  5e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.67 
 
 		 343 aa  173  5e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.67 
 
 		 341 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.67 
 
 		 341 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  31.67 
 
 		 341 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.67 
 
 		 341 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.43 
 
 		 336 aa  172  5.999999999999999e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.67 
 
 		 341 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  31.67 
 
 		 341 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.75 
 
 		 330 aa  171  1e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1905  LacI family transcription regulator  34.47 
 
 		 355 aa  170  3e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.680295  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  34.72 
 
 		 334 aa  169  7e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.58 
 
 		 342 aa  168  1e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.54 
 
 		 342 aa  166  4e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.65 
 
 		 337 aa  166  5.9999999999999996e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.23 
 
 		 341 aa  165  9e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.23 
 
 		 341 aa  165  9e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.23 
 
 		 341 aa  165  9e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.23 
 
 		 341 aa  165  9e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.23 
 
 		 341 aa  165  9e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  28.92 
 
 		 342 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1314  transcriptional regulator, LacI family protein  33.24 
 
 		 352 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 337 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.45 
 
 		 330 aa  162  6e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  31.65 
 
 		 355 aa  161  2e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.01 
 
 		 342 aa  160  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0477  transcriptional regulator, LacI family  32.58 
 
 		 352 aa  161  2e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.64 
 
 		 341 aa  160  2e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00440  transcriptional regulator, LacI family  31.47 
 
 		 338 aa  161  2e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.01 
 
 		 342 aa  160  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  32.93 
 
 		 326 aa  160  3e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4417  transcriptional regulator, LacI family  36.42 
 
 		 351 aa  160  4e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.728292  normal  0.68385 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  33.63 
 
 		 348 aa  160  4e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  35.5 
 
 		 348 aa  159  7e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0131  transcriptional regulator, LacI family  35.61 
 
 		 343 aa  159  7e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  28.7 
 
 		 340 aa  157  2e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3025  transcriptional regulator, LacI family  34.58 
 
 		 347 aa  157  3e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  30.54 
 
 		 329 aa  157  3e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  32.84 
 
 		 346 aa  156  6e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  33.91 
 
 		 343 aa  155  7e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  30.63 
 
 		 347 aa  155  9e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2046  LacI family transcription regulator  32.34 
 
 		 344 aa  155  1e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4479  LacI family transcription regulator  33.43 
 
 		 342 aa  155  1e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.277487  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0506  LacI family transcription regulator  32.24 
 
 		 332 aa  154  2e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.549777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2000  LacI family transcription regulator  31.96 
 
 		 346 aa  154  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 342 aa  154  2e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  30.99 
 
 		 342 aa  154  2e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0927  LacI family transcription regulator  35.6 
 
 		 324 aa  154  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.845689 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  32.74 
 
 		 343 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0892  LacI family transcription regulator  33.52 
 
 		 391 aa  154  2.9999999999999998e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  31.83 
 
 		 335 aa  154  2.9999999999999998e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3342  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  31.47 
 
 		 332 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4738  alanine racemase  34.29 
 
 		 351 aa  153  2.9999999999999998e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.907911 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  31.85 
 
 		 332 aa  153  4e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.24 
 
 		 335 aa  153  4e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2320  LacI family transcriptional regulator  33.24 
 
 		 340 aa  153  5e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.316441  normal  0.202359 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  31.55 
 
 		 332 aa  153  5e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  31.55 
 
 		 332 aa  152  7e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2867  transcriptional regulator, LacI family  34.62 
 
 		 336 aa  152  8e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0458283 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  32.24 
 
 		 343 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  32.24 
 
 		 343 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  32.24 
 
 		 343 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.66 
 
 		 335 aa  152  8.999999999999999e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1145  LacI family transcription regulator  32.27 
 
 		 333 aa  151  1e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  32.24 
 
 		 343 aa  152  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>