More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_0216 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_0216  exodeoxyribonuclease III (xth)  100 
 
 		 349 aa  717    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0167  exodeoxyribonuclease III Xth  69.23 
 
 		 319 aa  472  1e-132  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.201775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0233  exodeoxyribonuclease III Xth  74.63 
 
 		 267 aa  319  5e-86  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0227  exodeoxyribonuclease III Xth  77.89 
 
 		 267 aa  319  6e-86  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3929  exodeoxyribonuclease III  77.16 
 
 		 263 aa  318  7e-86  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0277  exodeoxyribonuclease III Xth  72.63 
 
 		 267 aa  305  8.000000000000001e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0273673  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0288  exodeoxyribonuclease III Xth  73.82 
 
 		 264 aa  302  6.000000000000001e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923056 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0339  exodeoxyribonuclease III Xth  71.13 
 
 		 267 aa  299  4e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1619  exodeoxyribonuclease III Xth  74.21 
 
 		 266 aa  298  1e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.8373 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0089  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  67.51 
 
 		 263 aa  271  9e-72  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.499029 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4050  exodeoxyribonuclease III Xth  66.33 
 
 		 262 aa  266  5.999999999999999e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000121179 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2491  exodeoxyribonuclease III (xth)  58.55 
 
 		 257 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.510804  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3105  exodeoxyribonuclease III Xth  58.55 
 
 		 257 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3121  exodeoxyribonuclease III Xth  58.55 
 
 		 257 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.918757 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6456  exodeoxyribonuclease III xth  58.03 
 
 		 257 aa  242  7.999999999999999e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3043  exodeoxyribonuclease III Xth  57.51 
 
 		 257 aa  241  1e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3160  exodeoxyribonuclease III Xth  57.51 
 
 		 257 aa  241  1e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0485064  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3102  exodeoxyribonuclease III Xth  57.51 
 
 		 256 aa  241  2e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0149  exodeoxyribonuclease III (xth)  59.59 
 
 		 258 aa  241  2e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0167  exodeoxyribonuclease III  57.51 
 
 		 256 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.580227  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0371  exodeoxyribonuclease III  57.51 
 
 		 256 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0175  exodeoxyribonuclease III  57.51 
 
 		 256 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2780  exodeoxyribonuclease III  57.51 
 
 		 256 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2299  exodeoxyribonuclease III  57.51 
 
 		 256 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.87728  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2379  exodeoxyribonuclease III  57.51 
 
 		 256 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.124522  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0186  exodeoxyribonuclease III  57.51 
 
 		 256 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0194  AP endonuclease  59.69 
 
 		 258 aa  238  1e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0151  exodeoxyribonuclease III  56.99 
 
 		 256 aa  238  1e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0331  exodeoxyribonuclease III Xth  54.92 
 
 		 259 aa  228  1e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4393  exodeoxyribonucleaseiii xth  54.92 
 
 		 259 aa  227  2e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.599259  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0057  exodeoxyribonuclease III Xth  54.4 
 
 		 259 aa  226  4e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2008  exodeoxyribonuclease III Xth  58.64 
 
 		 260 aa  224  2e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1725  exodeoxyribonuclease III Xth  58.12 
 
 		 260 aa  222  6e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.569641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2484  exodeoxyribonuclease III (xth)  55.5 
 
 		 257 aa  222  7e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0254  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  57.81 
 
 		 259 aa  218  1e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0042  exodeoxyribonuclease III Xth  55.38 
 
 		 261 aa  216  4e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.169682 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0036  exodeoxyribonuclease III Xth  55.38 
 
 		 261 aa  216  4e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0123  AP endonuclease  54.92 
 
 		 259 aa  214  9.999999999999999e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0140  putative exodeoxyribonuclease III protein  54.87 
 
 		 261 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0224  exodeoxyribonuclease III  51.56 
 
 		 259 aa  205  7e-52  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.465844  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0685  exodeoxyribonuclease III Xth  51.81 
 
 		 260 aa  205  1e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0109  exodeoxyribonuclease III Xth  52.6 
 
 		 261 aa  202  9.999999999999999e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0626468  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0321  exodeoxyribonuclease III  48.7 
 
 		 257 aa  188  1e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.323864  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0070  exodeoxyribonuclease III Xth  46.7 
 
 		 257 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0702  hypothetical protein  48.96 
 
 		 260 aa  182  8.000000000000001e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0684  hypothetical protein  48.96 
 
 		 260 aa  182  8.000000000000001e-45  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0039  exodeoxyribonuclease III Xth  48.69 
 
 		 256 aa  180  2.9999999999999997e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3225  exodeoxyribonuclease III Xth  44.67 
 
 		 265 aa  174  1.9999999999999998e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.103281  hitchhiker  0.00000209509 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0403  exodeoxyribonuclease III  42.64 
 
 		 259 aa  167  2e-40  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5745  exodeoxyribonuclease III Xth  39.71 
 
 		 294 aa  167  2.9999999999999998e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321792  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2986  exodeoxyribonuclease III Xth  44.33 
 
 		 254 aa  166  5e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0890  exodeoxyribonuclease III Xth  44.56 
 
 		 254 aa  166  5.9999999999999996e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0269  exodeoxyribonuclease III  45.08 
 
 		 254 aa  165  1.0000000000000001e-39  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1784  exodeoxyribonuclease III  42.13 
 
 		 259 aa  165  1.0000000000000001e-39  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02934  exodeoxyribonuclease III  46.91 
 
 		 266 aa  164  2.0000000000000002e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.636028  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1541  AP endonuclease  42 
 
 		 267 aa  162  8.000000000000001e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.241112  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0121  exodeoxyribonuclease III Xth  46.91 
 
 		 266 aa  161  2e-38  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00155792  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0295  exodeoxyribonuclease III Xth  43.28 
 
 		 266 aa  160  4e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.049779 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0521  exodeoxyribonuclease III Xth  44.68 
 
 		 254 aa  157  2e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000060728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0138  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  46.39 
 
 		 266 aa  157  3e-37  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.287048  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6475  exodeoxyribonuclease III Xth  38.78 
 
 		 264 aa  150  4e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4271  exodeoxyribonuclease III Xth  43.3 
 
 		 256 aa  149  9e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3497  exodeoxyribonuclease III  43.3 
 
 		 254 aa  149  1.0000000000000001e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.570342 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1247  exodeoxyribonuclease III Xth  39.27 
 
 		 255 aa  147  2.0000000000000003e-34  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0461  exodeoxyribonuclease III (xth)  44.67 
 
 		 267 aa  148  2.0000000000000003e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.25576  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05100  exodeoxyribonuclease III  38.07 
 
 		 265 aa  148  2.0000000000000003e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4586  exodeoxyribonuclease III Xth  41.58 
 
 		 250 aa  145  1e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000013952  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2193  exodeoxyribonuclease III Xth  42.21 
 
 		 267 aa  144  2e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000941808  hitchhiker  0.000239022 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0948  exodeoxyribonuclease III Xth  40.83 
 
 		 272 aa  144  3e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.875165  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0254  exodeoxyribonuclease III Xth  40.22 
 
 		 249 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.345857  normal  0.41311 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0823  exodeoxyribonuclease III  37.04 
 
 		 255 aa  140  4.999999999999999e-32  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2145  exodeoxyribonuclease III  38.25 
 
 		 251 aa  139  7e-32  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1647  exodeoxyribonuclease III Xth  38.59 
 
 		 249 aa  139  7.999999999999999e-32  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0582  exodeoxyribonuclease III Xth  39.13 
 
 		 249 aa  138  1e-31  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.24337  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0982  exodeoxyribonuclease III  40.21 
 
 		 250 aa  138  1e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1258  exodeoxyribonuclease III Xth  43.08 
 
 		 257 aa  138  1e-31  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0832  exodeoxyribonuclease III Xth  39.06 
 
 		 253 aa  138  2e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.808552  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1451  exodeoxyribonuclease III Xth  39.06 
 
 		 254 aa  137  3.0000000000000003e-31  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.991336  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0458  exodeoxyribonuclease III Xth  40.21 
 
 		 251 aa  136  6.0000000000000005e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000273086  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1734  exodeoxyribonuclease III  42.93 
 
 		 256 aa  135  7.000000000000001e-31  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00350824  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0696  exodeoxyribonuclease III Xth  39.27 
 
 		 257 aa  135  9e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0151551  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3484  exodeoxyribonuclease III  38.74 
 
 		 252 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.385947  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3507  exodeoxyribonuclease III Xth  38.54 
 
 		 252 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0122233  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3205  exodeoxyribonuclease III  36.51 
 
 		 255 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3242  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  36.84 
 
 		 258 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0851525 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1377  exodeoxyribonuclease III  38.83 
 
 		 250 aa  131  2.0000000000000002e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00689884  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3750  exodeoxyribonuclease III  38.22 
 
 		 252 aa  130  3e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000021797 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0339  exodeoxyribonuclease III Xth  36.23 
 
 		 257 aa  130  3e-29  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.361272  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3584  exodeoxyribonuclease III  38.22 
 
 		 252 aa  130  3e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3868  exodeoxyribonuclease III  38.22 
 
 		 252 aa  130  3e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0377  exodeoxyribonuclease III Xth  37.37 
 
 		 255 aa  130  3e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1192  exodeoxyribonuclease III  38.3 
 
 		 250 aa  130  3e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0173462  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0130  exodeoxyribonuclease III  38.42 
 
 		 257 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0392835 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3322  exodeoxyribonuclease III Xth  36.51 
 
 		 253 aa  130  4.0000000000000003e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000530541  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1460  exodeoxyribonuclease III  37.5 
 
 		 252 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000456655 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2558  exodeoxyribonuclease III  38.54 
 
 		 262 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0441  exodeoxyribonuclease III (xth)  37.69 
 
 		 264 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3839  exodeoxyribonuclease III  36.46 
 
 		 252 aa  127  3e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1064  exodeoxyribonuclease III  37.57 
 
 		 255 aa  127  3e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0288989 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0618  exodeoxyribonuclease III Xth  34.85 
 
 		 258 aa  127  4.0000000000000003e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000157128 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>