More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_0167 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_0167  exodeoxyribonuclease III Xth  100 
 
 		 319 aa  662    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.201775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0216  exodeoxyribonuclease III (xth)  69.23 
 
 		 349 aa  490  1e-137  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3929  exodeoxyribonuclease III  63.95 
 
 		 263 aa  412  1e-114  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0233  exodeoxyribonuclease III Xth  63.01 
 
 		 267 aa  406  1.0000000000000001e-112  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0227  exodeoxyribonuclease III Xth  63.01 
 
 		 267 aa  406  1.0000000000000001e-112  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0277  exodeoxyribonuclease III Xth  61.44 
 
 		 267 aa  397  1e-109  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0273673  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0288  exodeoxyribonuclease III Xth  61.71 
 
 		 264 aa  392  1e-108  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923056 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0339  exodeoxyribonuclease III Xth  60.76 
 
 		 267 aa  388  1e-107  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1619  exodeoxyribonuclease III Xth  59.56 
 
 		 266 aa  364  1e-99  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.8373 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4050  exodeoxyribonuclease III Xth  59.75 
 
 		 262 aa  363  2e-99  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000121179 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0089  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  58.93 
 
 		 263 aa  340  2e-92  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.499029 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0194  AP endonuclease  52.04 
 
 		 258 aa  322  8e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1725  exodeoxyribonuclease III Xth  51.41 
 
 		 260 aa  320  9.999999999999999e-87  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.569641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6456  exodeoxyribonuclease III xth  51.42 
 
 		 257 aa  319  3.9999999999999996e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2008  exodeoxyribonuclease III Xth  50.78 
 
 		 260 aa  314  1.9999999999999998e-84  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0149  exodeoxyribonuclease III (xth)  52.35 
 
 		 258 aa  313  1.9999999999999998e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3043  exodeoxyribonuclease III Xth  50.47 
 
 		 257 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2491  exodeoxyribonuclease III (xth)  50.79 
 
 		 257 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.510804  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3121  exodeoxyribonuclease III Xth  50.79 
 
 		 257 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.918757 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3160  exodeoxyribonuclease III Xth  50.47 
 
 		 257 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0485064  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3105  exodeoxyribonuclease III Xth  50.79 
 
 		 257 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2484  exodeoxyribonuclease III (xth)  50.79 
 
 		 257 aa  313  2.9999999999999996e-84  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3102  exodeoxyribonuclease III Xth  50 
 
 		 256 aa  312  3.9999999999999997e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0175  exodeoxyribonuclease III  50.16 
 
 		 256 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0167  exodeoxyribonuclease III  50.16 
 
 		 256 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.580227  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0371  exodeoxyribonuclease III  50.16 
 
 		 256 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2379  exodeoxyribonuclease III  50.16 
 
 		 256 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.124522  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2780  exodeoxyribonuclease III  50.16 
 
 		 256 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2299  exodeoxyribonuclease III  50.16 
 
 		 256 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.87728  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0186  exodeoxyribonuclease III  50.16 
 
 		 256 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0254  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  51.57 
 
 		 259 aa  310  2e-83  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0151  exodeoxyribonuclease III  50.16 
 
 		 256 aa  310  2e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0685  exodeoxyribonuclease III Xth  49.53 
 
 		 260 aa  308  1.0000000000000001e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0140  putative exodeoxyribonuclease III protein  50.78 
 
 		 261 aa  301  9e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0123  AP endonuclease  50 
 
 		 259 aa  301  9e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0036  exodeoxyribonuclease III Xth  50.95 
 
 		 261 aa  299  4e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0042  exodeoxyribonuclease III Xth  50.95 
 
 		 261 aa  299  4e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.169682 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0057  exodeoxyribonuclease III Xth  48.25 
 
 		 259 aa  298  1e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0331  exodeoxyribonuclease III Xth  47.78 
 
 		 259 aa  297  2e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4393  exodeoxyribonucleaseiii xth  47.65 
 
 		 259 aa  297  2e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.599259  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0224  exodeoxyribonuclease III  46.86 
 
 		 259 aa  291  1e-77  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.465844  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0109  exodeoxyribonuclease III Xth  45.71 
 
 		 261 aa  267  2e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0626468  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0321  exodeoxyribonuclease III  43.4 
 
 		 257 aa  258  7e-68  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.323864  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0070  exodeoxyribonuclease III Xth  43.81 
 
 		 257 aa  253  4.0000000000000004e-66  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02934  exodeoxyribonuclease III  44.44 
 
 		 266 aa  242  7e-63  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.636028  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0702  hypothetical protein  41.93 
 
 		 260 aa  233  4.0000000000000004e-60  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0684  hypothetical protein  41.93 
 
 		 260 aa  233  4.0000000000000004e-60  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0295  exodeoxyribonuclease III Xth  42.41 
 
 		 266 aa  233  4.0000000000000004e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.049779 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3225  exodeoxyribonuclease III Xth  40 
 
 		 265 aa  233  5e-60  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.103281  hitchhiker  0.00000209509 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0121  exodeoxyribonuclease III Xth  42.86 
 
 		 266 aa  230  3e-59  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00155792  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0039  exodeoxyribonuclease III Xth  40.45 
 
 		 256 aa  228  2e-58  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0138  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  42.54 
 
 		 266 aa  226  5.0000000000000005e-58  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.287048  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5745  exodeoxyribonuclease III Xth  35.8 
 
 		 294 aa  218  7.999999999999999e-56  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321792  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0403  exodeoxyribonuclease III  37.78 
 
 		 259 aa  216  5e-55  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1784  exodeoxyribonuclease III  37.46 
 
 		 259 aa  213  2.9999999999999995e-54  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1541  AP endonuclease  37.54 
 
 		 267 aa  210  3e-53  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.241112  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6475  exodeoxyribonuclease III Xth  35.62 
 
 		 264 aa  202  7e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05100  exodeoxyribonuclease III  34.89 
 
 		 265 aa  197  2.0000000000000003e-49  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2193  exodeoxyribonuclease III Xth  36.45 
 
 		 267 aa  189  5e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000941808  hitchhiker  0.000239022 
 
 
-
 
NC_002950  PG0269  exodeoxyribonuclease III  35.35 
 
 		 254 aa  189  7e-47  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0948  exodeoxyribonuclease III Xth  35.19 
 
 		 272 aa  182  8.000000000000001e-45  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.875165  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0890  exodeoxyribonuclease III Xth  34.08 
 
 		 254 aa  179  4e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4271  exodeoxyribonuclease III Xth  34.91 
 
 		 256 aa  177  2e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0461  exodeoxyribonuclease III (xth)  36.88 
 
 		 267 aa  176  5e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.25576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4873  exodeoxyribonuclease III Xth  34.77 
 
 		 274 aa  174  9.999999999999999e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0668549  normal  0.0519409 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0521  exodeoxyribonuclease III Xth  33.75 
 
 		 254 aa  174  1.9999999999999998e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000060728  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2986  exodeoxyribonuclease III Xth  32.7 
 
 		 254 aa  171  1e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2145  exodeoxyribonuclease III  32.68 
 
 		 251 aa  170  3e-41  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1734  exodeoxyribonuclease III  35.11 
 
 		 256 aa  169  7e-41  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00350824  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0618  exodeoxyribonuclease III Xth  32.28 
 
 		 258 aa  169  7e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000157128 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1556  exodeoxyribonuclease III Xth  34.15 
 
 		 270 aa  167  1e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0939703 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0982  exodeoxyribonuclease III  32.69 
 
 		 250 aa  166  2.9999999999999998e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0079  exodeoxyribonuclease III, putative  30.19 
 
 		 259 aa  166  5e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3497  exodeoxyribonuclease III  32.37 
 
 		 254 aa  166  5e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.570342 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3205  exodeoxyribonuclease III  31.66 
 
 		 255 aa  165  9e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0377  exodeoxyribonuclease III Xth  31.09 
 
 		 255 aa  165  1.0000000000000001e-39  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0215  exodeoxyribonuclease III xth  29.87 
 
 		 259 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5545  exodeoxyribonuclease III xth  30.19 
 
 		 259 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6108  catabolite repression control protein  31.13 
 
 		 259 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0466604  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4384  exodeoxyribonuclease III Xth  29.87 
 
 		 259 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.465503  normal  0.053083 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70390  catabolite repression control protein  31.13 
 
 		 259 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3242  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  31.01 
 
 		 258 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0851525 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0180  exodeoxyribonuclease III Xth  30.19 
 
 		 259 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.101584  hitchhiker  0.00000710685 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02870  catabolite repression control protein; Crc  30.5 
 
 		 259 aa  163  3e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21350  exodeoxyribonuclease III Xth  35.05 
 
 		 273 aa  162  7e-39  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4586  exodeoxyribonuclease III Xth  31.73 
 
 		 250 aa  161  1e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000013952  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5200  exodeoxyribonuclease III Xth  30.19 
 
 		 259 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  0.425377 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5292  exodeoxyribonuclease III Xth  30.19 
 
 		 259 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.328538 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5341  exodeoxyribonuclease III Xth  30.19 
 
 		 259 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.11599  hitchhiker  0.00893933 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1195  exodeoxyribonuclease III Xth  32.71 
 
 		 277 aa  160  3e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000488572 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27900  exodeoxyribonuclease III Xth  32.3 
 
 		 266 aa  160  4e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.408548  normal  0.79978 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1247  exodeoxyribonuclease III Xth  30.16 
 
 		 255 aa  159  5e-38  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0696  exodeoxyribonuclease III Xth  31.53 
 
 		 257 aa  159  7e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0151551  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1258  exodeoxyribonuclease III Xth  32.7 
 
 		 257 aa  159  7e-38  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0258  exonuclease III  31.94 
 
 		 286 aa  159  7e-38  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.209471  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2271  exodeoxyribonuclease III Xth  32.08 
 
 		 252 aa  158  1e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3484  exodeoxyribonuclease III  32.05 
 
 		 252 aa  157  3e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.385947  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3507  exodeoxyribonuclease III Xth  32.27 
 
 		 252 aa  157  3e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0122233  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0254  exodeoxyribonuclease III Xth  30.6 
 
 		 249 aa  157  3e-37  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.345857  normal  0.41311 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30930  exodeoxyribonuclease III Xth  30.49 
 
 		 308 aa  157  3e-37  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>