More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_7144 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_7144  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 298 aa  595  1e-169  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767284  normal  0.803868 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0640  LysR family transcriptional regulator  74.49 
 
 		 297 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3613  LysR family transcriptional regulator  74.83 
 
 		 297 aa  450  1e-125  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.435791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3427  LysR family transcriptional regulator  67.69 
 
 		 296 aa  372  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4553  hypothetical protein  34.42 
 
 		 302 aa  158  1e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2267  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 302 aa  158  1e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000460407  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2861  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 306 aa  142  6e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.147603  normal  0.198863 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 317 aa  142  7e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2946  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 306 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6304  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 306 aa  139  7e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2973  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 306 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.329734 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2998  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 306 aa  136  5e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.167105  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2952  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 306 aa  135  9e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00119284  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2338  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 306 aa  135  9e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152044  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0325  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.56 
 
 		 320 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.89 
 
 		 309 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2631  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 316 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.19 
 
 		 334 aa  132  9e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0181  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.82 
 
 		 320 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5716  transcriptional regulator LysR family  32.09 
 
 		 299 aa  130  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0340323  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0058  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.78 
 
 		 297 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 305 aa  130  3e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2834  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 312 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0660  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 313 aa  129  5.0000000000000004e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.641182 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.01 
 
 		 305 aa  129  6e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.01 
 
 		 305 aa  129  6e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.01 
 
 		 305 aa  129  6e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1994  transcriptional regulator, LysR family  31.51 
 
 		 311 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.576839 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3509  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.138319 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4272  LysR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4094  LysR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.987027 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1951  LysR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.177582  normal  0.730063 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.94 
 
 		 322 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.51 
 
 		 321 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.77 
 
 		 321 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.77 
 
 		 321 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.77 
 
 		 321 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.77 
 
 		 321 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3988  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 297 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.194076 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3429  LysR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 298 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.77 
 
 		 321 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3505  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 297 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 317 aa  126  5e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31 
 
 		 322 aa  126  5e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.04 
 
 		 329 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 305 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 305 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.04 
 
 		 329 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 305 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.04 
 
 		 329 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.88 
 
 		 321 aa  125  6e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.4 
 
 		 320 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4030  LysR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 310 aa  125  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 326 aa  124  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.41 
 
 		 305 aa  123  3e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.52 
 
 		 305 aa  123  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0187  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.35 
 
 		 320 aa  123  4e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.163484  normal  0.742641 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 305 aa  123  4e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.52 
 
 		 305 aa  123  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3637  transcriptional regulator, LysR family  34.05 
 
 		 299 aa  123  4e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.360851 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.52 
 
 		 305 aa  123  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.52 
 
 		 305 aa  123  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.52 
 
 		 305 aa  123  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3787  transcriptional regulator, LysR family  31.94 
 
 		 300 aa  123  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.52 
 
 		 305 aa  122  5e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  31.52 
 
 		 305 aa  122  5e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.52 
 
 		 305 aa  122  5e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.52 
 
 		 305 aa  122  5e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.52 
 
 		 305 aa  122  5e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  31.52 
 
 		 305 aa  122  5e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.52 
 
 		 305 aa  122  5e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.52 
 
 		 305 aa  122  5e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.52 
 
 		 305 aa  122  5e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4116  transcriptional regulator, LysR family  32.5 
 
 		 300 aa  122  6e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4031  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 293 aa  122  7e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.252627  normal  0.573525 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  29.43 
 
 		 314 aa  122  8e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0669  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 309 aa  122  8e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4493  LysR family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 300 aa  122  9e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.04 
 
 		 328 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0906  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 310 aa  120  1.9999999999999998e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2548  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 328 aa  120  3e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.3 
 
 		 348 aa  120  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0983  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  30.94 
 
 		 300 aa  120  3e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.86 
 
 		 304 aa  120  3.9999999999999996e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 297 aa  119  3.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 311 aa  120  3.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01684  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.93 
 
 		 313 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4773  transcriptional regulator, LysR family  32.46 
 
 		 295 aa  119  6e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1265  putative transcriptional regulator  30.77 
 
 		 298 aa  119  6e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2482  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 303 aa  118  9.999999999999999e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.134269  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0449  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 305 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.038969  normal  0.109175 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.45 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0119  LysR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.75 
 
 		 314 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.35 
 
 		 307 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2377  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 298 aa  116  3e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.120288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.79 
 
 		 323 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.79 
 
 		 328 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0423  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 305 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>