More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4282 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008391  Bamb_4282  homocysteine S-methyltransferase  100 
 
 
309 aa  615  1e-175  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4837  homocysteine S-methyltransferase  92.23 
 
 
309 aa  544  1e-154  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.345042 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6804  homocysteine S-methyltransferase  88.18 
 
 
313 aa  513  1e-144  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2776  homocysteine S-methyltransferase family protein  63.05 
 
 
307 aa  357  9.999999999999999e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.420407  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0658  homocysteine S-methyltransferase family protein  60.82 
 
 
311 aa  345  5e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.778946  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0692  homocysteine S-methyltransferase  60.48 
 
 
311 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0245772 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5121  homocysteine S-methyltransferase  61.17 
 
 
299 aa  338  7e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0135376  normal  0.478948 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2930  homocysteine S-methyltransferase  54 
 
 
303 aa  338  8e-92  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2779  homocysteine S-methyltransferase  59.25 
 
 
308 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1277  homocysteine S-methyltransferase  57 
 
 
300 aa  318  5e-86  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0441893 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3243  homocysteine S-methyltransferase  56.66 
 
 
300 aa  318  6e-86  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.562987  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3747  homocysteine S-methyltransferase  59.12 
 
 
302 aa  315  5e-85  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0975  homocysteine S-methyltransferase  58.48 
 
 
310 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000866621  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5017  S-methyltransferase  52.49 
 
 
301 aa  306  4.0000000000000004e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3865  homocysteine S-methyltransferase  55.67 
 
 
300 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0314464  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1135  homocysteine S-methyltransferase family protein  58.48 
 
 
298 aa  302  5.000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.300332  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3100  homocysteine S-methyltransferase  57.34 
 
 
300 aa  301  1e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3090  homocysteine S-methyltransferase  57.34 
 
 
300 aa  300  3e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6392  homocysteine S-methyltransferase  51 
 
 
302 aa  297  2e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.612657 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1497  homocysteine S-methyltransferase  52.04 
 
 
310 aa  293  3e-78  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.191799  normal  0.658864 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4534  homocysteine S-methyltransferase  51.18 
 
 
302 aa  288  1e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0770365 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05821  homocysteine S-methyltransferase  45.48 
 
 
301 aa  279  4e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00664  homocysteine S-methyltransferase family protein  45.7 
 
 
305 aa  271  1e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2160  homocysteine S-methyltransferase  43.84 
 
 
310 aa  263  2e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011685  PHATRDRAFT_48307  predicted protein  39.94 
 
 
346 aa  196  6e-49  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.532238  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2815  homocysteine S-methyltransferase  36.51 
 
 
304 aa  165  9e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1598  homocysteine S-methyltransferase  38.39 
 
 
297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.296852 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0392  homocysteine S-methyltransferase  39.5 
 
 
305 aa  146  3e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108543  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2200  homocysteine S-methyltransferase  36.54 
 
 
307 aa  108  8.000000000000001e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.558388  normal  0.514236 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3928  homocysteine S-methyltransferase  35.5 
 
 
308 aa  103  5e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.45742 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0866  homocysteine methyltransferase  29.78 
 
 
316 aa  85.1  0.000000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.142005  normal  0.135969 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0476  homocysteine S-methyltransferase  33.11 
 
 
818 aa  84.7  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0411261 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1042  homocysteine methyltransferase  30.09 
 
 
310 aa  84.7  0.000000000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000341653  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1315  homocysteine S-methyltransferase  31.05 
 
 
288 aa  81.3  0.00000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0420975  normal  0.31637 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1138  methionine synthase  29.15 
 
 
1215 aa  79.7  0.00000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.537288  normal  0.145457 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37350  homocysteine methyltransferase  30.1 
 
 
295 aa  79.7  0.00000000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.493269 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12483  homocysteine methyltransferase  30.23 
 
 
302 aa  78.2  0.0000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0325  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  26.54 
 
 
605 aa  78.2  0.0000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0828  homocysteine methyltransferase  31.01 
 
 
311 aa  77.4  0.0000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1230  homocysteine S-methyltransferase  26.75 
 
 
311 aa  77  0.0000000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.829907  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3775  B12-dependent methionine synthase  27.76 
 
 
1227 aa  76.3  0.0000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1548  homocysteine S-methyltransferase  32.23 
 
 
804 aa  75.1  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0662443  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2740  homocysteine methyltransferase  30.03 
 
 
287 aa  75.1  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.164066  normal  0.649744 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3344  homocysteine S-methyltransferase  31.09 
 
 
310 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0645  methionine synthase (B12-dependent)  26.13 
 
 
804 aa  74.3  0.000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.474097  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2048  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  25.57 
 
 
614 aa  73.9  0.000000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3503  methionine synthase  25.81 
 
 
1212 aa  73.9  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.929135  normal  0.479801 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1535  homocysteine methyltransferase  29.45 
 
 
315 aa  74.3  0.000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.521433  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3471  homocysteine methyltransferase  29.06 
 
 
312 aa  73.2  0.000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0182  methionine synthase  26.98 
 
 
1263 aa  73.2  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3951  B12-dependent methionine synthase  27.46 
 
 
1227 aa  73.2  0.000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.360627  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3632  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  28.1 
 
 
617 aa  72.8  0.000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1524  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  28.03 
 
 
615 aa  72.8  0.000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01795  homocysteine methyltransferase  30.77 
 
 
325 aa  72.4  0.000000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.443349  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5466  homocysteine methyltransferase  25.95 
 
 
325 aa  72.4  0.000000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0696243  hitchhiker  0.00895387 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0708  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  26.75 
 
 
616 aa  72.4  0.000000000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0266464  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1206  B12-dependent methionine synthase  27.65 
 
 
1232 aa  72.4  0.00000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0454  B12-dependent methionine synthase  27.93 
 
 
1228 aa  72  0.00000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0341811  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2926  homocysteine methyltransferase  27.67 
 
 
313 aa  70.9  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2492  methionine synthase (B12-dependent)  26.27 
 
 
1224 aa  70.9  0.00000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.494606  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1187  homocysteine S-methyltransferase  27.63 
 
 
629 aa  71.6  0.00000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0772  homocysteine S-methyltransferase  25.66 
 
 
780 aa  70.9  0.00000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0538889  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1947  methionine synthase  28.08 
 
 
1223 aa  70.5  0.00000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0537124  normal  0.960844 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4383  homocysteine S-methyltransferase  30 
 
 
578 aa  69.7  0.00000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0369  B12-dependent methionine synthase  27.63 
 
 
1228 aa  70.1  0.00000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.789152  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0839  homocysteine S-methyltransferase  25.5 
 
 
285 aa  69.3  0.00000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2544  methionine synthase  26.88 
 
 
1180 aa  69.3  0.00000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00356448  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1211  homocysteine S-methyltransferase  25.33 
 
 
807 aa  68.6  0.0000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0179968  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0891  homocysteine S-methyltransferase  28.75 
 
 
303 aa  68.6  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.784239 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4274  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  26.75 
 
 
1132 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4005  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  26.81 
 
 
1133 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0238  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  29.9 
 
 
609 aa  68.2  0.0000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4156  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  26.75 
 
 
1132 aa  67.4  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4478  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  26.75 
 
 
1132 aa  67.4  0.0000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4332  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  26.27 
 
 
1132 aa  67  0.0000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3995  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  26.75 
 
 
1133 aa  67  0.0000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2133  methionine synthase  29 
 
 
1169 aa  67  0.0000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1583  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  28.05 
 
 
637 aa  66.6  0.0000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0405  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  23.45 
 
 
613 aa  66.6  0.0000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0415  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  23.45 
 
 
613 aa  66.6  0.0000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0868  methionine synthase  26.81 
 
 
1132 aa  66.2  0.0000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3268  homocysteine S-methyltransferase  27.33 
 
 
357 aa  66.2  0.0000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0164152 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4385  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  25.99 
 
 
1132 aa  65.9  0.0000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4366  methionine synthase  26.81 
 
 
1132 aa  65.1  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4367  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  26.82 
 
 
610 aa  65.5  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2207  homocysteine S-methyltransferase  28.8 
 
 
800 aa  65.5  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0270016  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0172  B12-dependent methionine synthase  27.25 
 
 
1239 aa  65.5  0.000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.432955  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3739  B12-dependent methionine synthase  26.06 
 
 
1252 aa  65.1  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0073  homocysteine S-methyltransferase  24.58 
 
 
290 aa  65.5  0.000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3184  B12-dependent methionine synthase  25.38 
 
 
1244 aa  65.5  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0872  B12-dependent methionine synthase  25.6 
 
 
1238 aa  65.1  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0149  homocysteine S-methyltransferase  25.75 
 
 
346 aa  65.5  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.637039 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0262  homocysteine S-methyltransferase  29.21 
 
 
813 aa  64.7  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00180962 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1030  B12-dependent methionine synthase  24.55 
 
 
1244 aa  64.3  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0867  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  26.49 
 
 
610 aa  64.7  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0087  methionine synthase (B12-dependent)  25.9 
 
 
355 aa  64.7  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.398145  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2881  methionine synthase  27.92 
 
 
1168 aa  65.1  0.000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0934972 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1771  methionine synthase I  26.91 
 
 
337 aa  65.1  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.379105  normal  0.0676063 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0167  homocysteine S-methyltransferase  27.19 
 
 
348 aa  64.7  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4109  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  26.49 
 
 
610 aa  63.9  0.000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>