52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3103 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_3103  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  100 
 
 		 231 aa  461  1e-129  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.775507  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2969  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  98.7 
 
 		 244 aa  457  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.137689  normal  0.135359 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6407  hypothetical protein  94.71 
 
 		 244 aa  411  1e-114  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.281041 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3077  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  92.64 
 
 		 244 aa  382  1e-105  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3058  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  93.07 
 
 		 244 aa  383  1e-105  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.543499  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2444  PepSY-associated TM helix  93.07 
 
 		 231 aa  383  1e-105  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3055  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  90.32 
 
 		 251 aa  377  1e-104  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0206  PepSY-associated TM helix family protein  79.34 
 
 		 248 aa  332  3e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0228  hypothetical protein  80.28 
 
 		 239 aa  330  1e-89  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.165958  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3287  hypothetical protein  79.81 
 
 		 248 aa  329  2e-89  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0422  PepSY-associated TM helix family protein  79.81 
 
 		 248 aa  329  2e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0450107  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2136  hypothetical protein  79.81 
 
 		 239 aa  328  4e-89  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2952  hypothetical protein  79.81 
 
 		 239 aa  328  4e-89  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.442146  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0240  hypothetical protein  79.81 
 
 		 239 aa  328  4e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3394  hypothetical protein  79.81 
 
 		 239 aa  328  4e-89  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7103  PepSY-associated TM helix domain protein  69.3 
 
 		 240 aa  320  9.999999999999999e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0220  hypothetical protein  66.22 
 
 		 240 aa  317  7e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2345  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  60.17 
 
 		 248 aa  294  1e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.755435  normal  0.0903937 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4358  hypothetical protein  71.82 
 
 		 246 aa  284  7e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5003  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  62.33 
 
 		 239 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.862813  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3576  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  60 
 
 		 233 aa  271  7e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.548586 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4478  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  63.9 
 
 		 239 aa  268  5e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2998  PepSY-associated TM helix domain protein  45.6 
 
 		 254 aa  198  5e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3345  PepSY-associated TM helix domain protein  47.58 
 
 		 258 aa  194  9e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.649992 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3067  hypothetical protein  46.06 
 
 		 247 aa  184  8e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.438529  normal  0.387636 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2392  PepSY-associated TM helix  40 
 
 		 258 aa  162  4.0000000000000004e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.932712  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0088  hypothetical protein  75.47 
 
 		 54 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3633  PepSY-associated TM helix  29.03 
 
 		 213 aa  58.2  0.0000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3730  hypothetical protein  27.62 
 
 		 209 aa  57  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.301466 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5215  PepSY-associated TM helix  27.45 
 
 		 218 aa  57.4  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2661  hypothetical protein  30.65 
 
 		 225 aa  56.6  0.0000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.522386  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12400  PepSY-associated TM helix  26.99 
 
 		 199 aa  54.3  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1500  PepSY-associated TM helix domain protein  26.47 
 
 		 212 aa  49.7  0.00003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.171935  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000841  hypothetical protein  26.23 
 
 		 209 aa  49.7  0.00004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1855  hypothetical protein  23.96 
 
 		 177 aa  48.5  0.00008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0378502  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1710  hypothetical protein  24.63 
 
 		 216 aa  48.1  0.0001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.860634  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1639  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.63 
 
 		 216 aa  47.4  0.0002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0118  membrane protein  22.51 
 
 		 214 aa  47  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0430  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.84 
 
 		 211 aa  46.6  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.181107  normal  0.797798 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3255  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.29 
 
 		 226 aa  46.6  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00662139  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3433  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.63 
 
 		 198 aa  46.2  0.0004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.527066  hitchhiker  0.000475318 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3297  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.29 
 
 		 226 aa  46.6  0.0004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0897886  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1112  PepSY-associated TM helix domain protein  26.63 
 
 		 198 aa  46.2  0.0004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00122652  hitchhiker  0.000000000766556 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5057  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.4 
 
 		 212 aa  46.2  0.0005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.176839 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5640  hypothetical protein  22.61 
 
 		 223 aa  44.3  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0987  PepSY-associated TM helix domain protein  26.09 
 
 		 204 aa  43.5  0.003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.162613 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1076  PepSY-associated TM helix domain protein  25.67 
 
 		 225 aa  43.5  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.765993  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0040  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.88 
 
 		 208 aa  43.1  0.004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2152  PepSY-associated TM helix  22.16 
 
 		 191 aa  42  0.008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.482162  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1010  hypothetical protein  24.29 
 
 		 177 aa  42  0.009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0372015  normal  0.0671955 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1014  hypothetical protein  26.55 
 
 		 177 aa  41.6  0.009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.235833  hitchhiker  0.00784249 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3029  hypothetical protein  24.14 
 
 		 218 aa  42  0.009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.178112  hitchhiker  0.000157336 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>