40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3345 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_3345  PepSY-associated TM helix domain protein  100 
 
 		 258 aa  519  1e-146  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.649992 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2998  PepSY-associated TM helix domain protein  94.57 
 
 		 254 aa  488  1e-137  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3067  hypothetical protein  71.32 
 
 		 247 aa  360  1e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.438529  normal  0.387636 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6407  hypothetical protein  47.69 
 
 		 244 aa  190  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.281041 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3055  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  45.65 
 
 		 251 aa  189  4e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0206  PepSY-associated TM helix family protein  46.83 
 
 		 248 aa  189  4e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2969  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  44.08 
 
 		 244 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.137689  normal  0.135359 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3058  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  48.77 
 
 		 244 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.543499  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3103  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  45.61 
 
 		 231 aa  186  4e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.775507  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2444  PepSY-associated TM helix  48.77 
 
 		 231 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0228  hypothetical protein  46.83 
 
 		 239 aa  185  5e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.165958  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3077  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  48.28 
 
 		 244 aa  184  9e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0422  PepSY-associated TM helix family protein  46.34 
 
 		 248 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0450107  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3287  hypothetical protein  46.34 
 
 		 248 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0240  hypothetical protein  46.34 
 
 		 239 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3394  hypothetical protein  46.34 
 
 		 239 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2136  hypothetical protein  46.34 
 
 		 239 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2345  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  39.34 
 
 		 248 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.755435  normal  0.0903937 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2952  hypothetical protein  46.34 
 
 		 239 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.442146  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0220  hypothetical protein  38.78 
 
 		 240 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7103  PepSY-associated TM helix domain protein  41.59 
 
 		 240 aa  179  4e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3576  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  40.39 
 
 		 233 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.548586 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5003  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  40.98 
 
 		 239 aa  177  1e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.862813  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4478  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  42.15 
 
 		 239 aa  172  5e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4358  hypothetical protein  42.56 
 
 		 246 aa  156  4e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2392  PepSY-associated TM helix  37.56 
 
 		 258 aa  139  3.9999999999999997e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.932712  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3730  hypothetical protein  26.36 
 
 		 209 aa  54.3  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.301466 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1500  PepSY-associated TM helix domain protein  23.33 
 
 		 212 aa  51.2  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.171935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5057  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.64 
 
 		 212 aa  50.4  0.00003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.176839 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3633  PepSY-associated TM helix  24.11 
 
 		 213 aa  48.9  0.00008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1710  hypothetical protein  25.33 
 
 		 216 aa  46.6  0.0004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.860634  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1639  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.34 
 
 		 216 aa  46.6  0.0004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0987  PepSY-associated TM helix domain protein  28.77 
 
 		 204 aa  46.2  0.0005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.162613 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2661  hypothetical protein  24.57 
 
 		 225 aa  45.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.522386  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0088  hypothetical protein  54.05 
 
 		 54 aa  44.7  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3122  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  31.25 
 
 		 266 aa  44.3  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.325368  unclonable  0.00000468189 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0430  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.15 
 
 		 211 aa  43.1  0.004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.181107  normal  0.797798 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5640  hypothetical protein  24.03 
 
 		 223 aa  43.1  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1855  hypothetical protein  29.69 
 
 		 177 aa  42.7  0.006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0378502  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5215  PepSY-associated TM helix  25 
 
 		 218 aa  42.4  0.008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>