More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_2275 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_2275  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 294 aa  585  1e-166  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2393  LysR family transcriptional regulator  97.62 
 
 		 294 aa  548  1e-155  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0922  LysR family transcriptional regulator  91.84 
 
 		 294 aa  537  9.999999999999999e-153  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.534573  normal  0.0707168 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5696  LysR family transcriptional regulator  94.56 
 
 		 294 aa  528  1e-149  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.542935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2378  LysR family transcriptional regulator  93.88 
 
 		 294 aa  525  1e-148  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1745  LysR family transcriptional regulator  93.88 
 
 		 294 aa  525  1e-148  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2357  LysR family transcriptional regulator  93.88 
 
 		 294 aa  525  1e-148  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1303  LysR family transcriptional regulator  81.63 
 
 		 294 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1142  LysR family transcriptional regulator  81.29 
 
 		 294 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1150  LysR family transcriptional regulator  81.29 
 
 		 294 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.529975  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0697  LysR family transcriptional regulator  80.95 
 
 		 294 aa  449  1e-125  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2531  LysR family transcriptional regulator  80.95 
 
 		 294 aa  449  1e-125  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2212  LysR family transcriptional regulator  80.95 
 
 		 294 aa  449  1e-125  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2083  LysR family transcriptional regulator  80.95 
 
 		 294 aa  449  1e-125  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.163485  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0943  LysR family transcriptional regulator  80.95 
 
 		 294 aa  449  1e-125  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.167297  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4003  transcriptional regulator, LysR family  73.13 
 
 		 294 aa  404  1e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.684934  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4116  transcriptional regulator, LysR family  73.13 
 
 		 294 aa  404  1e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04791  putative transcription regulator protein  73.72 
 
 		 294 aa  400  9.999999999999999e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.781761  normal  0.0562945 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2710  LysR family transcriptional regulator  63.82 
 
 		 299 aa  359  2e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0557153  normal  0.0592619 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4323  LysR family transcriptional regulator  55.4 
 
 		 284 aa  302  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.45373 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26860  LysR family transcriptional regulator  55.59 
 
 		 296 aa  290  2e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2275  regulatory protein LysR  54.79 
 
 		 301 aa  289  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.288787  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3357  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  52.74 
 
 		 294 aa  284  9e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.434273  normal  0.433607 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3586  transcriptional regulator, LysR family  53.08 
 
 		 294 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3411  LysR family transcriptional regulator  52.4 
 
 		 296 aa  282  5.000000000000001e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1330  LysR family substrate binding transcriptional regulator  50.51 
 
 		 292 aa  279  5e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1442  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 292 aa  278  7e-74  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2730  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  50.17 
 
 		 292 aa  276  3e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1024  transcriptional regulator, LysR family  49.83 
 
 		 292 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0788  transcriptional regulator, LysR family  49.83 
 
 		 297 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.232962  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3489  LysR family transcriptional regulator  54.08 
 
 		 291 aa  268  1e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3257  transcriptional regulator, LysR family  48.14 
 
 		 288 aa  266  2e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000024832  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2262  LysR family transcriptional regulator  47.95 
 
 		 306 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3513  LysR family transcriptional regulator  47.95 
 
 		 284 aa  256  3e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3252  LysR family transcriptional regulator  47.92 
 
 		 287 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993156 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3238  LysR family transcriptional regulator  47.92 
 
 		 287 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00156229 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3189  transcriptional regulator, LysR family  47.92 
 
 		 287 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3353  LysR family transcriptional regulator  47.92 
 
 		 287 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.686915 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3172  transcriptional regulator, LysR family  47.57 
 
 		 287 aa  252  4.0000000000000004e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2415  LysR family transcriptional regulator  47.78 
 
 		 284 aa  250  2e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.535786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3300  LysR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 288 aa  244  1.9999999999999999e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2306  transcriptional regulator, LysR family  47.08 
 
 		 283 aa  231  1e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.16135  normal  0.168565 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2728  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 304 aa  159  4e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3141  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 296 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2058  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.154037  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0510  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 311 aa  142  8e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3742  putative transcriptional regulator  33.9 
 
 		 292 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01849  transcriptional regulator  34.77 
 
 		 290 aa  135  6.0000000000000005e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003833  putative transcriptional regulator  33.99 
 
 		 292 aa  135  6.0000000000000005e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0567  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 326 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1242  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 292 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.310475 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1164  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 302 aa  132  5e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1136  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 292 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1342  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 292 aa  132  9e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00332672  hitchhiker  0.00012242 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3727  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.837668  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5842  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.328842  hitchhiker  0.000251126 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3184  LysR family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 295 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5095  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 		 302 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4156  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 301 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3327  LysR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 295 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1712  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 301 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1037  LysR substrate-binding  33.22 
 
 		 302 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.170285 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1185  transcriptional regulator, LysR family  34.98 
 
 		 295 aa  128  9.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3183  LysR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 295 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65970  putative transcriptional regulator  35.56 
 
 		 294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4052  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1825  transcriptional regulator, LysR family protein  31.2 
 
 		 315 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.401328  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5724  putative transcriptional regulator  34.13 
 
 		 294 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0302  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 297 aa  124  3e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3588  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 292 aa  122  5e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0402  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 295 aa  122  5e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0489  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 300 aa  122  6e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.013623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4390  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 293 aa  122  6e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.262876 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4433  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 297 aa  122  7e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.942011  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0421  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 291 aa  120  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2672  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 306 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0216  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 303 aa  119  3.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0612  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 295 aa  119  7e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.341398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0161  putative transcriptional regulator  28.47 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0599648  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1232  HTH-type transcription regulator, LysR family  30 
 
 		 287 aa  117  1.9999999999999998e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0141  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 305 aa  117  3e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2976  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 313 aa  116  3.9999999999999997e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288954 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1149  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 291 aa  116  5e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.229306  normal  0.0812943 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4978  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 297 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.403345  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4929  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 301 aa  113  3e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.377271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4801  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 296 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0716178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2324  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 306 aa  112  5e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0169  transcriptional regulator, LysR family  35.32 
 
 		 309 aa  112  5e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0537  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 296 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.84391  normal  0.0745135 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0349  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 294 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0195  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 323 aa  110  3e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2021  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 299 aa  110  3e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0424738 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0137  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 307 aa  109  7.000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0155  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1639  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 309 aa  108  1e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.286177  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3337  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 301 aa  108  1e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1422  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 295 aa  107  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.295916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2479  putative transcriptional regulator  34.05 
 
 		 295 aa  106  5e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28420  LysR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 295 aa  102  5e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000459447 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4296  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 304 aa  100  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0279336 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>