More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BLD_0452 on replicon NC_010816
Organism: Bifidobacterium longum DJO10A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010816  BLD_0452  Holliday junction resolvasome DNA-binding subunit  100 
 
 
208 aa  418  1e-116  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0798924  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0837  Holliday junction DNA helicase RuvA  57.89 
 
 
209 aa  239  2e-62  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0838  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.33 
 
 
206 aa  146  2.0000000000000003e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0758722  normal  0.104485 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07040  Holliday junction DNA helicase, RuvA subunit  42.19 
 
 
197 aa  137  1e-31  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00385536  normal  0.295964 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2094  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  43.37 
 
 
202 aa  135  3.0000000000000003e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17520  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  38.24 
 
 
206 aa  133  1.9999999999999998e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.176122 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1795  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.98 
 
 
202 aa  132  5e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.115786  normal  0.0993939 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2386  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  38.65 
 
 
200 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12850  Holliday junction DNA helicase, RuvA subunit  44.07 
 
 
194 aa  129  3e-29  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3827  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.34 
 
 
200 aa  127  1.0000000000000001e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0335606  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15070  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  37.2 
 
 
199 aa  125  4.0000000000000003e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.180586  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0181  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.17 
 
 
202 aa  122  4e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.595877  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1667  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.22 
 
 
207 aa  122  5e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.253855  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2301  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.36 
 
 
197 aa  122  6e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1369  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.29 
 
 
205 aa  121  6e-27  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0441824 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12890  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.81 
 
 
214 aa  121  7e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.419715  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1424  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.71 
 
 
210 aa  121  9e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000192016  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1661  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.78 
 
 
199 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133352  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0709  Holliday junction DNA helicase RuvA  31.32 
 
 
207 aa  120  1.9999999999999998e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0528487  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3626  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.86 
 
 
198 aa  119  3e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0674583  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1110  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.64 
 
 
203 aa  118  4.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000255601  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15330  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  35.41 
 
 
209 aa  119  4.9999999999999996e-26  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.436101  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2032  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.78 
 
 
213 aa  118  6e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000340991 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2134  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.12 
 
 
195 aa  118  6e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.856024  hitchhiker  0.000118824 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1076  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.22 
 
 
199 aa  117  9e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.131842  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13950  Holliday junction DNA helicase, RuvA subunit  36.9 
 
 
205 aa  117  9e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.190718  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0684  Holliday junction DNA helicase RuvA  31.32 
 
 
207 aa  117  9.999999999999999e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.801169  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12613  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.49 
 
 
196 aa  116  3e-25  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000939698  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2305  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.58 
 
 
196 aa  115  3e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.765847 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2266  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.58 
 
 
196 aa  115  3e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1344  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  35.92 
 
 
196 aa  116  3e-25  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.151452  normal  0.533304 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2313  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.58 
 
 
196 aa  115  3e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1809  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.02 
 
 
200 aa  115  3.9999999999999997e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1409  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.2 
 
 
202 aa  115  5e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.103613  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2516  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.11 
 
 
197 aa  115  6e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1779  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.97 
 
 
203 aa  114  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00140889  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0957  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.97 
 
 
203 aa  114  6.9999999999999995e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00202612  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2597  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.97 
 
 
203 aa  114  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.110942  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2091  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.97 
 
 
203 aa  114  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000143296  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1325  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.97 
 
 
203 aa  114  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.24557  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1691  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.41 
 
 
198 aa  114  7.999999999999999e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1954  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.96 
 
 
203 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.165373  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3978  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.86 
 
 
202 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0282687  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1771  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.96 
 
 
203 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0290161  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0745  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.97 
 
 
199 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000883401  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01832  Holliday junction DNA helicase motor protein  36.96 
 
 
203 aa  113  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.263475  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01820  hypothetical protein  36.96 
 
 
203 aa  113  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.22815  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2110  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.16 
 
 
202 aa  113  2.0000000000000002e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0297912  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2077  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.74 
 
 
205 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000433363  hitchhiker  0.00159664 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0993  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.69 
 
 
197 aa  113  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.257053  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1956  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.74 
 
 
205 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00381182  normal  0.897117 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2430  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.74 
 
 
205 aa  112  3e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4408  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.15 
 
 
202 aa  112  5e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0615399  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1901  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.21 
 
 
205 aa  112  5e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000334634  hitchhiker  0.000124168 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2189  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.39 
 
 
200 aa  112  6e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000251944  normal  0.355786 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1446  hypothetical protein  41.67 
 
 
194 aa  112  6e-24  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2049  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.57 
 
 
203 aa  112  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.774525  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2574  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.75 
 
 
195 aa  111  6e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.334415  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1209  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.25 
 
 
188 aa  111  8.000000000000001e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6947  Holliday junction DNA helicase RuvA  36 
 
 
195 aa  110  1.0000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2043  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.16 
 
 
205 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000236908  hitchhiker  0.0000000623922 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2420  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.16 
 
 
205 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000176513  normal  0.0290514 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1370  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  35.87 
 
 
247 aa  110  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.903698  normal  0.141681 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2041  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.16 
 
 
205 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869116  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2304  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.16 
 
 
205 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00141893  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0894  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.04 
 
 
210 aa  109  2.0000000000000002e-23  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00161936  normal  0.093504 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2671  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.08 
 
 
198 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.103257  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1353  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.51 
 
 
203 aa  109  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.760741  hitchhiker  0.00521266 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1216  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.07 
 
 
205 aa  109  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.210399  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2054  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.51 
 
 
203 aa  109  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.292031  normal  0.142265 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1799  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.98 
 
 
200 aa  109  3e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.215685  hitchhiker  0.000114407 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1245  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.07 
 
 
205 aa  109  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.738267  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4725  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.56 
 
 
202 aa  109  3e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.453465 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4202  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.07 
 
 
205 aa  109  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173502  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1229  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.51 
 
 
203 aa  109  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0100145  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2109  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.51 
 
 
203 aa  109  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.434147  normal  0.12473 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1938  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.16 
 
 
205 aa  108  4.0000000000000004e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00077844  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3999  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.62 
 
 
205 aa  108  5e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1271  Holliday junction DNA helicase RuvA  35 
 
 
202 aa  108  5e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0682991  normal  0.630495 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3177  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.65 
 
 
212 aa  108  6e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0419  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.48 
 
 
194 aa  108  6e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2423  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.74 
 
 
213 aa  108  6e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4062  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.3 
 
 
192 aa  108  7.000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2430  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.33 
 
 
203 aa  108  7.000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0285195  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1248  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.33 
 
 
200 aa  108  8.000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3236  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.91 
 
 
192 aa  107  9.000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1013  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.22 
 
 
197 aa  107  1e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4542  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.16 
 
 
201 aa  107  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2945  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.8 
 
 
209 aa  107  1e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.016551  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51790  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.16 
 
 
201 aa  107  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000465402 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1840  Holliday junction DNA helicase RuvA  32.99 
 
 
205 aa  107  1e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.175833 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1251  Holliday junction DNA helicase RuvA  31.64 
 
 
199 aa  106  2e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1251  Holliday junction DNA helicase RuvA  31.64 
 
 
199 aa  106  2e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1631  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.82 
 
 
193 aa  107  2e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.229867  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1010  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.61 
 
 
197 aa  107  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.806868  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2076  Holliday junction DNA helicase RuvA  31.58 
 
 
205 aa  106  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.438835  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2181  Holliday junction DNA helicase RuvA  31.58 
 
 
205 aa  107  2e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.613402  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0718  Holliday junction DNA helicase RuvA  31.28 
 
 
207 aa  106  2e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.157437  normal  0.726711 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2522  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.33 
 
 
201 aa  105  3e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000919135  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0527  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.49 
 
 
199 aa  106  3e-22  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>